محوّل SMILES إلى بنية ثلاثية الأبعاد
باختصار: حوّل SMILES إلى بنية ثلاثية الأبعاد تفاعلية. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
الصق سلسلة SMILES، وولّد بنية ثلاثية الأبعاد باستخدام مكتبة 3Dmol.js الخفيفة، ونزّلها بأهم صيغ الصور والبنى.
إدخال SMILES
البنية ثلاثية الأبعاد الناتجة
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SMILES | الإخراج: بنية ثلاثية الأبعاد | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | بنية ثلاثية الأبعاد |
| ما الذي تحتويه | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. دون إحداثيات. | نموذج بإحداثيات x وy وz لكل ذرة، يُعرض في منظر قابل للتدوير. |
| الملف أو الشكل | ملف .smi أو نص عادي | على الشاشة، مع تنزيل الملفات |
شرح صيغة الملف
SMILES تمثيل نصي مدمج لترابط الجزيء. وهو ممتاز للإدخال والبحث وسير عمل قواعد البيانات، لكنه لا يخزّن مباشرةً هيئة ثلاثية الأبعاد نهائية.
صيغ البنى ثلاثية الأبعاد مثل SDF وXYZ وPDB وMOL وOBJ وX3D تخزّن الإحداثيات أو هندسة قابلة للعرض. فصيغتا SDF وPDB صيغتا إحداثيات كيميائية، وXYZ جدول بسيط لإحداثيات الذرات، أما OBJ/X3D فصيغ نماذج ثلاثية الأبعاد لأغراض العرض المرئي. استخدم محوّل XYZ / Gaussian إلى ثنائي الأبعاد حين تحتاج إلى إعادة ملفات الإحداثيات إلى رسم ثنائي الأبعاد مستنتج. ولتوقّع شكل VSEPR وزوايا الروابط والتهجين حول ذرة مركزية، جرّب حاسبة الهندسة الجزيئية VSEPR.
الإحداثيات ثلاثية الأبعاد المولّدة مفيدة للعرض المرئي والتعليم. أما للإرساء الجزيئي أو كيمياء الكم أو هندسة بجودة النشر، فتحقق من حالة البروتنة والكيمياء الفراغية وجودة المطابقات وتحسين مجال القوة.
هل تحتاج إلى شكل لتقريرك؟ ارسم الصيغ الكيميائية عبر الإنترنت باستخدام MolDraw، وهو بديل مجاني لـ ChemDraw عبر الإنترنت.
آخر تحديث: