Chuyển SDF sang InChI
Tóm tắt: Chuyển khối SDF hoặc MOL thành chuỗi InChI chuẩn để lập chỉ mục và tìm kiếm. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải về.
Dán khối SDF hoặc MOL và chuyển thành chuỗi InChI chuẩn.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SDF | Đầu ra: InChI | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SDF (tệp dữ liệu cấu trúc) | InChI (mã định danh hóa học quốc tế IUPAC) |
| Nội dung lưu trữ | Một hoặc nhiều bản ghi MOL, mỗi bản ghi có thể kèm trường dữ liệu, phân tách bằng $$$$. | Mã định danh văn bản nhiều lớp được xây dựng từ cấu trúc. InChI chuẩn giống nhau trong mọi chương trình. |
| Tệp hoặc dạng | .sdf | Văn bản bắt đầu bằng InChI=1S/ |
Giải thích định dạng tệp
SDF lưu các bản ghi phân tử với khối nguyên tử và liên kết kiểu MOL cùng các trường tính chất tùy chọn. Định dạng này phổ biến cho thư viện hợp chất và bộ dữ liệu sàng lọc.
InChI là mã định danh chuẩn của IUPAC, biểu diễn phân tử dưới dạng văn bản nhiều lớp. Chuyển SDF sang InChI giúp tạo mã định danh ổn định cho tìm kiếm, lập chỉ mục và loại bỏ trùng lặp.
Nếu SDF chứa nhiều bản ghi, hãy chuyển đổi và kiểm tra từng bản ghi cẩn thận. Muối, hỗn hợp, lập thể và hydrogen bị thiếu trong cấu trúc có thể ảnh hưởng đến InChI thu được.
Về tệp SDF
Tệp SDF (structure-data file) về cơ bản là nhiều bản ghi MOL nối với nhau. Mỗi bản ghi được theo sau bởi các trường dữ liệu tùy chọn như > <NAME> hoặc > <CAS> và kết thúc bằng một dòng chứa $$$$. Thư viện hợp chất, tệp tải từ PubChem và danh mục của nhà cung cấp thường dùng SDF vì một tệp có thể chứa hàng nghìn phân tử cùng tính chất của chúng.
Vì sao cần tạo InChI
InChI chuẩn cho mỗi cấu trúc một mã định danh duy nhất, không phụ thuộc thứ tự nguyên tử và cách vẽ. Điều này hữu ích để gộp thư viện, loại bỏ trùng lặp và đối chiếu hợp chất với cơ sở dữ liệu công khai.
Cách sử dụng
- Mở tệp .sdf bằng trình soạn thảo văn bản thuần.
- Sao chép một bản ghi (từ phần đầu đến
$$$$) và dán vào. - Chuyển đổi và sao chép InChI, hoặc rút gọn nó bằng InChI sang InChIKey.
Khắc phục sự cố
- Bản ghi có nguyên tố bất thường, nguyên tử truy vấn hoặc nhóm R có thể không tạo được InChI chuẩn.
- Tệp lớn dễ xử lý hơn khi làm vài bản ghi một lần.
- Giữ nguyên khoảng trắng gốc; bảng kết nối SDF dựa trên vị trí cột.
Cập nhật lần cuối: