MolDraw › Outils de chimie › Convertisseur chimique par lots
Convertisseur chimique par lots (CSV en entrée, CSV en sortie)
En bref : convertissez d'un coup toute une liste de SMILES, noms, numéros CAS, CID PubChem, InChI ou InChIKey. Obtenez SMILES canonique, formule, masse moléculaire, masse exacte, InChI, InChIKey, nom IUPAC, LogP, TPSA, donneurs et accepteurs de liaisons H et une vérification de Lipinski, puis téléchargez en CSV, TSV ou SDF. C'est gratuit, cela fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez un identifiant par ligne ou ouvrez un fichier CSV, TSV ou TXT. Les SMILES sont traités sur votre appareil, jusqu'à 5 000 lignes par exécution. Les noms, numéros CAS et autres identifiants sont d'abord recherchés dans PubChem ; ces lignes sont marquées en ligne.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, donne C9H8O4, MM 180,159 g/mol, masse exacte 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 donneur, 4 accepteurs et un résultat Lipinski Réussi. Cliquez ensuite sur Télécharger le CSV.Sorties
Prêt.
Comment convertir une liste de produits chimiques
- Collez votre liste, ou cliquez sur Ouvrir un CSV / TSV / TXT. Une valeur par ligne convient, tout comme une feuille de calcul enregistrée en CSV.
- Vérifiez la ligne sous la zone de saisie. Elle indique combien de lignes et de colonnes ont été lues et quel séparateur a été trouvé.
- Pour un tableau, choisissez la Colonne d'identifiants et cochez La première ligne est un en-tête si la ligne 1 contient les noms de colonnes.
- Laissez Type d'entrée sur Détecter pour chaque ligne, ou imposez SMILES, Nom, numéro CAS, CID PubChem, InChI ou InChIKey.
- Cochez les Sorties dont vous avez besoin. Les sorties marquées en ligne nécessitent une recherche sur internet.
- Cliquez sur Convertir. La barre de progression indique les lignes traitées, les erreurs et les recherches en ligne. Cliquez sur Arrêter pour finir plus tôt en gardant ce qui est fait.
- Vérifiez l'aperçu, puis cliquez sur Télécharger le CSV, Télécharger le TSV ou Télécharger le SDF.
Entrées et sorties
| Entrée | Exemple | Mode de lecture |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Sur votre appareil |
| Nom (usuel ou IUPAC) | caffeine | En ligne, PubChem |
| Numéro CAS | 58-08-2 | Chiffre de contrôle vérifié, puis PubChem |
| CID PubChem | 2519 | En ligne, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | En ligne, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | En ligne, PubChem |
Signification de chaque sortie
| Sortie | Signification | Source |
|---|---|---|
| SMILES canonique | Un SMILES standard unique par structure, pour que les doublons correspondent | Local |
| Formule brute | Ordre de Hill (C, H, puis A–Z), charge nette ajoutée | Local |
| MM (g/mol) | Masse molaire moyenne calculée avec les masses atomiques standard | Local |
| Masse exacte | Masse monoisotopique (isotope le plus abondant de chaque élément), pour la spectrométrie de masse | Local |
| InChI, InChIKey | Identifiants standard IUPAC pour les recherches dans les bases de données | En ligne |
| Nom IUPAC | Nom systématique fourni par PubChem, lorsque le composé y figure | En ligne |
| cLogP | Coefficient de partage octanol–eau calculé | Local |
| TPSA (Ų) | Surface polaire topologique d'après les contributions de N et O | Local |
| HBD, HBA | Donneurs de liaisons H (N–H, O–H) et accepteurs (atomes N et O) | Local |
| Lipinski | Réussi si au plus une limite de la règle de cinq est dépassée | Local |
Exemples résolus
Aspirine à partir du SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, masse exacte 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MM 180,159 g/mol, Lipinski Réussi
Caféine à partir de son numéro CAS
58-08-2 passe le contrôle du chiffre de vérification et est recherché en ligne.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MM 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Un tableur avec des identifiants
Colonnes id;smiles;IC50 séparées par des points-virgules.
Le séparateur et la colonne SMILES sont détectés automatiquement.
Vos colonnes id et IC50 sont conservées à côté des résultats
Atorvastatine
MM de 558,6 g/mol et cLogP supérieur à 5.
Deux limites de la règle de cinq sont dépassées.
Lipinski Échec (MM > 500 ; LogP > 5)
Erreurs courantes
- Des noms dans une colonne SMILES. Avec Type d'entrée réglé sur SMILES, « aspirin » échoue. Utilisez Détecter pour chaque ligne pour les listes mixtes.
- Excel a modifié vos numéros CAS. Les tableurs peuvent transformer 7732-18-5 en date. Formatez la colonne en texte avant d'enregistrer.
- Sels et mélanges. Un SMILES contenant un point, comme
[Na+].[Cl-], est traité comme une seule entrée. La MM et la formule incluent toutes les parties. - En-tête lu comme une donnée. Si la ligne 1 contient les noms de colonnes, cochez La première ligne est un en-tête, sinon elle apparaîtra comme une ligne en échec.
- Comparer des LogP issus de méthodes différentes. cLogP et XLogP3 sont tous deux des estimations. Utilisez une seule méthode pour toute une série.
- Très longues listes de noms. Les recherches en ligne s'effectuent à environ quatre par seconde. Convertissez une fois les noms en SMILES, puis travaillez à partir du fichier SMILES.
Envie de voir une structure ? Collez n'importe quel SMILES dans MolDraw, éditeur de structures chimiques en ligne gratuit, pour le dessiner, le modifier et l'exporter en PNG, SVG ou MOL.
Ouvrir l'éditeur MolDrawQuestions fréquentes
Comment convertir d'un coup une liste de SMILES en masses moléculaires ?
Collez les SMILES, un par ligne, ou ouvrez un fichier CSV et choisissez la colonne SMILES. Laissez MM (g/mol) cochée et cliquez sur Convertir. Une fois terminé, cliquez sur Télécharger le CSV. Les SMILES sont traités sur votre appareil : jusqu'à 5 000 lignes ne prennent que quelques secondes.
Quelles entrées nécessitent une recherche en ligne ?
Les SMILES sont lus sur votre appareil. Les noms, numéros CAS, CID PubChem, InChI et InChIKey sont d'abord recherchés dans la base de données gratuite PubChem pour obtenir la structure. Les sorties InChI, InChIKey et nom IUPAC sont également recherchées en ligne. Les lignes en ligne sont signalées dans l'aperçu et limitées à environ quatre par seconde.
Puis-je importer un CSV à plusieurs colonnes ?
Oui. Le convertisseur détecte les séparateurs virgule, tabulation, point-virgule et barre verticale, les cellules entre guillemets et l'indicateur d'ordre des octets (BOM). Il devine la ligne d'en-tête et la colonne d'identifiants, et vous pouvez modifier les deux. Cochez Conserver mes autres colonnes pour recopier vos identifiants ou valeurs d'activité dans le résultat.
Que signifie la colonne Lipinski ?
La règle de cinq de Lipinski signale une mauvaise absorption orale lorsqu'un composé enfreint plus d'un des critères suivants : MM ≤ 500, LogP ≤ 5, au plus 5 donneurs de liaisons H et au plus 10 accepteurs de liaisons H. Réussi signifie zéro ou une violation. La colonne des violations indique les limites dépassées.
Pourquoi mon LogP diffère-t-il du XLogP3 de PubChem ?
Il existe plusieurs façons d'estimer le LogP. Ce convertisseur utilise un cLogP calculé par contributions atomiques, tandis que PubChem fournit le XLogP3. Les deux concordent en général à environ une unité près. Comparez les composés avec la même méthode.
Que contient le fichier SDF téléchargé ?
Un enregistrement par ligne convertie : une structure 2D avec coordonnées, l'entrée comme ligne de titre et chaque sortie choisie (formule, MM, LogP, etc.) comme champ de données SDF. La plupart des logiciels et bases de données de chimie peuvent l'ouvrir.
Pourquoi une ligne a-t-elle échoué ?
La colonne Statut en donne la raison : par exemple un SMILES avec un cycle ou un crochet non fermé, un numéro CAS au chiffre de contrôle erroné, ou un nom inconnu de PubChem. Corrigez l'entrée et relancez le convertisseur. Les autres lignes ne sont pas affectées.
Outils de chimie associés
Dernière mise à jour :