MolDraw › Kimya araçları › SMILES Gösterimi Rehberi
SMILES Gösterimi Rehberi
Kısaca: SMILES gösterimini öğrenin: SMILES nedir; atomlar, bağlar, dallar, halkalar, aromatiklik ve stereokimya kuralları, yaygın moleküllerin SMILES kodları ve 2B önizlemeli canlı SMILES doğrulayıcı. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
SMILES bir molekülü tek satırlık metin olarak yazar. Bu rehber ihtiyacınız olan tüm kuralları çözümlü örneklerle ve yaygın moleküllerin SMILES kodları tablosuyla anlatır. Canlı doğrulayıcı SMILES’ınızı kontrol eder, formülünü verir ve çizer.
= ve #, dallar için ( ), halkalar için eşleşen rakamlar, aromatik atomlar için küçük harf kullanır. Etanol CCO, benzen c1ccccc1'dir.SMILES nedir?
SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System), kimyasal bir yapıyı tek satırlık ASCII metni olarak yazmanın bir yoludur. David Weininger 1988’de geliştirmiştir (J. Chem. Inf. Comput. Sci. 28, 31–36). Bugün OpenSMILES belirtimi tarafından tanımlanır. Bir SMILES dizesi atomları molekül boyunca ilerlerken karşılaşacağınız sırayla, bağlar, dallar ve halka kapanışları için sembollerle listeler. Etanol CCO, benzen c1ccccc1, kafein ise Cn1cnc2c1c(=O)n(C)c(=O)n2C'dir.
Düz metin olduğu için SMILES; molekülleri veritabanlarında (PubChem, ChEMBL), elektronik tablolarda, kodda ve makine öğrenmesi veri setlerinde saklamanın, aramanın ve paylaşmanın standart yoludur. MolDraw dahil hemen her kimya programına yazılabilir veya kopyalanabilir.
8 adımda SMILES kuralları
| Kural | Nasıl çalışır | Örnekler |
|---|---|---|
| Atomlar | Organik alt kümedeki B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, I atomları yalın sembollerle yazılır. Normal değerliği doldurmak için hidrojenler otomatik eklenir. | C metan, O su, N amonyak, CCl klorometan |
| Köşeli parantezler | Diğer tüm elementler, yükler, izotoplar veya açık H köşeli parantez içine yazılır; bu durumda otomatik hidrojen eklenmez. | [Na+], [NH4+], [O-], [13CH4], [Fe+2] |
| Bağlar | Komşu atomlar arasında tek bağ varsayılır. Çift bağ için =, üçlü bağ için #, bağlı olmayan parçaları ayırmak için . yazın. | CC etan, C=C eten, C#N HCN, [Na+].[Cl-] |
| Dallar | Bir dal, bağlı olduğu atomdan sonra parantez içine yazılır. Dallar iç içe olabilir. | CC(C)C izobütan, CC(=O)O asetik asit |
| Halkalar | Halkanın bir bağını koparın ve iki ucu aynı rakamla etiketleyin. Halka kapandıktan sonra rakamlar yeniden kullanılabilir; çok sayıda halka için %10 ve üzeri kullanılır. | C1CCCCC1 sikloheksan, C1CC1 siklopropan |
| Aromatiklik | Küçük harfli atomlar aromatiktir ve aralarındaki bağlar da aromatiktir. Ardışık = bağlı Kekulé biçimi de geçerlidir. | c1ccccc1 = C1=CC=CC=C1 benzen; c1cc[nH]c1 pirol |
| Stereo (cis/trans) | / ve \, çift bağın her iki yanındaki bağların yönünü gösterir. | F/C=C/F trans, F/C=C\F cis-1,2-difloroeten |
| Stereo (kiralite) | Köşeli parantez içindeki @ (saat yönünün tersi) veya @@ (saat yönü), ilk komşudan bakıldığında komşuların sırasını verir. | C[C@@H](C(=O)O)N L-alanin |
Elle SMILES yazma: izobütanol
- İskeleti hidrojensiz çizin: (CH₃)₂CH–CH₂–OH.
- Bir uçta başlangıç atomu seçin, ör. bir metil karbonu:
C. - Komşusu olan CH karbonuna ilerleyin:
CC. Onun ikinci bir metili vardır, dal olarak yazılır:CC(C). - Ana zincir boyunca CH₂’ye ve ardından O’ya devam edin:
CC(C)CO. - Hidrojenler örtük olduğundan
CC(C)COtamamdır: C₄H₁₀O.
Aynı molekülü birçok SMILES tanımlayabilir (OCC(C)C de izobütanoldür). Kanonik SMILES, bir programın ürettiği tek standart sürümdür; böylece aynı moleküller aynı dizeleri verir. İzomerik SMILES ayrıca stereokimyayı ve izotopları korur.
