Conversor de SDF em InChI
Em resumo: converta blocos SDF ou MOL em strings InChI padrão para indexação e busca. É gratuito, funciona no navegador e não precisa de download.
Cole um bloco SDF ou MOL e converta-o em uma string InChI padrão.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: SDF | Saída: InChI | |
|---|---|---|
| Nome completo | SDF (Structure Data File) | InChI (Identificador Químico Internacional da IUPAC) |
| O que contém | Um ou mais registros MOL, cada um com campos de dados opcionais, separados por $$$$. | Um identificador de texto em camadas gerado a partir da estrutura. O InChI padrão é o mesmo em qualquer programa. |
| Arquivo ou forma | .sdf | Texto que começa com InChI=1S/ |
Formatos de arquivo explicados
O SDF armazena registros de moléculas com blocos de átomos e ligações no estilo MOL, além de campos de propriedades opcionais. É comum em bibliotecas de compostos e conjuntos de dados de triagem.
O InChI é um identificador padronizado da IUPAC que representa uma molécula em forma de texto em camadas. Converter SDF em InChI ajuda a criar identificadores estáveis para busca, indexação e eliminação de duplicatas.
Se um SDF contiver vários registros, converta e verifique os registros com cuidado. Sais, misturas, estereoquímica e hidrogênios ausentes podem afetar o InChI resultante.
Sobre arquivos SDF
Um SDF (structure-data file) é basicamente vários registros MOL juntos. Cada registro é seguido de campos de dados opcionais como > <NAME> ou > <CAS> e termina com uma linha contendo $$$$. Bibliotecas de compostos, downloads do PubChem e catálogos de fornecedores costumam usar SDF porque um único arquivo pode conter milhares de moléculas com suas propriedades.
Por que gerar InChI
O InChI padrão dá a cada estrutura um identificador canônico, independente da ordem dos átomos e do desenho. Isso é útil para mesclar bibliotecas, remover duplicatas e comparar compostos com bancos de dados públicos.
Como usar
- Abra o arquivo .sdf em um editor de texto simples.
- Copie um registro (do cabeçalho até
$$$$) e cole-o. - Converta e copie o InChI ou encurte-o com InChI para InChIKey.
Solução de problemas
- Registros com elementos incomuns, átomos de consulta ou grupos R podem não gerar um InChI padrão.
- Arquivos grandes são mais fáceis de processar com poucos registros por vez.
- Mantenha o espaçamento original; as tabelas de conexão do SDF são baseadas em colunas.
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