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Stapelkonverter für Chemikalien (CSV rein, CSV raus)
Kurz gesagt: Wandle eine ganze Liste von SMILES, Namen, CAS-Nummern, PubChem-CIDs, InChI oder InChIKeys auf einmal um. Erhalte kanonische SMILES, Summenformel, Molekulargewicht, exakte Masse, InChI, InChIKey, IUPAC-Name, LogP, TPSA, Wasserstoffbrücken-Donoren und -Akzeptoren und eine Lipinski-Prüfung und lade dann CSV, TSV oder SDF herunter. Das Tool ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge eine Kennung pro Zeile ein oder öffne eine CSV-, TSV- oder TXT-Datei. SMILES werden auf deinem Gerät verarbeitet, bis zu 5.000 Zeilen pro Durchlauf. Namen, CAS-Nummern und andere Kennungen werden zuerst in PubChem nachgeschlagen; diese Zeilen sind als online markiert.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, ergibt C9H8O4, MW 180,159 g/mol, exakte Masse 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 Donor, 4 Akzeptoren und Lipinski bestanden. Klicke dann auf CSV herunterladen.Ausgaben
Bereit.
So wandelst du eine Liste von Chemikalien um
- Füge deine Liste ein oder klicke auf CSV / TSV / TXT öffnen. Ein Wert pro Zeile funktioniert, ebenso eine als CSV gespeicherte Tabelle.
- Prüfe die Zeile unter dem Feld. Sie zeigt, wie viele Zeilen und Spalten gelesen wurden und welches Trennzeichen gefunden wurde.
- Wähle bei einer Tabelle die Kennungsspalte und hake Erste Zeile ist eine Kopfzeile an, wenn Zeile 1 Spaltennamen enthält.
- Lass die Art der Eingabe auf Für jede Zeile erkennen oder erzwinge SMILES, Name, CAS-Nummer, PubChem CID, InChI oder InChIKey.
- Hake die benötigten Ausgaben an. Als online markierte Ausgaben brauchen eine Internetabfrage.
- Klicke auf Umwandeln. Der Fortschrittsbalken zeigt erledigte Zeilen, Fehler und Online-Abfragen. Klicke auf Stopp, um vorzeitig abzubrechen und das bereits Erledigte zu behalten.
- Prüfe die Vorschau und klicke dann auf CSV herunterladen, TSV herunterladen oder SDF herunterladen.
Eingaben und Ausgaben
| Eingabe | Beispiel | Wie es gelesen wird |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Auf deinem Gerät |
| Name (Trivialname oder IUPAC) | caffeine | Online, PubChem |
| CAS-Registriernummer | 58-08-2 | Prüfziffer getestet, dann PubChem |
| PubChem CID | 2519 | Online, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Online, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Online, PubChem |
Was jede Ausgabe bedeutet
| Ausgabe | Bedeutung | Quelle |
|---|---|---|
| Kanonischer SMILES | Ein Standard-SMILES pro Struktur, damit Duplikate übereinstimmen | Lokal |
| Summenformel | Hill-Reihenfolge (C, H, dann A–Z), Nettoladung angehängt | Lokal |
| MW (g/mol) | Mittlere molare Masse aus Standard-Atomgewichten | Lokal |
| Exakte Masse | Monoisotopische Masse (häufigstes Isotop jedes Elements), für die Massenspektrometrie | Lokal |
| InChI, InChIKey | Standardkennungen der IUPAC für Datenbanksuchen | Online |
| IUPAC-Name | Systematischer Name aus PubChem, sofern die Verbindung gelistet ist | Online |
| cLogP | Berechneter Octanol-Wasser-Verteilungskoeffizient | Lokal |
| TPSA (Ų) | Topologische polare Oberfläche aus N- und O-Beiträgen | Lokal |
| HBD, HBA | Wasserstoffbrücken-Donoren (N–H, O–H) und -Akzeptoren (N- und O-Atome) | Lokal |
| Lipinski | Bestanden, wenn höchstens eine Grenze der Fünferregel überschritten ist | Lokal |
Rechenbeispiele
Aspirin aus SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, exakte Masse 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MW 180,159 g/mol, Lipinski bestanden
Koffein aus seiner CAS-Nummer
58-08-2 besteht die Prüfziffer-Kontrolle und wird online nachgeschlagen.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MW 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Eine Tabelle mit IDs
Spalten id;smiles;IC50, getrennt durch Semikolons.
Trennzeichen und SMILES-Spalte werden automatisch gefunden.
Deine Spalten id und IC50 bleiben neben den Ergebnissen erhalten
Atorvastatin
MW 558,6 g/mol und cLogP über 5.
