R/S 掌性判定工具(CIP 規則,逐步說明)
重點摘要:繪製分子或貼上其 SMILES。工具會標出每個立體中心、標示 R 或 S,並說明每個 CIP 優先順序的判定方式。雙鍵則標示 E 或 Z。
可用來檢查作業、學習 Cahn–Ingold–Prelog 規則,或在報告中繪製藥物結構前先標示組態。未以楔形或虛線鍵繪製的中心會標記為未定義。
N[C@@H](C)C(=O)O 有一個立體中心:NH₂(1)> COOH(2)> CH₃(3)> H(4),H 在後方時 1 → 2 → 3 為逆時針,所以是 (S)。正在載入編輯器…
載入中…
如何使用 R/S 判定工具
- 在編輯器中繪製分子,並在每個立體中心使用楔形鍵(朝向您)與虛線鍵(遠離您),或貼上含
@/@@與/\標記的 SMILES 字串。 - 右側的圖會將每個中心標示為 R、S 或 (?),並將每個立體雙鍵標示為 E 或 Z。
- 每個立體中心都有一張卡片,列出編號 1–4 的四個基團,以及決定每個優先順序的比較過程。
- 按一下在 MolDraw 中開啟即可保留結構、加入標籤並匯出。
CIP 優先順序規則(Cahn–Ingold–Prelog)
- 原子序較高者優先。查看與立體中心相連的四個原子:I > Br > Cl > S > F > O > N > C > H。
- 同位素:若兩個原子為同一元素,較重的同位素優先(D > H)。
- 同分時:再往外一層。列出每個同分原子所連接的三個原子(由高到低),例如 CH₂OH = {O, H, H},CH(CH₃)₂ = {C, C, H}。在第一個不同處比較:{O, H, H} 勝過 {C, C, H},因為 O 勝過 C。若仍相同,再往外一個鍵,並一律先沿順位較高的分支比較。
- 雙鍵與參鍵視為兩個或三個單鍵:C=O 中碳得到一個複製的 O,O 得到一個複製的 C。所以 –CHO = {O, O, H},勝過 –CH₂OH = {O, H, H}。
- 指定 R 或 S。將基團 4 指向遠離您的方向,依 1 → 2 → 3 描繪。順時針 = R(rectus),逆時針 = S(sinister)。
雙鍵的 E/Z
以相同規則排列 C=C 兩端碳上各兩個基團的優先順序。若兩個優先順序較高的基團在同側,為 Z(zusammen,在一起);若在異側,為 E(entgegen,相對)。當優先順序較高的基團不是較大的烷基鏈時,E/Z 可能與順/反不同。
有多少個立體異構物?
具有 n 個立體中心與立體雙鍵的分子,最多有 2n 個立體異構物。內消旋化合物(例如內消旋酒石酸)具有內部鏡面,因此實際數目較少:酒石酸有 3 個立體異構物,而不是 4 個。
範例解析
2-丁醇
基團:OH、CH₂CH₃、CH₃、H。OH 最優先(O)。乙基在第 2 層勝過甲基:{C, H, H} > {H, H, H}。
C[C@@H](O)CC 為 (R)-2-丁醇。
甘油醛
OH(O)> CHO {O, O, H} > CH₂OH {O, H, H} > H。C=O 的複製 O 打破同分。
D-甘油醛為 (R)。
半胱胺酸
CH₂SH {S, H, H} 勝過 COOH {O, O, O},因為 S(16)> O(8),所以 L-半胱胺酸為 (R),而大多數 L-胺基酸為 (S)。
L-半胱胺酸 = (R)。
常見錯誤
- 以基團大小而非原子序比較:–CH₂Br 勝過 –C(CH₃)₃,因為在第 2 層 Br 勝過 C。
- 將分支的原子序加總。應在第一個不同處逐一比較原子,而不是比較總和。
- 忘記為 C=O、C=C 與 C≡N 複製原子。
- 最低優先基團朝向您時判讀方向,卻沒有將答案反過來。
- 以為 L 就代表 S。胺基酸通常如此,但半胱胺酸不是。D/L 與 R/S 是不同的系統。
本工具套用原子序與同位素規則(規則 1 與 2)並使用複製原子。需要以立體為依據之規則 3–5 的罕見情況(例如假不對稱中心)會回報為同分。
好好畫出來。在免費的 MolDraw 編輯器中開啟結構,加入楔形鍵、箭頭與標籤,再匯出 PNG 或 SVG 用於筆記與簡報。
開啟完整 MolDraw 編輯器常見問題
如何判定 R 或 S 組態?
依原子序(CIP 規則)排列立體中心上四個基團的優先順序,將優先順序最低的基團指向遠離您的方向,再依 1 → 2 → 3 描繪。順時針為 R,逆時針為 S。
什麼是立體中心(掌性中心)?
連接四個不同基團的原子,通常是 sp³ 碳。交換任意兩個基團即得到另一個鏡像異構物。
兩個碳基團同分時如何區分?
列出每個碳所連接的三個原子(由高到低),並在第一個不同處比較。若完全相同,就沿著順位較高的分支再往外一個鍵比較。
CIP 規則中雙鍵如何處理?
雙鍵視為兩個單鍵:每個原子都得到對方的一個複製原子。所以 –CH=O 視為 C 連接 O、O 與 H。
為什麼我的中心顯示為未定義?
圖中該中心沒有楔形鍵或虛線鍵,所以可能是 R 也可能是 S。請在編輯器中加入楔形或虛線鍵,或在 SMILES 中使用 @ / @@。
E/Z 與順/反有什麼不同?
順/反比較的是兩個碳上相同的基團。E/Z 依 CIP 規則比較優先順序較高的基團,因此適用於所有雙鍵,包括連接四個不同基團的雙鍵。
R/S 判定工具是免費的嗎?
是的。它在您的瀏覽器中執行,免註冊。
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