MolDraw › Công cụ hóa học › Chuyển đổi hóa học hàng loạt
Chuyển đổi hóa học hàng loạt (CSV vào, CSV ra)
Tóm tắt: Chuyển đổi cùng lúc cả danh sách SMILES, tên, số CAS, CID PubChem, InChI hoặc InChIKey. Nhận SMILES chính tắc, công thức, khối lượng phân tử, khối lượng chính xác, InChI, InChIKey, tên IUPAC, LogP, TPSA, số nhóm cho và nhận liên kết hydrogen và kiểm tra Lipinski, rồi tải về CSV, TSV hoặc SDF. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.
Dán mỗi dòng một định danh hoặc mở tệp CSV, TSV hoặc TXT. SMILES được xử lý trên thiết bị của bạn, tối đa 5.000 dòng mỗi lần chạy. Tên, số CAS và các định danh khác được tra cứu trên PubChem trước; các dòng đó được đánh dấu trực tuyến.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, cho C9H8O4, MW 180,159 g/mol, khối lượng chính xác 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 nhóm cho, 4 nhóm nhận và Lipinski Đạt. Sau đó nhấn Tải CSV.Đầu ra
Sẵn sàng.
Cách chuyển đổi một danh sách hóa chất
- Dán danh sách của bạn, hoặc nhấn Mở CSV / TSV / TXT. Mỗi dòng một giá trị đều được, bảng tính lưu dạng CSV cũng vậy.
- Kiểm tra dòng bên dưới ô nhập. Nó cho biết đã đọc bao nhiêu dòng, bao nhiêu cột và tìm thấy dấu phân cách nào.
- Với bảng, chọn Cột định danh và đánh dấu Dòng đầu là tiêu đề nếu dòng 1 chứa tên cột.
- Để Loại đầu vào ở Nhận diện từng dòng, hoặc buộc chọn SMILES, Tên, Số CAS, CID PubChem, InChI hoặc InChIKey.
- Đánh dấu các Đầu ra bạn cần. Đầu ra được đánh dấu trực tuyến cần tra cứu qua internet.
- Nhấn Chuyển đổi. Thanh tiến độ hiển thị số dòng đã xong, lỗi và số lần tra cứu trực tuyến. Nhấn Dừng để kết thúc sớm và giữ phần đã xong.
- Kiểm tra bản xem trước, rồi nhấn Tải CSV, Tải TSV hoặc Tải SDF.
Đầu vào và đầu ra
| Đầu vào | Ví dụ | Cách đọc |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Trên thiết bị của bạn |
| Tên (thông thường hoặc IUPAC) | caffeine | Trực tuyến, PubChem |
| Số đăng ký CAS | 58-08-2 | Kiểm tra chữ số kiểm tra, rồi tra PubChem |
| CID PubChem | 2519 | Trực tuyến, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Trực tuyến, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Trực tuyến, PubChem |
Ý nghĩa của từng đầu ra
| Đầu ra | Ý nghĩa | Nguồn |
|---|---|---|
| SMILES chính tắc | Một SMILES chuẩn cho mỗi cấu trúc, để các bản trùng khớp nhau | Cục bộ |
| Công thức phân tử | Thứ tự Hill (C, H, rồi A–Z), có thêm điện tích tổng | Cục bộ |
| MW (g/mol) | Khối lượng mol trung bình từ nguyên tử khối chuẩn | Cục bộ |
| Khối lượng chính xác | Khối lượng đơn đồng vị (đồng vị phổ biến nhất của mỗi nguyên tố), dùng cho khối phổ | Cục bộ |
| InChI, InChIKey | Định danh IUPAC chuẩn để tìm kiếm cơ sở dữ liệu | Trực tuyến |
| Tên IUPAC | Tên hệ thống từ PubChem, khi hợp chất có trong danh sách | Trực tuyến |
| cLogP | Hệ số phân bố octanol–nước tính toán | Cục bộ |
| TPSA (Ų) | Diện tích bề mặt phân cực tô pô từ đóng góp của N và O | Cục bộ |
| HBD, HBA | Nhóm cho liên kết hydrogen (N–H, O–H) và nhóm nhận (nguyên tử N và O) | Cục bộ |
| Lipinski | Đạt nếu vi phạm tối đa một giới hạn của quy tắc 5 | Cục bộ |
Ví dụ minh họa
Aspirin từ SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, khối lượng chính xác 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MW 180,159 g/mol, Lipinski Đạt
Caffeine từ số CAS
58-08-2 vượt qua kiểm tra chữ số kiểm tra và được tra cứu trực tuyến.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MW 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Bảng tính có mã
Các cột id;smiles;IC50 phân cách bằng dấu chấm phẩy.
Dấu phân cách và cột SMILES được tìm tự động.
Các cột id và IC50 của bạn được giữ bên cạnh kết quả
Atorvastatin
MW 558,6 g/mol và cLogP lớn hơn 5.
Hai giới hạn của quy tắc 5 bị vi phạm.
Lipinski Không đạt (MW > 500; LogP > 5)
Lỗi thường gặp
- Tên nằm trong cột SMILES. Khi Loại đầu vào là SMILES, "aspirin" sẽ lỗi. Dùng Nhận diện từng dòng cho danh sách hỗn hợp.
- Excel đã đổi số CAS của bạn. Bảng tính có thể biến 7732-18-5 thành ngày tháng. Hãy định dạng cột là văn bản trước khi lưu.
- Muối và hỗn hợp. SMILES có dấu chấm, như
[Na+].[Cl-], được xử lý như một mục. MW và công thức tính cả mọi thành phần. - Tiêu đề bị đọc thành dữ liệu. Nếu dòng 1 chứa tên cột, hãy đánh dấu Dòng đầu là tiêu đề, nếu không nó sẽ hiện thành một dòng lỗi.
- So sánh giá trị LogP từ các phương pháp khác nhau. cLogP và XLogP3 đều là ước tính. Hãy dùng một phương pháp cho cả dãy chất.
- Danh sách tên rất dài. Tra cứu trực tuyến chạy khoảng bốn lần mỗi giây. Hãy chuyển tên sang SMILES một lần, rồi làm việc với tệp SMILES.
Muốn xem cấu trúc? Dán bất kỳ SMILES nào vào MolDraw, trình soạn thảo cấu trúc hóa học trực tuyến miễn phí, để vẽ, chỉnh sửa và xuất dưới dạng PNG, SVG hoặc MOL.
Mở trình soạn thảo MolDrawCâu hỏi thường gặp
Làm sao chuyển một danh sách SMILES sang khối lượng phân tử cùng lúc?
Dán các SMILES, mỗi dòng một chuỗi, hoặc mở tệp CSV và chọn cột SMILES. Giữ đánh dấu MW (g/mol) và nhấn Chuyển đổi. Khi xong, nhấn Tải CSV. SMILES được xử lý ngay trên thiết bị của bạn, nên tới 5.000 dòng chỉ mất vài giây.
Những đầu vào nào cần tra cứu trực tuyến?
SMILES được đọc trên thiết bị của bạn. Tên, số CAS, CID PubChem, InChI và InChIKey trước tiên được tra cứu trong cơ sở dữ liệu PubChem miễn phí để lấy cấu trúc. Các đầu ra InChI, InChIKey và tên IUPAC cũng được tra cứu trực tuyến. Các dòng trực tuyến được đánh dấu trực tuyến trong bản xem trước và bị giới hạn khoảng bốn dòng mỗi giây.
Có thể tải lên CSV có nhiều cột không?
Có. Công cụ nhận diện dấu phân cách là dấu phẩy, tab, dấu chấm phẩy và dấu gạch đứng, các ô có dấu ngoặc kép và ký tự BOM. Nó đoán dòng tiêu đề và cột định danh, và bạn có thể thay đổi cả hai. Đánh dấu Giữ các cột khác của tôi để sao chép mã hoặc giá trị hoạt tính của bạn sang đầu ra.
Cột Lipinski có ý nghĩa gì?
Quy tắc 5 của Lipinski cảnh báo khả năng hấp thu qua đường uống kém khi hợp chất vi phạm nhiều hơn một trong các điều kiện: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, tối đa 5 nhóm cho liên kết hydrogen và tối đa 10 nhóm nhận liên kết hydrogen. Đạt nghĩa là không có hoặc chỉ có một vi phạm. Cột vi phạm liệt kê những giới hạn bị vượt.
Vì sao LogP của tôi khác XLogP3 của PubChem?
Có nhiều cách ước tính LogP. Công cụ này dùng cLogP tính từ đóng góp của nguyên tử, còn PubChem báo cáo XLogP3. Hai giá trị thường khớp trong khoảng một đơn vị. Hãy so sánh các hợp chất bằng cùng một phương pháp.
Tệp SDF tải về chứa gì?
Một bản ghi cho mỗi dòng đã chuyển đổi: cấu trúc 2D kèm tọa độ, đầu vào làm dòng tiêu đề, và mỗi đầu ra đã chọn (công thức, MW, LogP, v.v.) làm một trường dữ liệu SDF. Hầu hết chương trình và cơ sở dữ liệu hóa học đều mở được.
Vì sao một dòng bị lỗi?
Cột Trạng thái cho biết lý do: ví dụ SMILES có vòng hoặc dấu ngoặc chưa đóng, số CAS có chữ số kiểm tra sai, hoặc tên mà PubChem không biết. Hãy sửa đầu vào và chạy lại. Các dòng khác không bị ảnh hưởng.
Công cụ hóa học liên quan
Cập nhật lần cuối: