Chuyển SDF sang InChIKey
Tóm tắt: Chuyển khối SDF hoặc MOL sang định danh InChIKey chuẩn để đối chiếu cơ sở dữ liệu. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.
Dán khối SDF hoặc MOL và chuyển thành InChIKey chuẩn.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SDF | Đầu ra: InChIKey | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SDF (Structure Data File) | InChIKey |
| Nội dung lưu trữ | Một hoặc nhiều bản ghi MOL, mỗi bản ghi có thể kèm trường dữ liệu, phân tách bằng $$$$. | Mã băm 27 ký tự của InChI, dùng cho tìm kiếm trên web và cơ sở dữ liệu. Không thể chuyển ngược thành cấu trúc nếu không có cơ sở dữ liệu tra cứu. |
| Tệp hoặc dạng | .sdf | Văn bản dạng XXXXXXXXXXXXXX-YYYYYYYYYY-Z |
Giải thích định dạng tệp
SDF là định dạng dữ liệu cấu trúc có thể lưu khối nguyên tử/liên kết và thuộc tính hợp chất. Nó được dùng rộng rãi cho bộ dữ liệu hóa học và thư viện sàng lọc.
InChIKey là định danh băm ngắn gọn được tạo từ InChI. Nó đặc biệt hữu ích để đối chiếu cơ sở dữ liệu, lập chỉ mục và kiểm tra xem hai bản ghi có khả năng mô tả cùng một hợp chất hay không.
InChIKey thuận tiện cho tìm kiếm nhưng không thể đảo ngược hoàn toàn. Hãy giữ tệp SDF gốc nếu sau này bạn cần tọa độ, khối nguyên tử hoặc các trường thuộc tính.
Dùng InChIKey với thư viện hợp chất
Khi bạn nhận một thư viện hợp chất dạng SDF, InChIKey của mỗi bản ghi cho bạn một dấu vân tay cấu trúc ngắn gọn, dễ tìm kiếm. Các khóa vừa vặn trong bảng tính và cơ sở dữ liệu, giúp dễ phát hiện cùng một hợp chất được liệt kê dưới các tên hoặc mã khác nhau.
Cách sử dụng
- Sao chép một hoặc nhiều bản ghi SDF, mỗi bản ghi kết thúc bằng
$$$$. - Dán vào và chuyển đổi.
- Sao chép các khóa 27 ký tự thu được vào bảng tính, bên cạnh mã hợp chất.
Ứng dụng thực tế
- Loại bỏ trùng lặp: sắp xếp theo InChIKey; các khóa giống nhau cho biết cùng một cấu trúc, kể cả hóa học lập thể.
- Tìm đồng phân lập thể: nhóm theo khối 14 ký tự đầu để gom các hợp chất có chung bộ khung nhưng khác nhau về lập thể hoặc đồng vị.
- Đối chiếu chéo: tìm các khóa trong cơ sở dữ liệu công khai để tìm tài liệu, nhà cung cấp hoặc dữ liệu an toàn.
Lưu ý: muối và hỗn hợp trong bản ghi SDF tạo ra khóa cho toàn bộ bản ghi, nên muối hydrochloride và base tự do của nó có khóa khác nhau. Hãy loại bỏ ion đối trước nếu muốn đối chiếu hợp chất gốc. Để có định danh đầy đủ, dùng SDF sang InChI.
Cập nhật lần cuối: