Convertitore da PDB a PDBQT Online
In breve: Incolla testo PDB, carica un file .pdb o importa tramite PDB ID per generare una bozza PDBQT con indicazioni su tipi atomici AutoDock, cariche, torsioni e formato. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.
Incolla una struttura PDB, carica un file .pdb o importa una struttura tramite PDB ID dal Protein Data Bank, poi convertila in PDBQT per le pipeline di docking. Questo strumento nel browser aggiunge le colonne dell'elemento e di carica/tipo nel layout PDBQT per una preparazione rapida.
Input PDB
Incolla testo PDB, carica un file PDB locale o inserisci un PDB ID di 4 caratteri.
Output PDBQT
Formati di input e output
| Input: PDB | Output: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nome completo | PDB (formato Protein Data Bank) | PDBQT (formato AutoDock) |
| Cosa contiene | Coordinate atomiche 3D in colonne fisse. Usato per proteine e piccole molecole. | Coordinate PDB più cariche parziali (Q) e tipi atomici AutoDock (T), con dati sulle torsioni per i ligandi. |
| File o forma | .pdb | .pdbqt |
Note per i flussi di lavoro di docking
- Questo strumento crea un layout di testo PDBQT pratico direttamente nel browser, per la prototipazione rapida.
- Per le sessioni di docking in produzione, puoi rifinire lo stato di protonazione e le definizioni delle torsioni nel tuo software di docking.
- Usa questa pagina come utilità di conversione rapida quando ti serve una bozza PDBQT della struttura.
Come convertire PDB in PDBQT online
- Incolla testo PDB, carica un file .pdb locale o digita un PDB ID di 4 caratteri come 1CRN.
- Fai clic su Converti in PDBQT. Il convertitore mantiene le coordinate ATOM/HETATM e scrive i campi di carica e tipo atomico AutoDock in stile PDBQT.
- Copia o scarica il file .pdbqt generato per la preparazione al docking, verifiche rapide o esempi didattici.
- Prima di un vero docking, verifica idrogeni, protonazione, cariche, tipi atomici, legami flessibili e pulizia del recettore nel tuo flusso di lavoro di docking.
PDB vs PDBQT
Il PDB è un formato generale di coordinate per la biologia strutturale. Il PDBQT è molto usato dagli strumenti di docking in stile AutoDock perché contiene la tipizzazione atomica e le cariche parziali necessarie nei calcoli di docking.
| Formato | Cosa memorizza | Uso comune |
|---|---|---|
| PDB | Nomi degli atomi, nomi dei residui, catene, coordinate, occupanza, fattore B e simboli degli elementi. | Strutture proteiche, ligandi, file di cristallografia, visualizzazione e scambio di dati in biologia strutturale. |
| PDBQ | Coordinate in stile PDB più informazioni sulla carica parziale. | Vecchi flussi di preparazione al docking in cui serve la carica ma il tipo atomico AutoDock non è memorizzato come nel PDBQT. |
| PDBQT | Coordinate in stile PDB più campi per la carica parziale e il tipo atomico AutoDock. I ligandi possono includere i record dell'albero delle torsioni. | AutoDock, AutoDock Vina, pipeline di docking, preparazione di ligando/recettore e tutorial di docking. |
Strumenti correlati per docking e strutture
Il formato PDBQT spiegato
Un file PDBQT è simile a un file PDB, ma gli strumenti di docking leggono campi aggiuntivi verso la fine di ogni riga atomica. La parte Q rappresenta la carica parziale e la parte T il tipo atomico AutoDock.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Tipi atomici
I tipi atomici AutoDock come C, N, OA, SA, HD, Cl e Zn indicano al software di docking come interpretare ogni atomo durante lo scoring.
Cariche
Il PDBQT memorizza cariche parziali. Questo convertitore rapido nel browser scrive un campo di carica neutro provvisorio, quindi per il docking in produzione occorre comunque assegnare cariche adeguate con uno strumento di preparazione dedicato.
Torsioni
I file PDBQT di ligandi flessibili possono includere i record ROOT, BRANCH, ENDBRANCH e TORSDOF per descrivere i legami ruotabili e i gradi di libertà torsionali.
Recettori vs ligandi
La preparazione del PDBQT di un recettore riguarda di solito pulizia, idrogeni, cariche e tipi atomici. La preparazione del PDBQT di un ligando richiede anche la gestione dei legami ruotabili e dell'albero delle torsioni.
Checklist PDBQT per AutoDock Vina
Usa questa checklist quando prepari file PDBQT per AutoDock, AutoDock Vina o flussi di lavoro di docking correlati.
- Pulisci il PDB: rimuovi le molecole d'acqua irrilevanti, le catene duplicate, le conformazioni alternative e i ligandi non bersaglio, a meno che non servano.
- Aggiungi gli idrogeni: i punteggi di docking sono sensibili alla posizione degli idrogeni, soprattutto degli idrogeni polari e dei donatori di legami a idrogeno.
- Controlla la protonazione: scegli lo stato di protonazione atteso al pH del saggio o nelle condizioni biologiche.
- Assegna le cariche: usa un flusso di preparazione al docking per ottenere cariche parziali realistiche prima del docking finale.
- Verifica i tipi atomici: metalli, alogeni, zolfo, fosforo e atomi carichi possono richiedere una tipizzazione atomica accurata.
- Gestisci le torsioni: i file PDBQT dei ligandi devono definire correttamente i legami ruotabili; i file dei recettori sono di solito rigidi, a meno che le catene laterali flessibili non vengano preparate separatamente.
- Convalida l'output: apri il PDBQT nel tuo strumento di docking o di visualizzazione prima di avviare un lungo job in batch.
Da PDBQT a PDB: cosa succede al contrario?
Ricerche come convertitore da PDBQT a PDB indicano di solito che l'utente vuole un semplice file di coordinate da visualizzare. Un file PDBQT può spesso essere ridotto a record ATOM/HETATM in stile PDB rimuovendo i metadati di carica, tipo atomico e albero delle torsioni. Il PDB, però, non può conservare record specifici di AutoDock come ROOT, BRANCH, ENDBRANCH e TORSDOF.
Domande frequenti
Il PDBQT è uguale al PDB?
No. Il PDB è un formato generale di coordinate. Il PDBQT è un formato di docking che aggiunge campi per la carica parziale e il tipo atomico AutoDock e può includere l'albero delle torsioni per i ligandi flessibili.
Perché AutoDock e Vina richiedono il PDBQT?
I programmi di docking hanno bisogno della tipizzazione atomica e delle cariche per lo scoring e la valutazione delle interazioni. Da solo, il PDB di solito non contiene abbastanza informazioni specifiche per il docking.
Questo strumento calcola vere cariche di Gasteiger?
No. Questa pagina crea nel browser una bozza PDBQT rapida con un campo di carica neutro. Usa un flusso completo di preparazione al docking per l'assegnazione finale delle cariche.
Posso importare direttamente dal Protein Data Bank?
Sì. Inserisci un PDB ID di 4 caratteri, come 1CRN, e lo strumento importa il file PDB da RCSB prima di generare la bozza PDBQT.
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