MolDraw › Kimya araçları › Toplu Kimyasal Dönüştürücü
Toplu Kimyasal Dönüştürücü (CSV girer, CSV çıkar)
Kısaca: SMILES, ad, CAS numarası, PubChem CID, InChI veya InChIKey listesinin tamamını tek seferde dönüştürün. Kanonik SMILES, formül, molekül ağırlığı, tam kütle, InChI, InChIKey, IUPAC adı, LogP, TPSA, H bağı vericileri ve alıcıları ile Lipinski kontrolünü alın, ardından CSV, TSV veya SDF indirin. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Her satıra bir tanımlayıcı yapıştırın veya bir CSV, TSV ya da TXT dosyası açın. SMILES’lar cihazınızda işlenir, çalıştırma başına en fazla 5.000 satır. Adlar, CAS numaraları ve diğer tanımlayıcılar önce PubChem’de sorgulanır; bu satırlar çevrimiçi olarak işaretlenir.
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, C9H8O4, MA 180,159 g/mol, tam kütle 180,0423, TPSA 63,6 Ų, 1 verici, 4 alıcı ve Lipinski Geçer sonucunu verir. Ardından CSV indir'e basın.Çıktılar
Hazır.
Bir kimyasal listesi nasıl dönüştürülür?
- Listenizi yapıştırın veya CSV / TSV / TXT aç'a basın. Her satıra bir değer de olur, CSV olarak kaydedilmiş bir elektronik tablo da.
- Kutunun altındaki satırı kontrol edin. Kaç satır ve sütun okunduğunu ve hangi ayırıcının bulunduğunu söyler.
- Bir tablo için Tanımlayıcı sütunu'nu seçin ve 1. satır sütun adlarını içeriyorsa İlk satır başlıktır'ı işaretleyin.
- Girdi türü'nü Her satır için algıla olarak bırakın veya SMILES, Ad, CAS numarası, PubChem CID, InChI ya da InChIKey’i zorunlu kılın.
- İhtiyacınız olan Çıktılar'ı işaretleyin. Çevrimiçi olarak işaretlenen çıktılar internet sorgusu gerektirir.
- Dönüştür'e basın. İlerleme çubuğu tamamlanan satırları, hataları ve çevrimiçi sorguları gösterir. Erken bitirip tamamlananları korumak için Durdur'a basın.
- Önizlemeyi kontrol edin, ardından CSV indir, TSV indir veya SDF indir'e basın.
Girdiler ve çıktılar
| Girdi | Örnek | Nasıl okunur |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | Cihazınızda |
| Ad (yaygın veya IUPAC, İngilizce) | caffeine | Çevrimiçi, PubChem |
| CAS Kayıt Numarası | 58-08-2 | Kontrol basamağı test edilir, ardından PubChem |
| PubChem CID | 2519 | Çevrimiçi, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | Çevrimiçi, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | Çevrimiçi, PubChem |
Her çıktının anlamı
| Çıktı | Anlamı | Kaynak |
|---|---|---|
| Kanonik SMILES | Yapı başına tek bir standart SMILES; böylece yinelenenler eşleşir | Yerel |
| Molekül formülü | Hill sırası (C, H, ardından A–Z), net yük eklenir | Yerel |
| MA (g/mol) | Standart atom ağırlıklarından ortalama molar kütle | Yerel |
| Tam kütle | Kütle spektrometrisi için monoizotopik kütle (her elementin en bol izotopu) | Yerel |
| InChI, InChIKey | Veritabanı aramaları için standart IUPAC tanımlayıcıları | Çevrimiçi |
| IUPAC adı | Bileşik listelenmişse PubChem’den sistematik ad | Çevrimiçi |
| cLogP | Hesaplanmış oktanol–su dağılım katsayısı | Yerel |
| TPSA (Ų) | N ve O katkılarından topolojik polar yüzey alanı | Yerel |
| HBD, HBA | H bağı vericileri (N–H, O–H) ve alıcıları (N ve O atomları) | Yerel |
| Lipinski | Beş kuralı sınırlarından en fazla biri aşılırsa Geçer | Yerel |
Çözümlü örnekler
SMILES’tan aspirin
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4, tam kütle 180,0423, TPSA 63,6 Ų, HBD 1, HBA 4.
MA 180,159 g/mol, Lipinski Geçer
CAS numarasından kafein
58-08-2 kontrol basamağı testini geçer ve çevrimiçi sorgulanır.
C8H10N4O2, TPSA 58,4 Ų, HBD 0.
MA 194,19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
Kimlikler içeren bir elektronik tablo
Noktalı virgülle ayrılmış id;smiles;IC50 sütunları.
Ayırıcı ve SMILES sütunu otomatik olarak bulunur.
id ve IC50 sütunlarınız sonuçların yanında korunur
Atorvastatin
MA 558,6 g/mol ve cLogP 5’in üzerinde.
Beş kuralının iki sınırı aşılmıştır.
Lipinski Kalır (MA > 500; LogP > 5)
Sık yapılan hatalar
- SMILES sütununda adlar. Girdi türü SMILES olarak ayarlanmışsa "aspirin" başarısız olur. Karışık listeler için Her satır için algıla’yı kullanın.
- Excel CAS numaralarınızı değiştirdi. Elektronik tablolar 7732-18-5’i bir tarihe dönüştürebilir. Kaydetmeden önce sütunu metin olarak biçimlendirin.
- Tuzlar ve karışımlar.
[Na+].[Cl-]gibi nokta içeren bir SMILES tek bir kayıt olarak ele alınır. MA ve formül her parçayı içerir. - Başlığın veri olarak okunması. 1. satır sütun adlarını içeriyorsa İlk satır başlıktır’ı işaretleyin; aksi hâlde başarısız bir satır olarak görünür.
- Farklı yöntemlerle elde edilen LogP değerlerini karşılaştırmak. cLogP ve XLogP3’ün ikisi de tahmindir. Bütün bir seri için tek bir yöntem kullanın.
- Çok uzun ad listeleri. Çevrimiçi sorgular saniyede yaklaşık dört hızında çalışır. Adları bir kez SMILES’a dönüştürün, sonra SMILES dosyasıyla çalışın.
Bir yapıyı görmek mi istiyorsunuz? Herhangi bir SMILES’ı ücretsiz çevrimiçi kimyasal yapı editörü MolDraw’a yapıştırarak çizin, düzenleyin ve PNG, SVG veya MOL olarak dışa aktarın.
MolDraw editörünü açSık sorulan sorular
Bir SMILES listesini tek seferde molekül ağırlıklarına nasıl dönüştürürüm?
SMILES’ları her satıra bir tane gelecek şekilde yapıştırın veya bir CSV dosyası açıp SMILES sütununu seçin. MA (g/mol) işaretli kalsın ve Dönüştür’e basın. Bittiğinde CSV indir’e basın. SMILES’lar cihazınızda işlendiği için 5.000 satıra kadar veri yalnızca birkaç saniye sürer.
Hangi girdiler internet sorgusu gerektirir?
SMILES’lar cihazınızda okunur. Adlar, CAS numaraları, PubChem CID’leri, InChI ve InChIKey’ler yapıyı elde etmek için önce ücretsiz PubChem veritabanında sorgulanır. InChI, InChIKey ve IUPAC adı çıktıları da çevrimiçi sorgulanır. Çevrimiçi satırlar önizlemede çevrimiçi olarak işaretlenir ve saniyede yaklaşık dört ile sınırlıdır.
Birkaç sütunlu bir CSV yükleyebilir miyim?
Evet. Dönüştürücü virgül, sekme, noktalı virgül ve dikey çizgi ayırıcılarını, tırnak içindeki hücreleri ve bayt sırası işaretini algılar. Başlık satırını ve tanımlayıcı sütununu tahmin eder; ikisini de değiştirebilirsiniz. Kimliklerinizi veya aktivite değerlerinizi çıktıya kopyalamak için Diğer sütunlarımı koru seçeneğini işaretleyin.
Lipinski sütunu ne anlama gelir?
Lipinski'nin beş kuralı, bir bileşik şu ölçütlerden birden fazlasını ihlal ettiğinde zayıf oral emilime işaret eder: MA ≤ 500, LogP ≤ 5, en fazla 5 H bağı vericisi ve en fazla 10 H bağı alıcısı. Geçer, sıfır veya bir ihlal anlamına gelir. İhlaller sütunu hangi sınırların aşıldığını listeler.
LogP değerim neden PubChem'in XLogP3 değerinden farklı?
LogP’yi tahmin etmenin birkaç yolu vardır. Bu dönüştürücü atom katkılarından hesaplanan bir cLogP kullanırken PubChem XLogP3 bildirir. İkisi genellikle yaklaşık bir birim içinde uyuşur. Bileşikleri aynı yöntemle karşılaştırın.
SDF indirmesinde neler var?
Dönüştürülen her satır için bir kayıt: koordinatlı bir 2B yapı, başlık satırı olarak girdi ve seçilen her çıktı (formül, MA, LogP vb.) bir SDF veri alanı olarak. Çoğu kimya programı ve veritabanı bunu açabilir.
Bir satır neden başarısız oldu?
Durum sütunu nedenini verir: örneğin kapatılmamış halka veya parantez içeren bir SMILES, kontrol basamağı yanlış bir CAS numarası veya PubChem’in tanımadığı bir ad. Girdiyi düzeltin ve dönüştürücüyü yeniden çalıştırın. Diğer satırlar etkilenmez.
İlgili kimya araçları
Son güncelleme: