محوّل SMILES إلى PDBQT
باختصار: حوّل سلسلة SMILES إلى صيغة PDBQT للالتحام الجزيئي وسير العمل بأسلوب AutoDock. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب ولا تحتاج إلى تنزيل.
حوّل SMILES إلى PDBQT في خطوتين: ولّد PDB ثلاثي الأبعاد من SMILES، ثم حوّل البنية إلى نص PDBQT جاهز للالتحام الجزيئي.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SMILES | الإخراج: PDBQT | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (صيغة AutoDock) |
| ما تحتويه | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. بلا إحداثيات. | إحداثيات PDB مع الشحنات الجزئية (Q) وأنواع ذرات AutoDock (T)، وبيانات الالتواء للربائط. |
| الملف أو الشكل | .smi أو نص عادي | .pdbqt |
سير العمل التقني
- الخطوة 1: تطلب الأداة إحداثيات PDB ثلاثية الأبعاد من خدمة عامة لتحويل SMILES.
- الخطوة 2: تُعاد كتابة أسطر ذرات PDB في سجلات بأسلوب PDBQT مع أعمدة نوع الذرة والشحنة.
- استخدم هذا المحوّل السريع للمسودات؛ واضبط البرتنة وإعدادات الالتواء في برنامج الالتحام عند الحاجة.
شرح صيغة الملف
SMILES سلسلة ترابط مدمجة. وهي جيدة لوصف ربيطة بسرعة، لكنها لا تحتوي أنواع ذرات الالتحام ولا الشحنات ولا الالتواءات ولا الإحداثيات ثلاثية الأبعاد.
PDBQT صيغة التحام بأسلوب AutoDock. تخزّن إحداثيات شبيهة بـ PDB مع حقول الشحنة الجزئية ونوع ذرة AutoDock، وقد تتضمن ملفات الربائط سجلات شجرة الالتواء مثل ROOT وBRANCH وENDBRANCH وTORSDOF.
ينشئ هذا المحوّل مسودة PDBQT في المتصفح. وللالتحام الفعلي بـ AutoDock Vina، راجع ذرات الهيدروجين والبرتنة ونموذج الشحنات وأنواع الذرات والروابط القابلة للدوران.
آخر تحديث: