蛋白質檢視器
簡而言之:依 ID 或檔案載入 PDB、查看胺基酸序列、為個別鏈設定樣式,並為選取的序列區段設定樣式。完全免費,在網頁瀏覽器中執行,不需下載。
依 PDB ID 載入蛋白質或上傳 `.pdb`,查看胺基酸序列、為個別鏈設定樣式,並在選取的序列區段上按右鍵以重新設定樣式或隱藏。
就緒。
鏈
載入蛋白質後即可列出鏈。
胺基酸序列
在殘基上拖曳即可選取區段。在選取範圍上按右鍵,可只對該片段重新設定樣式或隱藏。
載入蛋白質後即可顯示序列。
探索蛋白質結構
蛋白質資料庫(PDB)收錄以實驗測定的蛋白質、核酸及其複合物的 3D 結構。每筆資料都有四個字元的 ID,例如 1CRN 是 crambin(一種常用作範例的小型植物蛋白質),4HHB 則是人類去氧血紅素。
選擇顯示樣式
- 卡通:顯示二級結構,螺旋以緞帶或螺旋線表示,β 股以箭頭表示。最適合觀察整體摺疊。
- 棒狀:顯示個別的鍵。最適合觀察側鏈、配體與活性位。
- 球狀:空間填充的原子,可呈現形狀與堆積。
- 線狀:輕量的線框,適用於大型結構。
處理鏈與序列
許多結構含有多條鏈,例如血紅素的兩條 α 鏈與兩條 β 鏈。為每條鏈設定不同樣式,可觀察它們如何堆疊在一起。選取一段胺基酸序列並重新設定樣式,是在圖中醒目標示結合環或突變位點的快速方法。
提示:匯出 PNG 用於投影片;需要在其他程式中使用座標或網格時,可匯出 PDB/XYZ/OBJ。若要把結合的配體轉成 SMILES,請參閱 PDB 轉 SMILES。
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