SMILES 转 3D 结构转换器
简而言之:将 SMILES 转换为可交互的 3D 结构。免费使用,在网页浏览器中运行,无需下载。
粘贴 SMILES 字符串,用轻量的 3Dmol.js 生成 3D 结构,并以主流图片和结构格式下载。
SMILES 输入
3D 结构输出
就绪。
输入与输出格式
| 输入:SMILES | 输出:3D 结构 | |
|---|---|---|
| 全称 | SMILES(简化分子线性输入规范) | 3D 结构 |
| 包含的信息 | 以一行文本表示原子、化学键、环、电荷和立体化学,不含坐标。 | 为每个原子提供 x、y、z 坐标的模型,以可旋转视图显示。 |
| 文件或形式 | .smi 或纯文本 | 屏幕显示,并可下载文件 |
文件格式说明
SMILES 是表示分子连接方式的紧凑文本,非常适合输入、搜索和数据库流程,但它不直接存储最终的 3D 构象。
SDF、XYZ、PDB、MOL、OBJ 和 X3D 等3D 结构格式存储坐标或可渲染的几何数据。SDF 和 PDB 是化学坐标格式,XYZ 是简单的原子坐标表,OBJ/X3D 是用于可视化流程的 3D 模型格式。需要把坐标文件转回推断出的 2D 结构图时,请使用 XYZ / Gaussian 转 2D 转换器。要预测中心原子周围的 VSEPR 构型、键角和杂化方式,可以试试 VSEPR 分子几何构型计算器。
生成的 3D 坐标适用于可视化和教学。用于分子对接、量子化学或出版级几何构型时,请验证质子化、立体化学、构象质量并进行力场优化。
报告需要配图?使用 MolDraw 在线绘制化学结构式,它是一款免费的在线 ChemDraw 替代工具。
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