SMILES’tan PDBQT’ye Dönüştürücü
Kısaca: Moleküler kenetlenme (docking) ve AutoDock tarzı iş akışları için bir SMILES dizesini PDBQT biçimine dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
SMILES’ı iki adımda PDBQT’ye dönüştürün: SMILES’tan 3B bir PDB oluşturun, ardından yapıyı kenetlenmeye hazır PDBQT metnine çevirin.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SMILES | Çıktı: PDBQT | |
|---|---|---|
| Tam adı | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (AutoDock biçimi) |
| Ne içerir | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satır metin olarak. Koordinat yoktur. | PDB koordinatları artı kısmi yükler (Q) ve AutoDock atom tipleri (T); ligandlar için torsiyon verileriyle birlikte. |
| Dosya veya biçim | .smi veya düz metin | .pdbqt |
Teknik iş akışı
- Adım 1: araç, herkese açık bir SMILES dönüştürme uç noktasından 3B PDB koordinatlarını ister.
- Adım 2: PDB atom satırları, atom tipi ve yük sütunlarıyla PDBQT tarzı kayıtlara yeniden yazılır.
- Bu hızlı dönüştürücüyü taslaklar için kullanın; gerektiğinde protonlanma ve torsiyon ayarlarını kenetlenme yazılımında ince ayarlayın.
Dosya biçimi açıklaması
SMILES kısa bir bağlantı dizesidir. Bir ligandı hızlıca tanımlamak için iyidir, ancak kenetlenme atom tiplerini, yükleri, torsiyonları veya 3B koordinatları içermez.
PDBQT AutoDock tarzı bir kenetlenme biçimidir. PDB benzeri koordinatların yanı sıra kısmi yük ve AutoDock atom tipi alanlarını saklar; ligand dosyaları ROOT, BRANCH, ENDBRANCH ve TORSDOF gibi torsiyon ağacı kayıtları içerebilir.
Bu dönüştürücü tarayıcıda bir PDBQT taslağı oluşturur. Gerçek AutoDock Vina kenetlenmesi için hidrojenleri, protonlanmayı, yük modelini, atom tiplerini ve dönebilen bağları gözden geçirin.
Son güncelleme: