PDB 轉 SMILES 工具
簡而言之：透過公開化學解析服務，盡力將 PDB 結構文字轉換成 SMILES。完全免費，在網頁瀏覽器中執行，不需下載。
貼上 PDB 文字，透過解析服務盡力轉換成 SMILES。大型蛋白質請只使用配體的 PDB 區塊。
SMILES 會顯示在這裡。
輸入與輸出格式
| 輸入：PDB | 輸出：SMILES | |
|---|---|---|
| 全名 | PDB（蛋白質資料庫格式） | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| 內容 | 以固定欄位記錄的 3D 原子座標，用於蛋白質與小分子。 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學，不含座標。 |
| 檔案或形式 | .pdb | .smi 或純文字 |
檔案格式說明
PDB 儲存 3D 原子座標、殘基名稱、鏈、占有率、B 因子與元素資料，常用於蛋白質、配體、晶體結構與分子視覺化。
SMILES 以一行精簡的連接文字表示分子，最適合小分子與配體，不適合完整的蛋白質巨分子。
為獲得最佳結果，請只轉換配體的 PDB 區塊。蛋白質 PDB 檔通常含有大量殘基且缺少鍵級資訊，因此直接將 PDB 轉成 SMILES 可能不明確。
將 PDB 配體轉換成 SMILES
PDB 檔儲存原子座標，主要是由 X 光晶體學、NMR 或冷凍電子顯微鏡解出的蛋白質與核酸。小分子配體以 HETATM 紀錄出現。這種格式通常沒有明確標出配體的鍵級，因此要把座標轉成 SMILES 字串，必須依原子間距與殘基範本推斷鍵結，所以結果只能盡力而為。
取得良好結果的方法
- 只擷取配體：複製其 HETATM 行（以及相關的 CONECT 行），而不是整個蛋白質。
- 移除水分子（殘基名稱 HOH）與無關的離子。
- 轉換後，用 SMILES 轉結構式畫出來檢查 SMILES。
常見問題
- 缺少氫原子：大多數晶體結構省略氫原子，因此可能需要檢查鍵級與電荷。
- 鍵級錯誤：幾何形狀扭曲時，芳香環與羰基可能被誤判；請與 PDB Chemical Component Dictionary 中該配體的條目比對。
- 替代構形：只保留一種（例如 altLoc A），以免原子重複。
若要檢視蛋白質本身，請使用蛋白質檢視器。
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