線上 PDB 轉 PDBQT 工具
簡而言之：貼上 PDB 文字、上傳 .pdb 檔或以 PDB ID 匯入，即可產生 PDBQT 草稿，並附 AutoDock 原子類型、電荷、扭轉角與格式說明。完全免費，在網頁瀏覽器中執行，不需下載。
貼上 PDB 結構、上傳 .pdb 檔，或以 PDB ID 從 Protein Data Bank 匯入結構，再轉換成對接流程用的 PDBQT。這個瀏覽器工具會以 PDBQT 版面加入元素與電荷/類型欄位，方便快速準備。
PDB 輸入
貼上 PDB 文字、上傳本機 PDB 檔，或輸入 4 個字元的 PDB ID。
PDBQT 輸出
輸入與輸出格式
| 輸入：PDB | 輸出：PDBQT | |
|---|---|---|
| 全名 | PDB（蛋白質資料庫格式） | PDBQT（AutoDock 格式） |
| 內容 | 以固定欄位記錄的 3D 原子座標，用於蛋白質與小分子。 | PDB 座標加上部分電荷（Q）與 AutoDock 原子類型（T），配體還包含扭轉角資料。 |
| 檔案或形式 | .pdb | .pdbqt |
對接流程注意事項
- 本工具直接在瀏覽器中產生實用的 PDBQT 文字版面，便於快速原型製作。
- 正式執行對接時，可在你的對接軟體中進一步調整質子化狀態與扭轉角定義。
- 需要快速的 PDBQT 草稿結構時，可將本頁當作快速轉換工具。
如何線上將 PDB 轉換為 PDBQT
- 貼上 PDB 文字、上傳本機 .pdb 檔，或輸入 4 個字元的 PDB ID，例如 1CRN。
- 按下轉換為 PDBQT。轉換工具會保留 ATOM/HETATM 座標，並寫入 PDBQT 式的電荷與 AutoDock 原子類型欄位。
- 複製或下載產生的 .pdbqt 檔，用於對接前處理、快速檢查或教學範例。
- 正式執行對接前，請在對接流程中檢查氫原子、質子化、電荷、原子類型、可旋轉鍵與受體清理。
PDB 與 PDBQT 比較
PDB 是結構生物學通用的座標格式。PDBQT 常用於 AutoDock 類型的對接工具，因為它帶有對接計算所需的原子類型與部分電荷資訊。
| 格式 | 儲存內容 | 常見用途 |
|---|---|---|
| PDB | 原子名稱、殘基名稱、鏈、座標、占有率、B 因子與元素符號。 | 蛋白質結構、配體、晶體學檔案、視覺化與結構生物學資料交換。 |
| PDBQ | 類似 PDB 的座標加上部分電荷資訊。 | 較舊的對接前處理流程，需要電荷但不像 PDBQT 那樣儲存 AutoDock 原子類型。 |
| PDBQT | 類似 PDB 的座標加上部分電荷與 AutoDock 原子類型欄位。配體可能包含扭轉樹紀錄。 | AutoDock、AutoDock Vina、對接流程、配體/受體準備與對接教學。 |
相關對接與結構工具
PDBQT 格式說明
PDBQT 檔看起來與 PDB 檔相似，但對接工具會讀取每個原子行末端的額外欄位。Q 代表部分電荷，T 代表 AutoDock 原子類型。
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
原子類型
AutoDock 原子類型（例如 C、N、OA、SA、HD、Cl 與 Zn）告訴對接軟體在評分時應如何解讀每個原子。
電荷
PDBQT 儲存部分電荷。這個快速瀏覽器轉換工具寫入的是中性的草稿電荷欄位，因此正式對接仍應以專門的前處理工具指定適當電荷。
扭轉角
柔性配體的 PDBQT 檔可包含 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 與 TORSDOF 紀錄，用來描述可旋轉鍵與扭轉自由度。
受體與配體
受體 PDBQT 的準備通常著重於清理、氫原子、電荷與原子類型。配體 PDBQT 的準備還需要處理可旋轉鍵與扭轉樹。
AutoDock Vina PDBQT 檢查清單
為 AutoDock、AutoDock Vina 或相關對接流程準備 PDBQT 檔時，可使用這份檢查清單。
- 清理 PDB：除非有需要，請移除無關的水分子、重複的鏈、替代構形與非目標配體。
- 加入氫原子：對接分數對氫原子的位置很敏感，尤其是極性氫與氫鍵供體。
- 檢查質子化：選擇在實驗 pH 或生物條件下預期的質子化狀態。
- 指定電荷：最終對接前，請使用對接前處理流程取得合理的部分電荷。
- 檢查原子類型：金屬、鹵素、硫、磷與帶電原子可能需要仔細指定原子類型。
- 處理扭轉角：配體 PDBQT 檔應正確定義可旋轉鍵；受體檔通常為剛性，除非另外準備了柔性側鏈。
- 驗證輸出：在啟動長時間批次工作之前，先在對接或視覺化工具中開啟 PDBQT。
PDBQT 轉 PDB：反向轉換會發生什麼？
搜尋 PDBQT 轉 PDB 工具的使用者，通常是想要一個簡單的座標檔來檢視。移除電荷、原子類型與扭轉樹中繼資料後，PDBQT 檔通常可以還原成類似 PDB 的 ATOM/HETATM 紀錄。不過，PDB 無法保留 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 與 TORSDOF 等 AutoDock 專用紀錄。
常見問題
PDBQT 與 PDB 相同嗎？
不同。PDB 是通用座標格式。PDBQT 是對接格式，加入了部分電荷與 AutoDock 原子類型欄位，柔性配體還可能包含扭轉樹資訊。
為什麼 AutoDock 與 Vina 需要 PDBQT？
對接程式需要原子類型與電荷資訊來評分及評估交互作用。單純的 PDB 通常不包含足夠的對接專用資訊。
這個工具會計算真正的 Gasteiger 電荷嗎？
不會。本頁在瀏覽器端產生帶有中性電荷欄位的快速 PDBQT 草稿。最終電荷請使用完整的對接前處理流程指定。
可以直接從 Protein Data Bank 匯入嗎？
可以。輸入 4 個字元的 PDB ID（例如 1CRN），工具會先從 RCSB 匯入 PDB 檔，再產生 PDBQT 草稿。
最後更新：