Zwei Grenzen der Fünferregel sind überschritten.
Lipinski nicht bestanden (MW > 500; LogP > 5)
Häufige Fehler
- Namen in einer SMILES-Spalte. Ist die Art der Eingabe auf SMILES gestellt, scheitert „aspirin“. Nutze „Für jede Zeile erkennen“ für gemischte Listen.
- Excel hat deine CAS-Nummern verändert. Tabellenprogramme können 7732-18-5 in ein Datum verwandeln. Formatiere die Spalte vor dem Speichern als Text.
- Salze und Gemische. Ein SMILES mit Punkt, etwa
[Na+].[Cl-], wird als ein Eintrag behandelt. MW und Summenformel umfassen alle Bestandteile. - Kopfzeile als Daten gelesen. Enthält Zeile 1 Spaltennamen, hake „Erste Zeile ist eine Kopfzeile“ an, sonst erscheint sie als fehlgeschlagene Zeile.
- LogP-Werte verschiedener Methoden vergleichen. cLogP und XLogP3 sind beides Schätzungen. Verwende für eine ganze Serie eine Methode.
- Sehr lange Namenslisten. Online-Abfragen laufen mit etwa vier pro Sekunde. Wandle Namen einmal in SMILES um und arbeite dann mit der SMILES-Datei.
Du willst eine Struktur sehen? Füge einen beliebigen SMILES in MolDraw ein, einen kostenlosen Online-Editor für chemische Strukturen, um sie zu zeichnen, zu bearbeiten und als PNG, SVG oder MOL zu exportieren.
MolDraw-Editor öffnenHäufig gestellte Fragen
Wie rechne ich eine Liste von SMILES auf einmal in Molekulargewichte um?
Füge die SMILES zeilenweise ein oder öffne eine CSV-Datei und wähle die SMILES-Spalte. Lass MW (g/mol) angehakt und klicke auf „Umwandeln“. Klicke danach auf „CSV herunterladen“. SMILES werden auf deinem Gerät verarbeitet, daher dauern bis zu 5.000 Zeilen nur Sekunden.
Welche Eingaben brauchen eine Online-Abfrage?
SMILES werden auf deinem Gerät gelesen. Namen, CAS-Nummern, PubChem-CIDs, InChI und InChIKeys werden zuerst in der kostenlosen PubChem-Datenbank nachgeschlagen, um die Struktur zu erhalten. Auch die Ausgaben InChI, InChIKey und IUPAC-Name werden online abgefragt. Online-Zeilen sind in der Vorschau als online markiert und auf etwa vier pro Sekunde begrenzt.
Kann ich eine CSV mit mehreren Spalten hochladen?
Ja. Der Konverter erkennt Komma, Tabulator, Semikolon und senkrechten Strich als Trennzeichen, Zellen in Anführungszeichen und eine Byte-Order-Mark. Er errät die Kopfzeile und die Kennungsspalte, und du kannst beides ändern. Hake „Meine anderen Spalten behalten“ an, um deine IDs oder Aktivitätswerte in die Ausgabe zu übernehmen.
Was bedeutet die Lipinski-Spalte?
Lipinskis Fünferregel weist auf schlechte orale Resorption hin, wenn eine Verbindung mehr als eine dieser Grenzen verletzt: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, höchstens 5 Wasserstoffbrücken-Donoren und höchstens 10 Wasserstoffbrücken-Akzeptoren. „Bestanden“ bedeutet null oder eine Verletzung. Die Spalte für Verletzungen listet, welche Grenzen überschritten wurden.
Warum weicht mein LogP vom XLogP3 von PubChem ab?
Es gibt mehrere Methoden, LogP abzuschätzen. Dieser Konverter verwendet einen aus Atombeiträgen berechneten cLogP, PubChem dagegen XLogP3. Beide stimmen meist auf etwa eine Einheit überein. Vergleiche Verbindungen mit derselben Methode.
Was steckt im SDF-Download?
Ein Datensatz pro umgewandelter Zeile: eine 2D-Struktur mit Koordinaten, die Eingabe als Titelzeile und jede gewählte Ausgabe (Summenformel, MW, LogP usw.) als SDF-Datenfeld. Die meisten Chemieprogramme und Datenbanken können sie öffnen.
Warum ist eine Zeile fehlgeschlagen?
Die Spalte Status nennt den Grund: zum Beispiel ein SMILES mit nicht geschlossenem Ring oder nicht geschlossener Klammer, eine CAS-Nummer mit falscher Prüfziffer oder ein Name, den PubChem nicht kennt. Korrigiere die Eingabe und starte den Konverter erneut. Die anderen Zeilen sind nicht betroffen.
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