SDF-in-InChIKey-Konverter
Kurz gesagt: Wandle SDF- oder MOL-Blöcke in Standard-InChIKeys für den Datenbankabgleich um. Das Tool ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge einen SDF- oder MOL-Block ein und wandle ihn in einen Standard-InChIKey um.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SDF | Ausgabe: InChIKey | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SDF (Structure Data File) | InChIKey |
| Inhalt | Ein oder mehrere MOL-Datensätze, jeweils mit optionalen Datenfeldern, getrennt durch $$$$. | Ein 27-stelliger Hash des InChI für die Suche im Web und in Datenbanken. Ohne Nachschlagedatenbank lässt er sich nicht in eine Struktur zurückverwandeln. |
| Datei oder Form | .sdf | Text wie XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Dateiformate erklärt
SDF ist ein Strukturdatenformat, das Atom-/Bindungsblöcke und Stoffeigenschaften speichern kann. Es wird häufig für chemische Datensätze und Screening-Bibliotheken verwendet.
InChIKey ist eine kompakte, gehashte Kennung, die aus einem InChI abgeleitet wird. Sie ist besonders nützlich für Datenbankabgleich, Indexierung und die Prüfung, ob zwei Datensätze wahrscheinlich dieselbe Verbindung beschreiben.
Der InChIKey ist suchfreundlich, aber nicht vollständig umkehrbar. Bewahre die Quell-SDF auf, wenn du später Koordinaten, Atomblöcke oder Eigenschaftsfelder brauchst.
InChIKeys mit Substanzbibliotheken nutzen
Wenn du eine Substanzbibliothek als SDF erhältst, liefert ein InChIKey für jeden Datensatz einen kurzen, durchsuchbaren Fingerabdruck der Struktur. Keys passen gut in Tabellen und Datenbanken und machen es leicht, dieselbe Verbindung unter verschiedenen Namen oder IDs zu erkennen.
So funktioniert es
- Kopiere einen oder mehrere SDF-Datensätze, die jeweils mit
$$$$enden. - Einfügen und umwandeln.
- Kopiere die erhaltenen 27-stelligen Keys in deine Tabelle neben die Verbindungs-IDs.
Praktische Anwendungen
- Duplikate entfernen: Sortiere nach InChIKey; identische Keys bedeuten dieselbe Struktur, einschließlich Stereochemie.
- Stereoisomere finden: Gruppiere nach dem ersten 14-stelligen Block, um Verbindungen zu sammeln, die dasselbe Grundgerüst haben, sich aber in Stereochemie oder Isotopen unterscheiden.
- Querverweise: Suche Keys in öffentlichen Datenbanken, um Literatur, Lieferanten oder Sicherheitsdaten zu finden.
Hinweis: Salze und Gemische in SDF-Datensätzen ergeben Keys für den gesamten Datensatz, daher haben ein Hydrochlorid und seine freie Base unterschiedliche Keys. Entferne zuerst die Gegenionen, wenn du Stammverbindungen abgleichen willst. Für die vollständige Kennung nutze SDF in InChI.
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