Yaygın moleküllerin SMILES kodları
PubChem’den alınan SMILES’lar; formüller bu sayfanın ayrıştırıcısıyla kontrol edilmiştir. Doğrulayıcıya yüklemek için Dene'ye dokunun.
| Molekül | SMILES | Formül |
|---|---|---|
| Asetik asit | CC(=O)O | C2H4O2 |
| Aseton | CC(=O)C | C3H6O |
| Adrenalin (epinefrin) | CNC[C@@H](C1=CC(=C(C=C1)O)O)O | C9H13NO3 |
| Amonyak | N | H3N |
| Aspirin | CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O | C9H8O4 |
| Benzen | C1=CC=CC=C1 | C6H6 |
| Kafein | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | C8H10N4O2 |
| Karbon dioksit | C(=O)=O | CO2 |
| Kolesterol | C[C@H](CCCC(C)C)[C@H]1CC[C@@H]2[C@@]1(CC[C@H]3[C@H]2CC=C4[C@@]3(CC[C@@H](C4)O)C)C | C27H46O |
| Sitrik asit | C(C(=O)O)C(CC(=O)O)(C(=O)O)O | C6H8O7 |
| Sikloheksan | C1CCCCC1 | C6H12 |
| Etanol | CCO | C2H6O |
| Eten | C=C | C2H4 |
| Etin | C#C | C2H2 |
| Glukoz | C([C@@H]1[C@H]([C@@H]([C@H](C(O1)O)O)O)O)O | C6H12O6 |
| Glisin | C(C(=O)O)N | C2H5NO2 |
| İbuprofen | CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O | C13H18O2 |
| L-Alanin | C[C@@H](C(=O)O)N | C3H7NO2 |
| Metan | C | CH4 |
| Metanol | CO | CH4O |
| Naftalin | c1ccc2ccccc2c1 | C10H8 |
| Parasetamol | CC(=O)Nc1ccc(O)cc1 | C8H9NO2 |
| Fenol | Oc1ccccc1 | C6H6O |
| Piridin | c1ccncc1 | C5H5N |
| Serotonin | C1=CC2=C(C=C1O)C(=CN2)CCN | C10H12N2O |
| Sodyum klorür | [Na+].[Cl-] | ClNa |
| Sakkaroz | C([C@@H]1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@H](O1)O[C@]2([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)CO)O)O)O)O | C12H22O11 |
| Toluen | Cc1ccccc1 | C7H8 |
| Vanilin | COC1=C(C=CC(=C1)C=O)O | C8H8O3 |
| Su | O | H2O |
Sık yapılan SMILES hataları
- Kapanmamış halkalar:
C1CC1 numaralı halkayı açar ama hiç kapatmaz. - Değerlik hataları:
C(C)(C)(C)(C)Ckarbona beş bağ verir. - Aromatik N–H: pirol
c1cc[nH]c1'dir ve köşeli parantezli[nH]gereklidir. - Büyük-küçük harf önemlidir:
Cokobalttır,COise metanoldür;Scde S artı aromatik C değil, skandiyumdur. - Yükler köşeli parantez ister:
O-değil,[O-]yazın.
SMILES’ı diğer biçimlere dönüştürün
MolDraw her yaygın yön için ücretsiz dönüştürücüler sunar: SMILES’tan yapıya (2B), yapıdan SMILES’a, addan SMILES’a, SMILES’tan IUPAC adına, SMILES’tan InChI’ye, SMILES’tan MOL’e ve SMILES’tan 3B’ye.
Notlarınız için yapı mı çiziyorsunuz? MolDraw; moleküller, tepkimeler ve laboratuvar şemaları için ücretsiz bir çevrimiçi kimyasal yapı editörüdür.
MolDraw editörünü açSıkça sorulan sorular
Kimyada SMILES neyin kısaltmasıdır?
Simplified Molecular Input Line Entry System: bir molekülün yapısını kısa bir metin dizesi olarak yazan satır gösterimidir; örneğin etanol için CCO.
Suyun SMILES kodu nedir?
O. Hidrojenler örtüktür, yani tek bir oksijen H₂O anlamına gelir. Açık yazımı [OH2]'dir.
SMILES’ta halkalar nasıl yazılır?
Halkadaki bir bağı koparın ve iki atomun arkasına aynı rakamı koyun: sikloheksan C1CCCCC1, benzen c1ccccc1’dir.
SMILES’ta küçük harfler ne anlama gelir?
Aromatik atomlar: c, n, o, s, p (ve b). c1ccccc1, aromatik bağlı benzendir.
Kanonik ve izomerik SMILES arasındaki fark nedir?
Kanonik SMILES, her molekül için tek bir standart dizedir. İzomerik SMILES ayrıca stereokimyayı (@, @@, /, \) ve izotopları kodlar. PubChem ikisini de sunar.
Bir molekülün SMILES’ını nasıl bulurum?
Çizip yapıdan SMILES’a aracını kullanın, bir adı addan SMILES’a aracıyla dönüştürün veya PubChem’de arayın. Ardından kontrol etmek için yukarıdaki doğrulayıcıya yapıştırın.
İlgili kimya araçları
Son güncelleme: