PDB’den SMILES’a Dönüştürücü
Kısaca: Herkese açık bir kimyasal çözümleyici iş akışıyla PDB yapı metnini en iyi çabayla SMILES’a dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
PDB metnini yapıştırın ve en iyi çaba esasına dayalı bir çözümleyiciyle SMILES’a dönüştürün. Büyük proteinler için yalnızca ligand içeren PDB blokları kullanın.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: PDB | Çıktı: SMILES | |
|---|---|---|
| Tam adı | PDB (Protein Data Bank biçimi) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Ne içerir | Sabit sütunlarda 3B atom koordinatları. Proteinler ve küçük moleküller için kullanılır. | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satır metin olarak. Koordinat yoktur. |
| Dosya veya biçim | .pdb | .smi veya düz metin |
Dosya Biçimi Açıklaması
PDB; 3B atom koordinatlarını, kalıntı adlarını, zincirleri, doluluk oranını, B faktörünü ve element verilerini saklar. Proteinler, ligandlar, kristal yapılar ve moleküler görselleştirme için yaygındır.
SMILES, bir molekülü kısa bir bağlantı metni satırı olarak saklar. Tam protein makromolekülleri için değil, küçük moleküller ve ligandlar için en uygunudur.
En iyi sonuç için yalnızca ligand içeren PDB bloklarını dönüştürün. Protein PDB dosyaları çoğunlukla çok sayıda kalıntı içerir ve bağ derecesi bilgisi eksiktir; bu nedenle doğrudan PDB’den SMILES’a dönüştürme belirsiz olabilir.
PDB ligandlarını SMILES’a dönüştürme
PDB dosyaları, çoğunlukla kristalografi, NMR veya kriyo-EM ile elde edilen protein ve nükleik asitlerin atom koordinatlarını saklar. Küçük moleküllü ligandlar HETATM kayıtları olarak görünür. Biçim ligandlar için çoğu zaman açık bağ derecelerini içermez; bu yüzden koordinatları SMILES dizesine dönüştürmek, bağların atom uzaklıklarından ve kalıntı şablonlarından çıkarılmasını gerektirir. Sonuçların en iyi çaba esasına dayanmasının nedeni budur.
İyi sonuç almak için
- Yalnızca ligandı ayıklayın: proteinin tamamı yerine ligandın HETATM satırlarını (ve varsa ona ait CONECT satırlarını) kopyalayın.
- Su moleküllerini (kalıntı adı HOH) ve ilgisiz iyonları çıkarın.
- Dönüştürün ve SMILES’ı SMILES’tan Yapıya aracıyla çizerek kontrol edin.
Sık karşılaşılan sorunlar
- Eksik hidrojenler: çoğu kristal yapıda hidrojenler yer almaz; bu nedenle bağ dereceleri ve yüklerin kontrol edilmesi gerekebilir.
- Yanlış bağ dereceleri: geometri bozuk olduğunda aromatik halkalar ve karboniller yanlış atanabilir; ligandın PDB Chemical Component Dictionary kaydıyla karşılaştırın.
- Alternatif konformasyonlar: yinelenen atomları önlemek için yalnızca birini (örneğin altLoc A) tutun.
Proteinin kendisini görüntülemek için Protein Görüntüleyici aracını kullanın.
Son güncelleme: