MolDraw › Narzędzia chemiczne › Wsadowy konwerter chemiczny
Wsadowy konwerter chemiczny (CSV na wejściu, CSV na wyjściu)
W skrócie: Konwertuj za jednym razem całą listę SMILES, nazw, numerów CAS, CID z PubChem, InChI lub InChIKey. Otrzymasz kanoniczny SMILES, wzór, masę cząsteczkową, masę dokładną, InChI, InChIKey, nazwę IUPAC, LogP, TPSA, donory i akceptory wiązań wodorowych oraz test Lipinskiego, a potem pobierzesz CSV, TSV lub SDF. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej jeden identyfikator w wierszu albo otwórz plik CSV, TSV lub TXT. SMILES są przetwarzane na twoim urządzeniu, do 5000 wierszy na jedno uruchomienie. Nazwy (po angielsku), numery CAS i inne identyfikatory są najpierw wyszukiwane w PubChem; takie wiersze są oznaczone jako online.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, daje C9H8O4, MW 180,159 g/mol, masę dokładną 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 donor, 4 akceptory i wynik Lipinskiego Pass. Potem naciśnij Pobierz CSV.Wyniki
Gotowe.
Jak przekonwertować listę związków chemicznych
- Wklej swoją listę albo naciśnij Otwórz CSV / TSV / TXT. Działa zarówno jedna wartość w wierszu, jak i arkusz kalkulacyjny zapisany jako CSV.
- Sprawdź wiersz pod polem. Podaje, ile wierszy i kolumn odczytano i jaki separator wykryto.
- W przypadku tabeli wybierz Kolumna identyfikatorów i zaznacz Pierwszy wiersz to nagłówek, jeśli wiersz 1 zawiera nazwy kolumn.
- Zostaw Rodzaj danych na Wykrywaj dla każdego wiersza albo wymuś SMILES, Nazwa, Numer CAS, CID z PubChem, InChI lub InChIKey.
- Zaznacz potrzebne Wyniki. Wyniki oznaczone jako online wymagają wyszukiwania w internecie.
- Naciśnij Konwertuj. Pasek postępu pokazuje gotowe wiersze, błędy i wyszukiwania online. Naciśnij Zatrzymaj, aby zakończyć wcześniej i zachować gotowe wyniki.
- Sprawdź podgląd, a potem naciśnij Pobierz CSV, Pobierz TSV lub Pobierz SDF.
Dane wejściowe i wyniki
| Dane wejściowe | Przykład | Jak jest odczytywane |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Na twoim urządzeniu |
| Nazwa (zwyczajowa lub IUPAC, po angielsku) | caffeine | Online, PubChem |
| Numer CAS Registry | 58-08-2 | Sprawdzenie cyfry kontrolnej, potem PubChem |
| CID z PubChem | 2519 | Online, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Online, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Online, PubChem |
Co oznacza każdy wynik
| Wynik | Znaczenie | Źródło |
|---|---|---|
| Kanoniczny SMILES | Jeden standardowy SMILES na strukturę, więc duplikaty się zgadzają | Lokalnie |
| Wzór sumaryczny | Kolejność Hilla (C, H, potem A–Z), z dodanym ładunkiem wypadkowym | Lokalnie |
| MW (g/mol) | Średnia masa molowa ze standardowych mas atomowych | Lokalnie |
| Masa dokładna | Masa monoizotopowa (najpowszechniejszy izotop każdego pierwiastka), do spektrometrii mas | Lokalnie |
| InChI, InChIKey | Standardowe identyfikatory IUPAC do wyszukiwania w bazach danych | Online |
| Nazwa IUPAC | Nazwa systematyczna z PubChem, jeśli związek jest w bazie | Online |
| cLogP | Obliczony współczynnik podziału oktanol–woda | Lokalnie |
| TPSA (Ų) | Topologiczna polarna powierzchnia cząsteczki z udziałów N i O | Lokalnie |
| HBD, HBA | Donory wiązań wodorowych (N–H, O–H) i akceptory (atomy N i O) | Lokalnie |
| Lipinski | Pass, jeśli przekroczono najwyżej jeden limit reguły pięciu | Lokalnie |
Przykłady z rozwiązaniem
Aspiryna ze SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, masa dokładna 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MW 180,159 g/mol, Lipinski Pass
Kofeina z numeru CAS
58-08-2 przechodzi test cyfry kontrolnej i jest wyszukiwany online.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MW 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Arkusz z identyfikatorami
Kolumny id;smiles;IC50 oddzielone średnikami.
Separator i kolumna SMILES są wykrywane automatycznie.
