SDF’den InChI’ye Dönüştürücü
Kısaca: SDF veya MOL bloklarını dizinleme ve arama için standart InChI dizelerine dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Bir SDF veya MOL bloğu yapıştırın ve standart bir InChI dizesine dönüştürün.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SDF | Çıktı: InChI | |
|---|---|---|
| Tam adı | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| İçerdiği bilgi | Her biri isteğe bağlı veri alanları içerebilen, $$$$ ile ayrılmış bir veya daha fazla MOL kaydı. | Yapıdan türetilen katmanlı bir metin tanımlayıcısı. Standart InChI her programda aynıdır. |
| Dosya veya biçim | .sdf | InChI=1S/ ile başlayan metin |
Dosya Biçimi Açıklaması
SDF, molekül kayıtlarını MOL tarzı atom ve bağ blokları ile isteğe bağlı özellik alanlarıyla saklar. Bileşik kütüphanelerinde ve tarama veri setlerinde yaygındır.
InChI, bir molekülü katmanlı metin biçiminde gösteren standartlaştırılmış bir IUPAC tanımlayıcısıdır. SDF’yi InChI’ye dönüştürmek arama, dizinleme ve yinelenenleri ayıklama için kalıcı tanımlayıcılar oluşturmaya yardımcı olur.
Bir SDF birden çok kayıt içeriyorsa kayıtları dikkatle dönüştürüp doğrulayın. Tuzlar, karışımlar, stereokimya ve eksik hidrojenler ortaya çıkan InChI’yi etkileyebilir.
SDF dosyaları hakkında
Bir SDF (yapı-veri dosyası) temelde art arda eklenmiş çok sayıda MOL kaydıdır. Her kaydı > <NAME> veya > <CAS> gibi isteğe bağlı veri alanları izler ve kayıt $$$$ içeren bir satırla biter. Tek bir dosya binlerce molekülü özellikleriyle birlikte tutabildiği için bileşik kütüphaneleri, PubChem indirmeleri ve tedarikçi katalogları yaygın olarak SDF kullanır.
Neden InChI oluşturmalı
Standart InChI, atom sırasından ve çizimden bağımsız olarak her yapıya kanonik bir tanımlayıcı verir. Bu, kütüphaneleri birleştirmek, yinelenenleri ayıklamak ve bileşikleri açık veritabanlarıyla eşleştirmek için kullanışlıdır.
Nasıl kullanılır
- .sdf dosyasını bir düz metin düzenleyicide açın.
- Bir kaydı (başlığından
$$$$satırına kadar) kopyalayıp yapıştırın. - Dönüştürün ve InChI’yi kopyalayın ya da InChI’den InChIKey’e aracıyla kısaltın.
Sorun giderme
- Alışılmadık elementler, sorgu atomları veya R grupları içeren kayıtlar standart bir InChI üretmeyebilir.
- Büyük dosyaları birkaç kayıt hâlinde işlemek daha kolaydır.
- Orijinal boşlukları koruyun; SDF bağlantı tabloları sütun tabanlıdır.
Son güncelleme: