SMILES 轉 3D 結構工具

簡而言之:將 SMILES 轉換為互動式 3D 結構。完全免費,在網頁瀏覽器中執行,不需下載。

貼上 SMILES 字串,以輕量的 3Dmol.js 產生 3D 結構,並下載為主要的圖片與結構格式。

SMILES 輸入

3D 結構輸出

就緒。

輸入與輸出格式

輸入:SMILES輸出:3D 結構
全名SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System)3D 結構
內容以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學,不含座標。每個原子都有 x、y、z 座標的模型,以可旋轉的檢視方式呈現。
檔案或形式.smi 或純文字顯示於畫面上,並提供檔案下載

檔案格式說明

SMILES 是表示分子連接方式的精簡文字。它非常適合用於輸入、搜尋與資料庫流程,但不會直接儲存最終的 3D 構形。

SDF、XYZ、PDB、MOL、OBJ 與 X3D 等 3D 結構格式儲存座標或可繪製的幾何資料。SDF 與 PDB 是化學座標格式,XYZ 是簡單的原子座標表,OBJ/X3D 則是用於視覺化流程的 3D 模型格式。若要將座標檔轉回推斷的 2D 結構圖,請使用 XYZ / Gaussian 轉 2D 工具。若要預測中心原子周圍的 VSEPR 形狀、鍵角與混成,請試試 VSEPR 分子幾何計算器。

產生的 3D 座標適用於視覺化與教學。若用於對接、量子化學計算或出版品質的幾何結構,請驗證質子化、立體化學、構形異構物品質與力場最佳化。

報告需要插圖嗎?使用 MolDraw 線上繪製化學結構,這是免費的線上 ChemDraw 替代工具。

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