SMILES’tan MOL2’ye Dönüştürücü
Kısaca: Kenetlenme ve tıbbi kimya iş akışları için SMILES dizelerini MOL2 biçimine dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Kenetlenme ve iş hattı uyumluluğu için SMILES dizelerini MOL2 biçimine dönüştürün.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SMILES | Çıktı: MOL2 | |
|---|---|---|
| Tam adı | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Ne içerir | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satır metin olarak. Koordinat yoktur. | 3B koordinatlar, bağlar, atom tipleri ve kısmi yükler. |
| Dosya veya biçim | .smi veya düz metin | .mol2 |
Dosya biçimi açıklaması
SMILES, molekül bağlantılarını kısa bir metin satırında saklar. Tanımlayıcı olarak kullanışlıdır, ancak Tripos atom tiplerini veya molekül bölümlerini taşımaz.
MOL2, Tripos Mol2 biçimidir. Atomları, bağları, alt yapıları, atom tiplerini, koordinatları ve yükleri saklayabilir; bu da onu kenetlenme, moleküler modelleme ve tıbbi kimya iş akışlarında kullanışlı kılar.
Bir kenetlenme veya modelleme aracı Tripos atom tipleri ya da yük alanları beklediğinde MOL2 kullanın. Gerçek kenetlenmeden önce protonlanmayı, yükleri ve oluşturulan koordinatları doğrulayın.
Ne zaman MOL2 gerekir?
MOL2; kenetlenme, sanal tarama ve moleküler mekanik için yaygın bir girdi biçimidir. Koordinatların yanı sıra birçok modelleme programının dayandığı SYBYL atom tiplerini ve kısmi yükleri saklar. Bir SMILES dizesini MOL2’ye dönüştürmek, yalnızca yapısını metin olarak bildiğiniz bir ligandı hazırlamanın hızlı bir yoludur.
Nasıl kullanılır?
- Ligandınızın SMILES’ını yapıştırın, örneğin ibuprofen
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Dönüştürün ve .mol2 dosyasını indirin.
- Dosyayı modelleme veya kenetlenme yazılımınızda açın.
Kenetlenmeden önce
- Protonlanma: hedef pH’ınızda hangi yük durumunun geçerli olduğuna karar verin. İbuprofen gibi bir karboksilik asit pH 7,4’te büyük ölçüde deprotonedir.
- Stereokimya: kiral merkezler için SMILES’ta @ veya @@ belirtin; aksi hâlde oluşturulan geometri bunlardan birini rastgele seçebilir.
- Geometri: oluşturulan 3B koordinatlar bir başlangıç konformeridir; genellikle modelleme paketinizde enerji minimizasyonu yapılması önerilir.
PDBQT gerektiren kenetlenme programları için SMILES’tan PDBQT’ye aracına bakın. Geri dönüştürmek için MOL2’den SMILES’a aracını kullanın.
Son güncelleme: