Untuk apa konverter PDB ke PDBQT digunakan?

Konverter PDB ke PDBQT menyiapkan teks koordinat PDB menjadi format bergaya PDBQT yang dipakai di AutoDock dan alur kerja docking molekuler terkait. PDBQT menambahkan kolom tipe atom dan muatan ke koordinat bergaya PDB.

Apa perbedaan PDB dan PDBQT?

PDB menyimpan koordinat atom dan rekaman struktur. PDBQT adalah format khusus docking yang memperluas koordinat bergaya PDB dengan informasi muatan parsial dan tipe atom AutoDock.

Apa isi format PDBQT?

PDBQT mempertahankan koordinat atom bergaya PDB dan menambahkan kolom muatan parsial serta tipe atom AutoDock. File PDBQT ligan juga dapat berisi rekaman ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, TORSDOF, dan pohon torsi.

Bisakah output PDBQT ini langsung dipakai di AutoDock Vina?

Konverter berbasis peramban ini membuat draf PDBQT dengan cepat. Untuk docking AutoDock Vina yang sesungguhnya, periksa protonasi, hidrogen, muatan, tipe atom, pembersihan reseptor, ikatan ligan yang dapat berotasi, dan definisi torsi dalam alur kerja preparasi docking.

Bisakah PDBQT dikonversi kembali ke PDB?

File PDBQT sering kali dapat disederhanakan menjadi rekaman koordinat bergaya PDB dengan menghapus metadata muatan, tipe atom, dan torsi khusus docking, tetapi PDB tidak dapat menyimpan informasi pohon torsi AutoDock.

Konverter PDB ke PDBQT Online

Singkatnya: Tempel teks PDB, unggah file .pdb, atau impor dengan PDB ID untuk membuat draf PDBQT beserta panduan tipe atom AutoDock, muatan, torsi, dan format. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tanpa perlu mengunduh apa pun.

Tempel struktur PDB, unggah file .pdb, atau impor struktur dengan PDB ID dari Protein Data Bank, lalu konversi menjadi PDBQT untuk pipeline docking. Alat berbasis peramban ini menambahkan kolom elemen serta muatan/tipe dalam tata letak PDBQT untuk preparasi cepat.

Jawaban singkat: PDB menyimpan koordinat struktur, sedangkan PDBQT adalah format docking yang berisi koordinat bergaya PDB ditambah kolom muatan parsial dan tipe atom AutoDock. Gunakan alat ini untuk membuat draf PDBQT dengan cepat dari teks yang ditempel, file PDB lokal, atau PDB ID RCSB sebelum preparasi ligan atau reseptor yang lebih mendalam.

Masukan PDB

Unggah file .pdb

Tempel teks PDB, unggah file PDB lokal, atau masukkan PDB ID 4 karakter.

Hasil PDBQT

Siap.

Format masukan dan keluaran

	Masukan: PDB	Keluaran: PDBQT
Nama lengkap	PDB (format Protein Data Bank)	PDBQT (format AutoDock)
Isi data	Koordinat atom 3D dalam kolom tetap. Dipakai untuk protein dan molekul kecil.	Koordinat PDB ditambah muatan parsial (Q) dan tipe atom AutoDock (T), dengan data torsi untuk ligan.
File atau bentuk	.pdb	.pdbqt

Catatan untuk Alur Kerja Docking

Alat ini membuat tata letak teks PDBQT yang praktis langsung di peramban untuk pembuatan prototipe cepat.
Untuk docking yang sesungguhnya, Anda dapat menyempurnakan lagi status protonasi dan definisi torsi di perangkat lunak docking Anda.
Gunakan halaman ini sebagai utilitas konversi cepat saat Anda membutuhkan draf struktur PDBQT dengan segera.

Cara mengonversi PDB ke PDBQT secara online

Tempel teks PDB, unggah file .pdb lokal, atau ketik PDB ID 4 karakter seperti 1CRN.
Klik Konversi ke PDBQT. Konverter mempertahankan koordinat ATOM/HETATM dan menuliskan kolom muatan bergaya PDBQT serta tipe atom AutoDock.
Salin atau unduh file .pdbqt yang dihasilkan untuk preparasi docking, pemeriksaan cepat, atau contoh pengajaran.
Sebelum docking yang sesungguhnya, periksa hidrogen, protonasi, muatan, tipe atom, ikatan fleksibel, dan pembersihan reseptor dalam alur kerja docking Anda.

PDB vs PDBQT

PDB adalah format koordinat umum dalam biologi struktural. PDBQT umum dipakai oleh alat docking ala AutoDock karena membawa informasi tipe atom dan muatan parsial yang diperlukan dalam perhitungan docking.

Format	Yang disimpan	Penggunaan umum
PDB	Nama atom, nama residu, rantai, koordinat, okupansi, faktor B, dan simbol unsur.	Struktur protein, ligan, file kristalografi, visualisasi, dan pertukaran data biologi struktural.
PDBQ	Koordinat bergaya PDB ditambah informasi muatan parsial.	Alur kerja preparasi docking lama yang memerlukan muatan tetapi tidak menyimpan tipe atom AutoDock seperti pada PDBQT.
PDBQT	Koordinat bergaya PDB ditambah kolom muatan parsial dan tipe atom AutoDock. Ligan dapat berisi rekaman pohon torsi.	AutoDock, AutoDock Vina, pipeline docking, preparasi ligan/reseptor, dan tutorial docking.

