محوّل PDB إلى PDBQT عبر الإنترنت

باختصار: الصق نص PDB، أو ارفع ملف ‎.pdb، أو استورد عبر معرّف PDB لتوليد مسودة PDBQT مع إرشادات حول أنواع ذرات AutoDock والشحنات والالتواءات والصيغة. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.

الصق بنية PDB، أو ارفع ملف ‎.pdb، أو استورد بنية بمعرّف PDB من بنك بيانات البروتين، ثم حوّلها إلى PDBQT لمسارات الإرساء الجزيئي. تضيف أداة المتصفح هذه أعمدة العنصر والشحنة/النوع بتخطيط PDBQT لإعداد سريع.

ملاحظات لسير عمل الإرساء

• تنشئ هذه الأداة تخطيطًا نصيًا عمليًا لـ PDBQT مباشرةً في المتصفح للنمذجة الأولية السريعة.
• لعمليات الإرساء الفعلية، يمكنك تحسين حالة البروتنة وتعريفات الالتواء في برنامج الإرساء لديك.
• استخدم هذه الصفحة أداةَ تحويل سريعة حين تحتاج إلى مسودة بنية PDBQT بسرعة.

كيف تحوّل PDB إلى PDBQT عبر الإنترنت

1. الصق نص PDB، أو ارفع ملف .pdb محليًا، أو اكتب معرّف PDB من 4 أحرف مثل 1CRN.
2. انقر على حوّل إلى PDBQT. يحتفظ المحوّل بإحداثيات ATOM/HETATM ويكتب حقلي الشحنة ونوع ذرة AutoDock بنمط PDBQT.
3. انسخ ملف .pdbqt المولّد أو نزّله لإعداد الإرساء أو للفحوص السريعة أو للأمثلة التعليمية.
4. قبل تشغيل إرساء حقيقي، راجع الهيدروجينات والبروتنة والشحنات وأنواع الذرات والروابط المرنة وتنظيف المستقبِل ضمن سير عمل الإرساء لديك.

PDB مقابل PDBQT

PDB صيغة إحداثيات عامة في علم الأحياء البنيوي. أما PDBQT فتُستخدم عادةً في أدوات الإرساء على نمط AutoDock لأنها تحمل معلومات أنواع الذرات والشحنات الجزئية اللازمة لحسابات الإرساء.

أدوات الإرساء والبنى ذات الصلة

شرح صيغة PDBQT

يشبه ملف PDBQT ملف PDB، لكن أدوات الإرساء تقرأ حقولًا إضافية قرب نهاية كل سطر ذرة. يمثّل الجزء Q الشحنة الجزئية، ويمثّل الجزء T نوع ذرة AutoDock.

ATOM      1  N   ALA A   1      11.104  13.207   9.142  1.00 20.00    -0.346  N
ATOM      2  CA  ALA A   1      12.560  13.320   9.420  1.00 20.00     0.186  C
HETATM    3  O   LIG L   1      10.440  11.980   8.500  1.00 20.00    -0.508 OA

قائمة تحقق PDBQT لـ AutoDock Vina

استخدم قائمة التحقق هذه عند إعداد ملفات PDBQT لـ AutoDock أو AutoDock Vina أو سير عمل الإرساء ذات الصلة.

• نظّف ملف PDB: أزل جزيئات الماء غير المهمة والسلاسل المكررة والهيئات البديلة والربائط غير المستهدفة ما لم تكن لازمة.
• أضف الهيدروجينات: نتائج الإرساء حساسة لمواضع الهيدروجين، خاصةً الهيدروجينات القطبية ومانحات الروابط الهيدروجينية.
• تحقق من البروتنة: اختر حالة البروتنة المتوقعة عند pH التجربة أو في الظروف الحيوية.
• عيّن الشحنات: استخدم سير عمل لإعداد الإرساء للحصول على شحنات جزئية واقعية قبل الإرساء النهائي.
• راجع أنواع الذرات: قد تحتاج الفلزات والهالوجينات والكبريت والفوسفور والذرات المشحونة إلى تعيين دقيق لأنواعها.
• عالج الالتواءات: ينبغي أن تعرّف ملفات PDBQT للربائط الروابط القابلة للدوران تعريفًا صحيحًا؛ أما ملفات المستقبِلات فتكون عادةً صلبة ما لم تُعدّ سلاسل جانبية مرنة على حدة.
• تحقق من الناتج: افتح ملف PDBQT في أداة الإرساء أو العرض لديك قبل إطلاق مهمة دفعية طويلة.

PDBQT إلى PDB: ماذا يحدث في الاتجاه المعاكس؟

عمليات البحث مثل محوّل PDBQT إلى PDB تعني عادةً أن المستخدم يريد ملف إحداثيات بسيطًا للعرض. ويمكن غالبًا اختزال ملف PDBQT إلى سجلات ATOM/HETATM شبيهة بـ PDB بإزالة البيانات الوصفية للشحنات وأنواع الذرات وشجرة الالتواء. لكن PDB لا يستطيع حفظ السجلات الخاصة بـ AutoDock مثل ROOT وBRANCH وENDBRANCH وTORSDOF.

أسئلة شائعة

هل PDBQT هو نفسه PDB؟

لا. PDB صيغة إحداثيات عامة، وPDBQT صيغة إرساء تضيف حقلي الشحنة الجزئية ونوع ذرة AutoDock، وقد تتضمن معلومات شجرة الالتواء للربائط المرنة.

لماذا يحتاج AutoDock وVina إلى PDBQT؟

تحتاج برامج الإرساء إلى معلومات أنواع الذرات والشحنات لحساب النقاط وتقييم التآثرات. وملف PDB وحده لا يحتوي عادةً على ما يكفي من المعلومات الخاصة بالإرساء.

هل تحسب هذه الأداة شحنات Gasteiger حقيقية؟

لا. تنشئ هذه الصفحة مسودة PDBQT سريعة في المتصفح بحقل شحنة متعادل. استخدم سير عمل كاملًا لإعداد الإرساء لتعيين الشحنات النهائي.

هل يمكنني الاستيراد مباشرةً من بنك بيانات البروتين؟

نعم. أدخل معرّف PDB من 4 أحرف مثل 1CRN، فتستورد الأداة ملف PDB من RCSB قبل توليد مسودة PDBQT.