Convertitore da SMILES a PDBQT
In breve: converti una stringa SMILES nel formato PDBQT per il docking molecolare e flussi di lavoro in stile AutoDock. È gratuito, funziona nel browser web e non richiede download.
Converti SMILES in PDBQT in due passaggi: genera un PDB 3D dallo SMILES, poi trasforma la struttura in testo PDBQT pronto per il docking.
Formati di input e output
| Input: SMILES | Output: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (formato AutoDock) |
| Cosa contiene | Atomi, legami, anelli, cariche e stereochimica in una sola riga di testo. Nessuna coordinata. | Coordinate PDB più cariche parziali (Q) e tipi atomici AutoDock (T), con dati sulle torsioni per i ligandi. |
| File o forma | .smi o testo semplice | .pdbqt |
Flusso di lavoro tecnico
- Passaggio 1: lo strumento richiede le coordinate PDB 3D a un servizio pubblico di conversione degli SMILES.
- Passaggio 2: le righe degli atomi PDB vengono riscritte come record in stile PDBQT con colonne per tipo atomico e carica.
- Usa questo convertitore rapido per le bozze; se necessario, perfeziona protonazione e impostazioni delle torsioni nel software di docking.
Formati di file spiegati
Lo SMILES è una stringa compatta di connettività. È utile per descrivere rapidamente un ligando, ma non contiene tipi atomici per il docking, cariche, torsioni né coordinate 3D.
Il PDBQT è un formato di docking in stile AutoDock. Memorizza coordinate simili a quelle PDB più campi per la carica parziale e il tipo atomico AutoDock, e i file dei ligandi possono includere record dell'albero delle torsioni come ROOT, BRANCH, ENDBRANCH e TORSDOF.
Questo convertitore crea una bozza PDBQT nel browser. Per il docking in produzione con AutoDock Vina, verifica idrogeni, protonazione, modello di carica, tipi atomici e legami ruotabili.
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