Alat docking dan struktur terkait

Penjelasan Format PDBQT

File PDBQT tampak mirip dengan file PDB, tetapi perangkat lunak docking membaca kolom tambahan di dekat akhir setiap baris atom. Bagian Q menyatakan muatan parsial, dan bagian T menyatakan tipe atom AutoDock.

ATOM      1  N   ALA A   1      11.104  13.207   9.142  1.00 20.00    -0.346  N
ATOM      2  CA  ALA A   1      12.560  13.320   9.420  1.00 20.00     0.186  C
HETATM    3  O   LIG L   1      10.440  11.980   8.500  1.00 20.00    -0.508 OA

Tipe atom

Tipe atom AutoDock seperti C, N, OA, SA, HD, Cl, dan Zn memberi tahu perangkat lunak docking cara menafsirkan setiap atom selama penilaian (scoring).

Muatan

PDBQT menyimpan muatan parsial. Konverter peramban cepat ini menuliskan kolom muatan draf yang netral, jadi docking yang sesungguhnya tetap perlu menetapkan muatan yang sesuai dengan alat preparasi khusus.

Torsi

File PDBQT ligan fleksibel dapat berisi rekaman ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, dan TORSDOF untuk menggambarkan ikatan yang dapat berotasi dan derajat kebebasan torsi.

Reseptor vs ligan

Preparasi PDBQT reseptor biasanya berfokus pada pembersihan, hidrogen, muatan, dan tipe atom. Preparasi PDBQT ligan juga memerlukan penanganan ikatan yang dapat berotasi dan pohon torsi.

Penting: Output peramban MolDraw adalah draf PDBQT yang cepat. Untuk pekerjaan AutoDock Vina yang sesungguhnya, validasi status protonasi, atom yang hilang, lokasi alternatif, molekul air, logam, kofaktor, model muatan, penentuan tipe atom, dan fleksibilitas ligan.

Daftar Periksa PDBQT AutoDock Vina

Gunakan daftar periksa ini saat menyiapkan file PDBQT untuk AutoDock, AutoDock Vina, atau alur kerja docking terkait.

Bersihkan PDB: hapus molekul air yang tidak relevan, rantai duplikat, konformasi alternatif, dan ligan non-target kecuali memang diperlukan.
Tambahkan hidrogen: skor docking sensitif terhadap penempatan hidrogen, terutama hidrogen polar dan donor ikatan hidrogen.
Periksa protonasi: pilih status protonasi yang diharapkan pada pH uji atau kondisi biologis Anda.
Tetapkan muatan: gunakan alur kerja preparasi docking untuk muatan parsial yang realistis sebelum docking akhir.
Tinjau tipe atom: logam, halogen, belerang, fosfor, dan atom bermuatan mungkin memerlukan penentuan tipe atom yang cermat.
Tangani torsi: file PDBQT ligan harus mendefinisikan ikatan yang dapat berotasi dengan benar; file reseptor biasanya kaku kecuali rantai samping fleksibel disiapkan secara terpisah.
Validasi output: buka PDBQT di alat docking atau visualisasi Anda sebelum menjalankan pekerjaan batch yang panjang.

PDBQT ke PDB: apa yang terjadi jika dibalik?

Pencarian seperti konverter PDBQT ke PDB biasanya berarti pengguna menginginkan file koordinat sederhana untuk dilihat. File PDBQT sering kali dapat disederhanakan kembali menjadi rekaman ATOM/HETATM bergaya PDB dengan menghapus metadata muatan, tipe atom, dan pohon torsi. Namun, PDB tidak dapat menyimpan rekaman khusus AutoDock seperti ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, dan TORSDOF.

Pertanyaan Umum

Apakah PDBQT sama dengan PDB?

Tidak. PDB adalah format koordinat umum. PDBQT adalah format docking yang menambahkan kolom muatan parsial dan tipe atom AutoDock, serta dapat berisi informasi pohon torsi untuk ligan fleksibel.

Mengapa AutoDock dan Vina memerlukan PDBQT?

Program docking memerlukan informasi tipe atom dan muatan untuk penilaian (scoring) dan evaluasi interaksi. PDB saja biasanya tidak memuat cukup informasi khusus docking.

Apakah alat ini menghitung muatan Gasteiger yang sebenarnya?

Tidak. Halaman ini membuat draf PDBQT cepat di sisi peramban dengan kolom muatan netral. Gunakan alur kerja preparasi docking lengkap untuk penetapan muatan akhir.

Bisakah saya mengimpor langsung dari Protein Data Bank?

Bisa. Masukkan PDB ID 4 karakter, seperti 1CRN, dan alat ini akan mengimpor file PDB dari RCSB sebelum membuat draf PDBQT.

Terakhir diperbarui: 10 Oktober 2026