Convertisseur SDF en InChIKey
En bref : convertissez des blocs SDF ou MOL en identifiants InChIKey standard pour la correspondance entre bases de données. C'est gratuit, cela fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez un bloc SDF ou MOL et convertissez-le en InChIKey standard.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SDF | Sortie : InChIKey | |
|---|---|---|
| Nom complet | SDF (Structure Data File) | InChIKey |
| Contenu | Un ou plusieurs enregistrements MOL, chacun avec des champs de données facultatifs, séparés par $$$$. | Un hachage de 27 caractères de l'InChI, conçu pour la recherche sur le web et dans les bases de données. Il ne peut pas être reconverti en structure sans base de données de correspondance. |
| Fichier ou forme | .sdf | Texte du type XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Les formats de fichier expliqués
SDF est un format de données structurales qui peut stocker des blocs d'atomes et de liaisons ainsi que des propriétés de composés. Il est très utilisé pour les jeux de données chimiques et les chimiothèques de criblage.
InChIKey est un identifiant compact haché dérivé d'un InChI. Il est particulièrement utile pour la correspondance entre bases de données, l'indexation et pour vérifier si deux fiches décrivent probablement le même composé.
L'InChIKey se prête bien à la recherche mais n'est pas entièrement réversible. Conservez le SDF source si vous avez besoin plus tard des coordonnées, des blocs d'atomes ou des champs de propriétés.
Utiliser les InChIKey avec des chimiothèques
Lorsque vous recevez une chimiothèque au format SDF, une InChIKey pour chaque enregistrement vous donne une empreinte courte et interrogeable de la structure. Les clés tiennent facilement dans un tableur ou une base de données et permettent de repérer le même composé répertorié sous différents noms ou identifiants.
Mode d'emploi
- Copiez un ou plusieurs enregistrements SDF, chacun se terminant par
$$$$. - Collez et lancez la conversion.
- Copiez les clés de 27 caractères obtenues dans votre tableur, à côté des identifiants des composés.
Utilisations pratiques
- Dédoublonnage : triez par InChIKey ; des clés identiques indiquent la même structure, stéréochimie comprise.
- Repérer les stéréoisomères : regroupez par le premier bloc de 14 caractères pour rassembler les composés qui partagent un squelette mais diffèrent par la stéréochimie ou les isotopes.
- Références croisées : recherchez les clés dans les bases de données publiques pour trouver littérature, fournisseurs ou données de sécurité.
Remarque : les sels et mélanges des enregistrements SDF donnent des clés pour l'ensemble de l'enregistrement : un chlorhydrate et sa base libre ont donc des clés différentes. Retirez d'abord les contre-ions si vous voulez faire correspondre les composés parents. Pour l'identifiant complet, utilisez SDF en InChI.
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