Konwerter SDF na InChIKey
W skrócie: Zamieniaj bloki SDF lub MOL na standardowe identyfikatory InChIKey do dopasowywania rekordów w bazach danych. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej blok SDF lub MOL i zamień go na standardowy InChIKey.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SDF | Wynik: InChIKey | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SDF (Structure Data File) | InChIKey |
| Co zawiera | Jeden lub więcej rekordów MOL, każdy z opcjonalnymi polami danych, rozdzielonych znakami $$$$. | 27-znakowy skrót (hash) InChI, stworzony do wyszukiwania w sieci i bazach danych. Bez bazy do wyszukiwania nie da się go z powrotem zamienić na strukturę. |
| Plik lub postać | .sdf | Tekst w postaci XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Formaty plików w skrócie
SDF to format danych strukturalnych, który może przechowywać bloki atomów/wiązań i właściwości związków. Jest szeroko stosowany w zbiorach danych chemicznych i bibliotekach do badań przesiewowych.
InChIKey to zwarty identyfikator w postaci skrótu, wyprowadzony z InChI. Szczególnie przydaje się do dopasowywania rekordów w bazach danych, indeksowania i sprawdzania, czy dwa rekordy prawdopodobnie opisują ten sam związek.
InChIKey ułatwia wyszukiwanie, ale nie jest w pełni odwracalny. Zachowaj źródłowy plik SDF, jeśli później będziesz potrzebować współrzędnych, bloków atomów lub pól właściwości.
InChIKey w bibliotekach związków
Gdy otrzymasz bibliotekę związków w formacie SDF, InChIKey dla każdego rekordu daje krótki, łatwy do wyszukania „odcisk” struktury. Klucze dobrze mieszczą się w arkuszach i bazach danych i pozwalają łatwo wychwycić ten sam związek występujący pod różnymi nazwami lub identyfikatorami.
Jak z niego korzystać
- Skopiuj jeden lub więcej rekordów SDF, każdy zakończony
$$$$. - Wklej i przekonwertuj.
- Skopiuj otrzymane 27-znakowe klucze do arkusza kalkulacyjnego obok identyfikatorów związków.
Praktyczne zastosowania
- Usuwanie duplikatów: posortuj według InChIKey; identyczne klucze oznaczają tę samą strukturę, łącznie ze stereochemią.
- Wyszukiwanie stereoizomerów: grupuj według pierwszego, 14-znakowego bloku, aby zebrać związki o tym samym szkielecie, różniące się stereochemią lub izotopami.
- Odsyłacze: wyszukuj klucze w publicznych bazach danych, aby znaleźć literaturę, dostawców lub dane dotyczące bezpieczeństwa.
Uwaga: sole i mieszaniny w rekordach SDF dają klucze dla całego rekordu, więc chlorowodorek i jego wolna zasada mają różne klucze. Jeśli chcesz dopasować związki macierzyste, najpierw usuń przeciwjony. Pełny identyfikator uzyskasz narzędziem SDF na InChI.
Ostatnia aktualizacja: