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Conversor Químico em Lote (entra CSV, sai CSV)
Em resumo: Converta de uma vez uma lista inteira de SMILES, nomes, números CAS, CIDs do PubChem, InChI ou InChIKeys. Obtenha SMILES canônico, fórmula, massa molecular, massa exata, InChI, InChIKey, nome IUPAC, LogP, TPSA, doadores e aceptores de ligação de H e uma verificação de Lipinski, e baixe em CSV, TSV ou SDF. É gratuito, funciona no seu navegador e não precisa de download.
Cole um identificador por linha ou abra um arquivo CSV, TSV ou TXT. Os SMILES são processados no seu dispositivo, até 5.000 linhas por execução. Nomes, números CAS e outros identificadores são consultados primeiro no PubChem; essas linhas são marcadas como online.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, dá C9H8O4, MM 180,159 g/mol, massa exata 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 doador, 4 aceptores e Lipinski Aprovado. Depois clique em Baixar CSV.Saídas
Pronto.
Como converter uma lista de substâncias químicas
- Cole sua lista ou clique em Abrir CSV / TSV / TXT. Um valor por linha funciona, assim como uma planilha salva em CSV.
- Confira a linha abaixo da caixa. Ela diz quantas linhas e colunas foram lidas e qual separador foi encontrado.
- Para uma tabela, escolha a Coluna de identificadores e marque A primeira linha é cabeçalho se a linha 1 tiver os nomes das colunas.
- Deixe o Tipo de entrada em Detectar em cada linha, ou force SMILES, Nome, número CAS, CID do PubChem, InChI ou InChIKey.
- Marque as Saídas de que precisa. As saídas marcadas como online exigem consulta na internet.
- Clique em Converter. A barra de progresso mostra as linhas concluídas, os erros e as consultas online. Clique em Parar para terminar antes e manter o que já foi feito.
- Confira a prévia e clique em Baixar CSV, Baixar TSV ou Baixar SDF.
Entradas e saídas
| Entrada | Exemplo | Como é lido |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | No seu dispositivo |
| Nome (comum ou IUPAC) | caffeine | Online, PubChem |
| Número de registro CAS | 58-08-2 | Dígito verificador testado, depois PubChem |
| CID do PubChem | 2519 | Online, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Online, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Online, PubChem |
O que cada saída significa
| Saída | Significado | Origem |
|---|---|---|
| SMILES canônico | Um SMILES padrão por estrutura, para que duplicatas coincidam | Local |
| Fórmula molecular | Ordem de Hill (C, H e depois A–Z), com a carga líquida | Local |
| MM (g/mol) | Massa molar média a partir das massas atômicas padrão | Local |
| Massa exata | Massa monoisotópica (isótopo mais abundante de cada elemento), para espectrometria de massas | Local |
| InChI, InChIKey | Identificadores padrão da IUPAC para buscas em bancos de dados | Online |
| Nome IUPAC | Nome sistemático do PubChem, quando o composto está listado | Online |
| cLogP | Coeficiente de partição octanol–água calculado | Local |
| TPSA (Ų) | Área de superfície polar topológica a partir das contribuições de N e O | Local |
| HBD, HBA | Doadores (N–H, O–H) e aceptores (átomos de N e O) de ligação de H | Local |
| Lipinski | Aprovado se no máximo um limite da regra dos cinco for violado | Local |
Exemplos resolvidos
Aspirina a partir do SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, massa exata 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MM 180,159 g/mol, Lipinski Aprovado
Cafeína a partir do número CAS
58-08-2 passa no teste do dígito verificador e é consultado online.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MM 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Uma planilha com IDs
Colunas id;smiles;IC50 separadas por ponto e vírgula.
O separador e a coluna de SMILES são encontrados automaticamente.
Suas colunas id e IC50 são mantidas ao lado dos resultados
Atorvastatina
MM 558,6 g/mol e cLogP acima de 5.
Dois limites da regra dos cinco são violados.
Lipinski Reprovado (MM > 500; LogP > 5)
Erros comuns
- Nomes em uma coluna de SMILES. Com o Tipo de entrada em SMILES, "aspirin" falha. Use Detectar em cada linha para listas mistas.
- O Excel alterou seus números CAS. Planilhas podem transformar 7732-18-5 em data. Formate a coluna como texto antes de salvar.
- Sais e misturas. Um SMILES com ponto, como
[Na+].[Cl-], é tratado como uma única entrada. A MM e a fórmula incluem todas as partes. - Cabeçalho lido como dado. Se a linha 1 tiver nomes de colunas, marque A primeira linha é cabeçalho; caso contrário, ela aparecerá como linha com falha.
- Comparar valores de LogP de métodos diferentes. cLogP e XLogP3 são ambos estimativas. Use um único método para uma série inteira.
- Listas de nomes muito longas. As consultas online rodam a cerca de quatro por segundo. Converta os nomes em SMILES uma vez e depois trabalhe a partir do arquivo de SMILES.
Quer ver uma estrutura? Cole qualquer SMILES no MolDraw, um editor de estruturas químicas online e gratuito, para desenhar, editar e exportar em PNG, SVG ou MOL.
Abrir o editor MolDrawPerguntas frequentes
Como converter uma lista de SMILES em massas moleculares de uma vez?
Cole os SMILES, um por linha, ou abra um arquivo CSV e escolha a coluna de SMILES. Deixe MW (g/mol) marcado e clique em Converter. Quando terminar, clique em Baixar CSV. Os SMILES são processados no seu dispositivo, então até 5.000 linhas levam só alguns segundos.
Quais entradas precisam de consulta na internet?
Os SMILES são lidos no seu dispositivo. Nomes, números CAS, CIDs do PubChem, InChI e InChIKeys são primeiro consultados no banco de dados gratuito PubChem para obter a estrutura. As saídas InChI, InChIKey e nome IUPAC também são consultadas online. As linhas online são marcadas como online na prévia e limitadas a cerca de quatro por segundo.
Posso enviar um CSV com várias colunas?
Sim. O conversor detecta separadores de vírgula, tabulação, ponto e vírgula e barra vertical, células entre aspas e marca de ordem de bytes (BOM). Ele deduz a linha de cabeçalho e a coluna de identificadores, e você pode alterar ambas. Marque Manter minhas outras colunas para copiar seus IDs ou valores de atividade para a saída.
O que significa a coluna Lipinski?
A regra dos cinco de Lipinski indica baixa absorção oral quando um composto viola mais de um destes limites: MM ≤ 500, LogP ≤ 5, no máximo 5 doadores de ligação de H e no máximo 10 aceptores de ligação de H. Aprovado significa zero ou uma violação. A coluna de violações lista quais limites foram ultrapassados.
Por que meu LogP difere do XLogP3 do PubChem?
Há várias formas de estimar o LogP. Este conversor usa um cLogP calculado por contribuições atômicas, enquanto o PubChem informa o XLogP3. Os dois costumam concordar dentro de cerca de uma unidade. Compare compostos usando o mesmo método.
O que vem no download SDF?
Um registro por linha convertida: uma estrutura 2D com coordenadas, a entrada como linha de título e cada saída escolhida (fórmula, MM, LogP etc.) como campo de dados SDF. A maioria dos programas e bancos de dados de química consegue abri-lo.
Por que uma linha falhou?
A coluna Status informa o motivo: por exemplo, um SMILES com anel ou colchete não fechado, um número CAS com dígito verificador errado ou um nome que o PubChem não conhece. Corrija a entrada e rode o conversor de novo. As outras linhas não são afetadas.
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