Konwerter SDF na InChI
W skrócie: konwertuj bloki SDF lub MOL na standardowe ciągi InChI do indeksowania i wyszukiwania. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej blok SDF lub MOL i przekonwertuj go na standardowy ciąg InChI.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SDF | Wynik: InChI | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Co zawiera | Jeden lub więcej rekordów MOL, każdy z opcjonalnymi polami danych, rozdzielonych znakiem $$$$. | Warstwowy identyfikator tekstowy tworzony na podstawie struktury. Standardowy InChI jest taki sam w każdym programie. |
| Plik lub forma | .sdf | Tekst zaczynający się od InChI=1S/ |
Formaty plików w skrócie
SDF przechowuje rekordy cząsteczek z blokami atomów i wiązań w stylu MOL oraz opcjonalnymi polami właściwości. Jest powszechny w bibliotekach związków i zbiorach danych do badań przesiewowych.
InChI to standardowy identyfikator IUPAC, który przedstawia cząsteczkę w warstwowej postaci tekstowej. Konwersja SDF na InChI pomaga tworzyć stabilne identyfikatory do wyszukiwania, indeksowania i usuwania duplikatów.
Jeśli SDF zawiera wiele rekordów, konwertuj i weryfikuj je starannie. Sole, mieszaniny, stereochemia i brakujące wodory w strukturze mogą wpływać na wynikowy InChI.
O plikach SDF
Plik SDF (structure-data file) to w zasadzie wiele rekordów MOL połączonych razem. Po każdym rekordzie następują opcjonalne pola danych, np. > <NAME> lub > <CAS>, a kończy go linia zawierająca $$$$. Biblioteki związków, pliki pobrane z PubChem i katalogi dostawców często używają SDF, bo jeden plik może zawierać tysiące cząsteczek wraz z właściwościami.
Po co generować InChI
Standardowy InChI daje każdej strukturze kanoniczny identyfikator, niezależny od kolejności atomów i sposobu narysowania. Przydaje się to przy łączeniu bibliotek, usuwaniu duplikatów i dopasowywaniu związków do publicznych baz danych.
Jak z niego korzystać
- Otwórz plik .sdf w zwykłym edytorze tekstu.
- Skopiuj rekord (od nagłówka do
$$$$) i wklej go. - Przekonwertuj i skopiuj InChI albo skróć go narzędziem InChI na InChIKey.
Rozwiązywanie problemów
- Rekordy z nietypowymi pierwiastkami, atomami zapytania lub grupami R mogą nie dać standardowego InChI.
- Duże pliki łatwiej przetwarzać po kilka rekordów naraz.
- Zachowaj oryginalne odstępy; tabele połączeń SDF są oparte na kolumnach.
Ostatnia aktualizacja: