Convertitore da SMILES a MOL2
In breve: converti stringhe SMILES nel formato MOL2 per docking e flussi di lavoro di chimica farmaceutica. È gratuito, funziona nel browser web e non richiede download.
Converti stringhe SMILES nel formato MOL2 per il docking e la compatibilità con le pipeline.
Formati di input e output
| Input: SMILES | Output: MOL2 | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Cosa contiene | Atomi, legami, anelli, cariche e stereochimica in una sola riga di testo. Nessuna coordinata. | Coordinate 3D, legami, tipi atomici e cariche parziali. |
| File o forma | .smi o testo semplice | .mol2 |
Formati di file spiegati
Lo SMILES memorizza la connettività della molecola in una breve riga di testo. È utile come identificatore, ma non contiene i tipi atomici Tripos né le sezioni della molecola.
Il MOL2 è il formato Tripos Mol2. Può memorizzare atomi, legami, sottostrutture, tipi atomici, coordinate e cariche, il che lo rende utile nel docking, nella modellistica molecolare e nei flussi di lavoro di chimica farmaceutica.
Usa il MOL2 quando uno strumento di docking o di modellistica richiede tipi atomici Tripos o campi di carica. Verifica protonazione, cariche e coordinate generate prima del docking vero e proprio.
Quando ti serve il MOL2
Il MOL2 è un formato di input comune per docking, screening virtuale e meccanica molecolare. Oltre alle coordinate, memorizza i tipi atomici SYBYL e le cariche parziali, su cui si basano molti programmi di modellistica. Convertire una stringa SMILES in MOL2 è un modo rapido per preparare un ligando quando hai la sua struttura solo come testo.
Come si usa
- Incolla lo SMILES del tuo ligando, per esempio l'ibuprofene
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Converti e scarica il file .mol2.
- Aprilo nel tuo software di modellistica o di docking.
Prima del docking
- Protonazione: decidi quale stato di carica è rilevante al pH del tuo bersaglio. Un acido carbossilico come l'ibuprofene è in gran parte deprotonato a pH 7,4.
- Stereochimica: specifica @ o @@ nello SMILES per i centri chirali; altrimenti la geometria generata potrebbe sceglierne uno arbitrariamente.
- Geometria: le coordinate 3D generate sono un conformero di partenza; di solito è consigliata una minimizzazione dell'energia nel tuo programma di modellistica.
Per i programmi di docking che richiedono PDBQT, vedi da SMILES a PDBQT. Per il percorso inverso, usa da MOL2 a SMILES.
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