محوّل SMILES إلى MOL2
باختصار: حوّل سلاسل SMILES إلى صيغة MOL2 لسير عمل الالتحام الجزيئي والكيمياء الدوائية. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب ولا تحتاج إلى تنزيل.
حوّل سلاسل SMILES إلى صيغة MOL2 للالتحام الجزيئي والتوافق مع خطوط المعالجة.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SMILES | الإخراج: MOL2 | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| ما تحتويه | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. بلا إحداثيات. | إحداثيات ثلاثية الأبعاد وروابط وأنواع ذرات وشحنات جزئية. |
| الملف أو الشكل | .smi أو نص عادي | .mol2 |
شرح صيغة الملف
SMILES يخزّن ترابط الجزيء في سطر نصي قصير. وهو مفيد للمعرّفات، لكنه لا يحمل أنواع ذرات Tripos ولا أقسام الجزيء.
MOL2 هي صيغة Tripos Mol2. يمكنها تخزين الذرات والروابط والبنى الفرعية وأنواع الذرات والإحداثيات والشحنات، مما يجعلها مفيدة في الالتحام الجزيئي والنمذجة الجزيئية وسير عمل الكيمياء الدوائية.
استخدم MOL2 عندما تتوقع أداة الالتحام أو النمذجة أنواع ذرات Tripos أو حقول الشحنات. وتحقّق من حالة البرتنة والشحنات والإحداثيات المولَّدة قبل الالتحام الفعلي.
متى تحتاج إلى MOL2
MOL2 صيغة إدخال شائعة للالتحام الجزيئي والفحص الافتراضي والميكانيكا الجزيئية. وإلى جانب الإحداثيات، تخزّن أنواع ذرات SYBYL والشحنات الجزئية التي تعتمد عليها برامج نمذجة كثيرة. وتحويل سلسلة SMILES إلى MOL2 طريقة سريعة لتحضير ربيطة عندما لا تملك بنيتها إلا نصًا.
طريقة الاستخدام
- الصق SMILES الخاص بربيطتك، مثل الإيبوبروفين
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - حوّل ونزّل ملف .mol2.
- افتحه في برنامج النمذجة أو الالتحام الجزيئي لديك.
قبل الالتحام
- البرتنة: حدّد حالة الشحنة المناسبة عند قيمة pH المستهدفة. فالحمض الكربوكسيلي مثل الإيبوبروفين يكون في الغالب منزوع البروتون عند pH 7.4.
- الكيمياء الفراغية: حدّد @ أو @@ في SMILES للمراكز الكيرالية؛ وإلا فقد يختار الشكل المولَّد أحدها اعتباطيًا.
- الشكل الهندسي: الإحداثيات ثلاثية الأبعاد المولَّدة هيئة ابتدائية؛ ويُنصح عادةً بتقليل الطاقة في برنامج النمذجة لديك.
لبرامج الالتحام التي تحتاج إلى PDBQT، راجع SMILES إلى PDBQT. وللاتجاه المعاكس استخدم MOL2 إلى SMILES.
آخر تحديث: