محوّل PDB إلى SMILES

باختصار: حوّل نص بنية PDB إلى SMILES باستخدام خدمة عامة لتحليل البنى الكيميائية بأفضل جهد ممكن. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب ولا تحتاج إلى تنزيل.

الصق نص PDB وحوّله إلى SMILES بمحلّل يعمل بأفضل جهد ممكن. للبروتينات الكبيرة استخدم كتل PDB للربيطة وحدها.

شرح صيغة الملف

PDB يخزّن إحداثيات الذرات ثلاثية الأبعاد وأسماء البقايا والسلاسل والإشغال وعامل B وبيانات العناصر. وهو شائع للبروتينات والربائط والبنى البلورية والعرض الجزيئي.

SMILES يخزّن الجزيء سطرًا نصيًا مدمجًا للترابط. وهو الأفضل للجزيئات الصغيرة والربائط، لا للجزيئات البروتينية الضخمة كاملة.

للحصول على أفضل النتائج حوّل كتل PDB للربيطة وحدها. فملفات PDB للبروتينات تحتوي غالبًا بقايا كثيرة وتفتقر إلى معلومات رتب الروابط، لذا قد يكون التحويل المباشر من PDB إلى SMILES ملتبسًا.

تحويل ربائط PDB إلى SMILES

تخزّن ملفات PDB إحداثيات الذرات، أساسًا للبروتينات والأحماض النووية المحددة بعلم البلورات أو NMR أو المجهر الإلكتروني بالتبريد. وتظهر ربائط الجزيئات الصغيرة في سجلات HETATM. وكثيرًا ما تفتقر الصيغة إلى رتب روابط صريحة للربائط، لذا يتطلب تحويل الإحداثيات إلى سلسلة SMILES استنتاج الروابط من المسافات بين الذرات وقوالب البقايا. ولهذا تكون النتائج بأفضل جهد ممكن.

الحصول على نتائج جيدة

1. استخرج الربيطة وحدها: انسخ أسطر HETATM الخاصة بها (وأي أسطر CONECT لها) بدلًا من البروتين كاملًا.
2. أزل جزيئات الماء (اسم البقية HOH) والأيونات غير ذات الصلة.
3. حوّل ثم تحقّق من SMILES برسمه بأداة SMILES إلى بنية.

مشكلات شائعة

• ذرات هيدروجين مفقودة: تُغفل معظم البنى البلورية ذرات الهيدروجين، لذا قد تحتاج رتب الروابط والشحنات إلى مراجعة.
• رتب روابط خاطئة: قد تُحدَّد الحلقات العطرية والكربونيلات خطأً عندما يكون الشكل الهندسي مشوّهًا؛ قارن بمدخل الربيطة في قاموس المكوّنات الكيميائية لـ PDB.
• الهيئات البديلة: احتفظ بواحدة فقط (مثل altLoc A) لتجنب تكرار الذرات.

لعرض البروتين نفسه، استخدم عارض البروتينات.