SMILES 轉 MOL2 工具
簡而言之：將 SMILES 字串轉換成 MOL2 格式，適用於分子對接與藥物化學流程。完全免費，在網頁瀏覽器中執行，不需下載。
將 SMILES 字串轉換成 MOL2 格式，方便分子對接與各種流程相容使用。
MOL2 會顯示在這裡。
輸入與輸出格式
| 輸入：SMILES | 輸出：MOL2 | |
|---|---|---|
| 全名 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2（Tripos Mol2） |
| 內容 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學，不含座標。 | 3D 座標、鍵、原子類型與部分電荷。 |
| 檔案或形式 | .smi 或純文字 | .mol2 |
檔案格式說明
SMILES 以一行簡短文字儲存分子的連接關係，適合作為識別碼，但不含 Tripos 原子類型或分子區段。
MOL2 是 Tripos Mol2 格式，可儲存原子、鍵、子結構、原子類型、座標與電荷，因此適用於分子對接、分子建模與藥物化學流程。
當分子對接或建模工具需要 Tripos 原子類型或電荷欄位時，請使用 MOL2。正式進行對接前，請確認質子化狀態、電荷與產生的座標。
何時需要 MOL2
MOL2 是分子對接、虛擬篩選與分子力學常用的輸入格式。除了座標外，它還儲存許多建模程式所需的 SYBYL 原子類型與部分電荷。當您只有文字形式的結構時，將 SMILES 字串轉成 MOL2 是準備配體的快速方法。
使用方式
- 貼上配體的 SMILES，例如布洛芬
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O。 - 轉換並下載 .mol2 檔。
- 在您的建模或分子對接軟體中開啟。
對接之前
- 質子化：決定在目標 pH 下相關的電荷狀態。像布洛芬這類羧酸，在 pH 7.4 時大多已去質子化。
- 立體化學：在 SMILES 中為掌性中心指定 @ 或 @@；否則產生的幾何結構可能會任意選擇一種。
- 幾何結構：產生的 3D 座標只是起始構形；通常建議在建模軟體中進行能量最小化。
若對接程式需要 PDBQT，請參考 SMILES 轉 PDBQT。若要反向轉換，請使用 MOL2 轉 SMILES。
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