SMILESからMOLへの変換ツール

概要：SMILES文字列をMOL構造ファイルに変換し、他のソフトウェアとのやり取りに使えます。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。

SMILESをダウンロード可能なMOL形式に変換し、エディターや電子実験ノート（ELN）で使えるようにします。

ファイル形式の解説

SMILESは分子を表すコンパクトな1行のテキスト識別子です。データベース、スクリプト、Webツールに貼り付けやすい一方、描画した2Dレイアウトは保存されません。

MOL（molfileとも呼ばれます）は、座標つきの原子テーブルと結合テーブルを保存します。エディター、ELN、ケモインフォマティクスツールでテキスト識別子ではなく編集可能な構造ファイルが必要な場合はMOLを使います。

変換後、MOLファイルを論文、化合物登録、計算ワークフローで使う前に、立体化学、電荷、芳香環を確認してください。

MOLファイルに含まれる情報

SMILESはどの原子どうしが結合しているかを表しますが、座標は含みません。MOLファイルには2Dレイアウトが加わり、各原子にx座標とy座標が与えられるため、他のプログラムはレイアウトを計算し直さずに分子を表示できます。そのため、ChemDraw互換ソフトウェア、電子実験ノート、化合物登録システムに構造を移す場合、MOLは安心して使える形式です。

出力の読み方

• 1〜3行目：ヘッダー（名前、プログラム、コメント）。
• カウント行：原子数と結合数、およびバージョンタグV2000。
• 原子ブロック：1原子につき1行で、x、y、z座標と元素記号。
• 結合ブロック：原子番号の組と結合の種類（1：単結合、2：二重結合、3：三重結合）。
• M ENDでレコードが終わります。

使い方

1. CCO（エタノール）のようなSMILESを貼り付けます。
2. 変換して、MOLテキストをダウンロードまたはコピーします。
3. .mol拡張子で保存し、使用するプログラムで開きます。

複数の分子を1つのファイルにまとめたい場合はSMILESからSDFへを、モデリング用の3D座標が必要な場合はSMILESからPDBへを試してください。