Convertidor de SDF a InChI
En resumen: convierte bloques SDF o MOL en cadenas InChI estándar para indexación y búsqueda. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descarga.
Pega un bloque SDF o MOL y conviértelo en una cadena InChI estándar.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: SDF | Salida: InChI | |
|---|---|---|
| Nombre completo | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Qué contiene | Uno o más registros MOL, cada uno con campos de datos opcionales, separados por $$$$. | Un identificador de texto por capas generado a partir de la estructura. El InChI estándar es el mismo en todos los programas. |
| Archivo o forma | .sdf | Texto que empieza por InChI=1S/ |
El formato de archivo explicado
SDF almacena registros de moléculas con bloques de átomos y enlaces de tipo MOL más campos de propiedades opcionales. Es habitual en quimiotecas y conjuntos de datos de cribado.
InChI es un identificador normalizado de la IUPAC que representa una molécula en forma de texto por capas. Convertir SDF a InChI ayuda a crear identificadores estables para búsqueda, indexación y eliminación de duplicados.
Si un SDF contiene varios registros, convierte y verifica los registros con cuidado. Las sales, las mezclas, la estereoquímica y los hidrógenos ausentes pueden afectar al InChI resultante.
Acerca de los archivos SDF
Un SDF (structure-data file) es esencialmente un conjunto de registros MOL unidos. Cada registro va seguido de campos de datos opcionales como > <NAME> o > <CAS> y termina con una línea que contiene $$$$. Las quimiotecas, las descargas de PubChem y los catálogos de proveedores usan SDF a menudo porque un solo archivo puede contener miles de moléculas con sus propiedades.
Por qué generar InChI
El InChI estándar da a cada estructura un identificador canónico, independiente del orden de los átomos y del dibujo. Es útil para fusionar bibliotecas, eliminar duplicados y comparar compuestos con bases de datos públicas.
Cómo usarlo
- Abre el archivo .sdf en un editor de texto plano.
- Copia un registro (desde su cabecera hasta
$$$$) y pégalo. - Convierte y copia el InChI, o acórtalo con InChI a InChIKey.
Solución de problemas
- Los registros con elementos poco habituales, átomos de consulta o grupos R pueden no generar un InChI estándar.
- Los archivos grandes son más fáciles de manejar si procesas unos pocos registros cada vez.
- Conserva el espaciado original; las tablas de conexión SDF se basan en columnas.
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