SMILES’tan 3B Yapıya Dönüştürücü
Kısaca: SMILES’ı etkileşimli bir 3B yapıya dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Bir SMILES dizesi yapıştırın, hafif 3Dmol.js ile 3B yapı oluşturun ve yaygın görüntü ve yapı biçimlerinde indirin.
SMILES Girdisi
3B Yapı Çıktısı
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SMILES | Çıktı: 3B yapı | |
|---|---|---|
| Tam adı | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | 3B yapı |
| İçerdiği bilgi | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satırlık metin olarak. Koordinat içermez. | Her atom için x, y, z koordinatları olan, döndürülebilir bir görünümde gösterilen model. |
| Dosya veya biçim | .smi veya düz metin | Ekranda, dosya indirme seçenekleriyle |
Dosya Biçimi Açıklaması
SMILES, moleküldeki bağlantıların kısa bir metin gösterimidir. Girdi, arama ve veritabanı çalışmaları için mükemmeldir, ancak nihai bir 3B konformasyonu doğrudan saklamaz.
SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ ve X3D gibi 3B yapı biçimleri koordinatları veya görüntülenebilir geometriyi saklar. SDF ve PDB kimyasal koordinat biçimleridir, XYZ basit bir atom-koordinat tablosudur, OBJ/X3D ise görselleştirme için 3B model biçimleridir. Koordinat dosyalarını çıkarımla elde edilen bir 2B çizime geri dönüştürmeniz gerektiğinde XYZ / Gaussian’dan 2B’ye dönüştürücüyü kullanın. Merkez atom çevresindeki VSEPR şeklini, bağ açılarını ve hibritleşmeyi tahmin etmek için VSEPR molekül geometrisi hesaplayıcıyı deneyin.
Oluşturulan 3B koordinatlar görselleştirme ve öğretim için kullanışlıdır. Kenetlenme (docking), kuantum kimyası veya yayın kalitesinde geometri için protonlanmayı, stereokimyayı, konformer kalitesini ve kuvvet alanı optimizasyonunu doğrulayın.
Raporunuz için bir şekil mi gerekiyor? Ücretsiz bir çevrimiçi ChemDraw alternatifi olan MolDraw ile kimyasal yapıları çevrimiçi çizin.
Son güncelleme: