タンパク質ビューア

概要：PDBをIDまたはファイルで読み込み、アミノ酸配列を確認し、チェーンごとや選択した配列領域ごとにスタイルを設定できます。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。

PDB IDでタンパク質を読み込むか`.pdb`をアップロードし、アミノ酸配列を確認し、チェーンごとにスタイルを設定し、選択した配列領域を右クリックしてスタイル変更や非表示ができます。

タンパク質の構造を調べる

Protein Data Bank（PDB）には、実験的に決定されたタンパク質、核酸、およびそれらの複合体の3D構造が収録されています。各エントリには4文字のIDがあり、たとえば例によく使われる小さな植物タンパク質クランビンは1CRN、ヒトのデオキシヘモグロビンは4HHBです。

表示スタイルの選び方

• カートゥーン：二次構造を表示し、ヘリックスをリボンやらせんで、βストランドを矢印で示します。全体の折りたたみ構造を見るのに最適です。
• スティック：個々の結合を表示します。側鎖、リガンド、活性部位を見るのに最適です。
• 球：原子を空間充填で表示し、形と詰まり具合がわかります。
• ライン：軽量なワイヤーフレームで、大きな構造に便利です。

チェーンと配列の扱い方

多くの構造には複数のチェーンが含まれます。たとえばヘモグロビンには2本のαチェーンと2本のβチェーンがあります。チェーンごとに異なるスタイルにすると、どのように詰まっているかがわかります。アミノ酸配列の一部を選択してスタイルを変えると、図の中で結合ループや変異部位をすばやく強調できます。

ヒント：スライドにはPNGを、別のプログラムで座標やメッシュが必要な場合はPDB/XYZ/OBJをエクスポートしてください。結合したリガンドをSMILESに変換するにはPDBからSMILESへをご覧ください。