Convertisseur SDF en InChI
En bref : convertissez des blocs SDF ou MOL en chaînes InChI standard pour l'indexation et la recherche. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez un bloc SDF ou MOL et convertissez-le en chaîne InChI standard.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SDF | Sortie : InChI | |
|---|---|---|
| Nom complet | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Contenu | Un ou plusieurs enregistrements MOL, chacun avec des champs de données facultatifs, séparés par $$$$. | Identifiant textuel en couches construit à partir de la structure. L'InChI standard est identique dans tous les logiciels. |
| Fichier ou forme | .sdf | Texte commençant par InChI=1S/ |
Le format expliqué
Le SDF stocke des enregistrements de molécules avec des blocs d'atomes et de liaisons de type MOL, plus des champs de propriétés facultatifs. Il est courant pour les chimiothèques et les jeux de données de criblage.
L'InChI est un identifiant IUPAC normalisé qui représente une molécule sous forme de texte en couches. Convertir du SDF en InChI permet de créer des identifiants stables pour la recherche, l'indexation et l'élimination des doublons.
Si un SDF contient plusieurs enregistrements, convertissez et vérifiez-les avec soin. Les sels, les mélanges, la stéréochimie et les hydrogènes manquants peuvent influer sur l'InChI obtenu.
À propos des fichiers SDF
Un SDF (structure-data file) est essentiellement une suite d'enregistrements MOL. Chaque enregistrement est suivi de champs de données facultatifs comme > <NAME> ou > <CAS> et se termine par une ligne contenant $$$$. Les chimiothèques, les téléchargements PubChem et les catalogues de fournisseurs utilisent couramment le SDF, car un seul fichier peut contenir des milliers de molécules avec leurs propriétés.
Pourquoi générer un InChI
L'InChI standard attribue à chaque structure un identifiant canonique, indépendant de l'ordre des atomes et du dessin. C'est utile pour fusionner des chimiothèques, supprimer les doublons et rapprocher des composés de bases de données publiques.
Mode d'emploi
- Ouvrez le fichier .sdf dans un éditeur de texte brut.
- Copiez un enregistrement (de son en-tête jusqu'à
$$$$) et collez-le. - Convertissez et copiez l'InChI, ou raccourcissez-le avec InChI en InChIKey.
Dépannage
- Les enregistrements contenant des éléments inhabituels, des atomes de requête ou des groupes R peuvent ne pas produire d'InChI standard.
- Les gros fichiers sont plus faciles à traiter quelques enregistrements à la fois.
- Conservez l'espacement d'origine : les tables de connexion SDF sont organisées en colonnes.
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