SDF-in-InChI-Konverter
Kurz gesagt: Wandle SDF- oder MOL-Blöcke in Standard-InChI-Strings für Indexierung und Suche um. Er ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge einen SDF- oder MOL-Block ein und wandle ihn in einen Standard-InChI-String um.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SDF | Ausgabe: InChI | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Inhalt | Ein oder mehrere MOL-Datensätze, jeweils mit optionalen Datenfeldern, getrennt durch $$$$. | Eine schichtweise aufgebaute Textkennung, die aus der Struktur erzeugt wird. Der Standard-InChI ist in jedem Programm gleich. |
| Datei oder Form | .sdf | Text, der mit InChI=1S/ beginnt |
Dateiformate erklärt
SDF speichert Moleküldatensätze mit Atom- und Bindungsblöcken im MOL-Stil sowie optionalen Eigenschaftsfeldern. Das Format ist bei Substanzbibliotheken und Screening-Datensätzen verbreitet.
InChI ist eine standardisierte IUPAC-Kennung, die ein Molekül in schichtweiser Textform darstellt. Die Umwandlung von SDF in InChI hilft, stabile Kennungen für Suche, Indexierung und Duplikatbereinigung zu erstellen.
Enthält eine SDF mehrere Datensätze, wandle sie sorgfältig um und prüfe sie. Salze, Gemische, Stereochemie und fehlende Wasserstoffatome können den resultierenden InChI beeinflussen.
Über SDF-Dateien
Eine SDF (Structure-Data File) besteht im Wesentlichen aus vielen aneinandergehängten MOL-Datensätzen. Auf jeden Datensatz folgen optionale Datenfelder wie > <NAME> oder > <CAS>, und er endet mit einer Zeile, die $$$$ enthält. Substanzbibliotheken, PubChem-Downloads und Lieferantenkataloge nutzen häufig SDF, weil eine Datei Tausende Moleküle mit ihren Eigenschaften enthalten kann.
Warum InChI erzeugen?
Der Standard-InChI gibt jeder Struktur eine kanonische Kennung, unabhängig von Atomreihenfolge und Zeichnung. Das ist nützlich, um Bibliotheken zusammenzuführen, Duplikate zu entfernen und Verbindungen mit öffentlichen Datenbanken abzugleichen.
So funktioniert es
- Öffne die .sdf-Datei in einem einfachen Texteditor.
- Kopiere einen Datensatz (von der Kopfzeile bis
$$$$) und füge ihn ein. - Wandle um und kopiere den InChI oder kürze ihn mit InChI in InChIKey.
Fehlerbehebung
- Datensätze mit ungewöhnlichen Elementen, Abfrageatomen oder R-Gruppen liefern möglicherweise keinen Standard-InChI.
- Große Dateien lassen sich leichter in kleinen Portionen von wenigen Datensätzen verarbeiten.
- Behalte die ursprünglichen Abstände bei; SDF-Verknüpfungstabellen sind spaltenbasiert.
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