SMILES 轉 PDBQT 工具
簡而言之：將 SMILES 字串轉換成 PDBQT 格式，適用於分子對接與 AutoDock 類型的流程。完全免費，在網頁瀏覽器中執行，不需下載。
分兩步將 SMILES 轉換成 PDBQT：先由 SMILES 產生 3D PDB，再將結構轉成可直接用於對接流程的 PDBQT 文字。
就緒。
輸入與輸出格式
| 輸入：SMILES | 輸出：PDBQT | |
|---|---|---|
| 全名 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT（AutoDock 格式） |
| 內容 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學，不含座標。 | PDB 座標加上部分電荷（Q）與 AutoDock 原子類型（T），配體還包含扭轉角資料。 |
| 檔案或形式 | .smi 或純文字 | .pdbqt |
技術流程
- 步驟 1：本工具向公開的 SMILES 轉換端點請求 3D PDB 座標。
- 步驟 2：將 PDB 原子行改寫成含原子類型與電荷欄位的 PDBQT 格式紀錄。
- 這個快速轉換工具適合製作草稿；必要時請在對接軟體中微調質子化與扭轉角設定。
檔案格式說明
SMILES 是精簡的連接關係字串，適合快速描述配體，但不含對接所需的原子類型、電荷、扭轉角或 3D 座標。
PDBQT 是 AutoDock 類型的對接格式，儲存類似 PDB 的座標，再加上部分電荷與 AutoDock 原子類型欄位；配體檔還可能包含 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 與 TORSDOF 等扭轉樹紀錄。
本工具會在瀏覽器端產生 PDBQT 草稿。正式進行 AutoDock Vina 對接前，請檢查氫原子、質子化狀態、電荷模型、原子類型與可旋轉鍵。
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