Convertitore da PDB a SMILES
In breve: converti testo di struttura PDB in SMILES con un flusso di lavoro best-effort basato su un risolutore chimico pubblico. È gratuito, funziona nel browser web e non richiede download.
Incolla testo PDB e convertilo in SMILES con un risolutore best-effort. Per proteine grandi, usa blocchi PDB contenenti solo il ligando.
Formati di input e output
| Input: PDB | Output: SMILES | |
|---|---|---|
| Nome completo | PDB (formato Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Cosa contiene | Coordinate atomiche 3D in colonne fisse. Usato per proteine e piccole molecole. | Atomi, legami, anelli, cariche e stereochimica in una sola riga di testo. Nessuna coordinata. |
| File o forma | .pdb | .smi o testo semplice |
Formati di file spiegati
Il PDB memorizza coordinate atomiche 3D, nomi dei residui, catene, occupanza, fattore B e dati sugli elementi. È comune per proteine, ligandi, strutture cristalline e visualizzazione molecolare.
Lo SMILES memorizza una molecola come una riga compatta di testo che descrive la connettività. È ideale per piccole molecole e ligandi, non per intere macromolecole proteiche.
Per risultati migliori, converti blocchi PDB contenenti solo il ligando. I file PDB delle proteine contengono spesso molti residui e mancano delle informazioni sugli ordini di legame, quindi una conversione diretta da PDB a SMILES può essere ambigua.
Convertire i ligandi PDB in SMILES
I file PDB memorizzano coordinate atomiche, soprattutto di proteine e acidi nucleici ottenute da cristallografia, NMR o crio-EM. I ligandi a piccola molecola compaiono come record HETATM. Il formato spesso non contiene ordini di legame espliciti per i ligandi, quindi convertire le coordinate in una stringa SMILES richiede di dedurre i legami dalle distanze interatomiche e dai modelli dei residui. Per questo i risultati sono best-effort.
Ottenere buoni risultati
- Estrai solo il ligando: copia le sue righe HETATM (ed eventuali righe CONECT relative) invece dell'intera proteina.
- Rimuovi le molecole d'acqua (nome del residuo HOH) e gli ioni non pertinenti.
- Converti e controlla lo SMILES disegnandolo con da SMILES a struttura.
Problemi comuni
- Idrogeni mancanti: la maggior parte delle strutture cristalline omette gli idrogeni, quindi ordini di legame e cariche potrebbero dover essere verificati.
- Ordini di legame errati: anelli aromatici e carbonili possono essere assegnati male quando la geometria è distorta; confronta con la voce del ligando nel PDB Chemical Component Dictionary.
- Conformazioni alternative: tienine solo una (per esempio altLoc A) per evitare atomi duplicati.
Per visualizzare la proteina stessa, usa il visualizzatore di proteine.
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