Twoje kolumny id i IC50 są zachowane obok wyników
Atorwastatyna
MW 558,6 g/mol i cLogP powyżej 5.
Przekroczone są dwa limity reguły pięciu.
Lipinski Fail (MW > 500; LogP > 5)
Częste błędy
- Nazwy w kolumnie SMILES. Gdy Rodzaj danych ustawiono na SMILES, „aspirin” się nie przekonwertuje. Dla list mieszanych użyj opcji „Wykrywaj dla każdego wiersza”.
- Excel zmienił twoje numery CAS. Arkusze kalkulacyjne potrafią zamienić 7732-18-5 w datę. Przed zapisaniem sformatuj kolumnę jako tekst.
- Sole i mieszaniny. SMILES z kropką, np.
[Na+].[Cl-], jest traktowany jako jeden wpis. MW i wzór obejmują wszystkie składniki. - Nagłówek odczytany jako dane. Jeśli wiersz 1 zawiera nazwy kolumn, zaznacz „Pierwszy wiersz to nagłówek”, inaczej pojawi się jako błędny wiersz.
- Porównywanie wartości LogP z różnych metod. cLogP i XLogP3 to szacunki. Dla całej serii używaj jednej metody.
- Bardzo długie listy nazw. Wyszukiwania online działają w tempie około czterech na sekundę. Zamień nazwy na SMILES raz, a potem pracuj na pliku SMILES.
Chcesz zobaczyć strukturę? Wklej dowolny SMILES do MolDraw, darmowego edytora struktur chemicznych online, aby ją narysować, edytować i wyeksportować jako PNG, SVG lub MOL.
Otwórz edytor MolDrawNajczęściej zadawane pytania
Jak zamienić listę SMILES na masy cząsteczkowe za jednym razem?
Wklej SMILES po jednym w wierszu albo otwórz plik CSV i wybierz kolumnę SMILES. Zostaw zaznaczone MW (g/mol) i naciśnij „Konwertuj”. Po zakończeniu naciśnij „Pobierz CSV”. SMILES są przetwarzane na twoim urządzeniu, więc nawet 5000 wierszy zajmuje tylko kilka sekund.
Które dane wymagają wyszukiwania w internecie?
SMILES są odczytywane na twoim urządzeniu. Nazwy, numery CAS, CID z PubChem, InChI i InChIKey są najpierw wyszukiwane w darmowej bazie PubChem, aby uzyskać strukturę. Wyniki InChI, InChIKey i nazwy IUPAC także są pobierane online. Wiersze online są oznaczone w podglądzie jako online, a ich tempo jest ograniczone do około czterech na sekundę.
Czy mogę wczytać CSV z kilkoma kolumnami?
Tak. Konwerter wykrywa separatory: przecinek, tabulator, średnik i kreskę pionową, a także komórki w cudzysłowach i znacznik BOM. Zgaduje wiersz nagłówka i kolumnę identyfikatorów; możesz zmienić oba. Zaznacz „Zachowaj moje pozostałe kolumny”, aby skopiować swoje identyfikatory lub wartości aktywności do wyniku.
Co oznacza kolumna Lipinski?
Reguła pięciu Lipinskiego sygnalizuje słabe wchłanianie po podaniu doustnym, gdy związek łamie więcej niż jeden z warunków: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, najwyżej 5 donorów wiązań wodorowych i najwyżej 10 akceptorów wiązań wodorowych. Pass oznacza zero lub jedno naruszenie. Kolumna naruszeń podaje, które limity zostały przekroczone.
Dlaczego mój LogP różni się od XLogP3 w PubChem?
Istnieje kilka sposobów szacowania LogP. Ten konwerter używa obliczonego cLogP z udziałów atomowych, a PubChem podaje XLogP3. Obie wartości zwykle zgadzają się z dokładnością do około jednej jednostki. Porównuj związki tą samą metodą.
Co zawiera plik SDF do pobrania?
Jeden rekord na każdy przekonwertowany wiersz: strukturę 2D ze współrzędnymi, dane wejściowe jako wiersz tytułu i każdy wybrany wynik (wzór, MW, LogP itd.) jako pole danych SDF. Większość programów i baz chemicznych potrafi go otworzyć.
Dlaczego wiersz się nie przekonwertował?
Kolumna Status podaje przyczynę: np. SMILES z niezamkniętym pierścieniem lub nawiasem, numer CAS z błędną cyfrą kontrolną albo nazwę, której PubChem nie zna. Popraw dane i uruchom konwerter ponownie. Pozostałe wiersze nie są zmieniane.
Powiązane narzędzia chemiczne
Ostatnia aktualizacja: