Eiwitviewer

Kort gezegd: Laad een PDB-structuur via ID of bestand, bekijk aminozuursequenties, geef afzonderlijke ketens en geselecteerde delen van de sequentie een eigen stijl. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.

Laad eiwitten via PDB-ID of upload een `.pdb`, bekijk de aminozuursequentie, geef afzonderlijke ketens een stijl en klik met de rechtermuisknop op geselecteerde delen van de sequentie om ze een andere stijl te geven of te verbergen.

Een eiwitstructuur verkennen

De Protein Data Bank (PDB) bevat experimenteel bepaalde 3D-structuren van eiwitten, nucleïnezuren en hun complexen. Elke vermelding heeft een ID van vier tekens, bijvoorbeeld 1CRN voor crambine, een klein plantaardig eiwit dat vaak in voorbeelden wordt gebruikt, of 4HHB voor menselijk deoxyhemoglobine.

Een weergavestijl kiezen

• Cartoon: toont de secundaire structuur, met helices als linten of spiralen en β-strengen als pijlen. Het best om de algehele vouwing te zien.
• Staafjes: toont afzonderlijke bindingen. Het best voor zijketens, liganden en actieve centra.
• Bollen: ruimtevullende atomen die vorm en pakking laten zien.
• Lijnen: licht draadmodel, handig voor grote structuren.

Werken met ketens en sequenties

Veel structuren bevatten meerdere ketens, bijvoorbeeld de twee α- en twee β-ketens van hemoglobine. Geef elke keten een andere stijl om te zien hoe ze in elkaar passen. Een stuk van de aminozuursequentie selecteren en een andere stijl geven is een snelle manier om een bindingslus of een mutatieplaats in een figuur te markeren.

Tip: exporteer een PNG voor dia's, of PDB/XYZ/OBJ als je de coördinaten of een mesh in een ander programma nodig hebt. Wil je een gebonden ligand omzetten in SMILES, zie dan PDB naar SMILES.