SMILES’tan MOL’e Dönüştürücü
Kısaca: Uyumluluk için SMILES dizelerini MOL yapı dosyalarına dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Editör ve ELN uyumluluğu için SMILES’ı indirilebilir MOL biçimine dönüştürün.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SMILES | Çıktı: MOL dosyası | |
|---|---|---|
| Tam adı | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL dosyası (MDL Molfile) |
| Ne içerir | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satırlık metin olarak. Koordinat yok. | Tek bir molekül için 2B veya 3B koordinatlı atom listesi ve bağ tablosu. |
| Dosya veya biçim | .smi veya düz metin | .mol |
Dosya biçimi açıklaması
SMILES, bir molekül için kompakt, tek satırlık bir metin tanımlayıcısıdır. Veritabanlarına, betiklere ve web araçlarına yapıştırması kolaydır, ancak çizilmiş bir 2B yerleşimi saklamaz.
Molfile olarak da bilinen MOL, atom ve bağ tablolarını koordinatlarla saklar. Bir editör, ELN veya kemoinformatik aracı metin tanımlayıcısı yerine düzenlenebilir bir yapı dosyası gerektirdiğinde MOL kullanın.
Dönüştürmeden sonra, MOL dosyasını yayın, kayıt veya hesaplama iş akışlarında kullanmadan önce stereokimyayı, yükleri ve aromatik halkaları kontrol edin.
MOL dosyası neler içerir
SMILES hangi atomların bağlı olduğunu tanımlar, ancak koordinat taşımaz. MOL dosyası bir 2B yerleşim ekler: her atom x ve y koordinatları alır, böylece diğer programlar bir yerleşimi yeniden hesaplamadan molekülü gösterebilir. Bu da MOL’ü, bir yapıyı ChemDraw uyumlu yazılımlara, elektronik laboratuvar defterlerine veya kayıt sistemlerine aktarırken güvenli bir seçim yapar.
Çıktıyı okuma
- 1–3. satırlar: başlık (ad, program, yorum).
- Sayım satırı: atom ve bağ sayısı ile V2000 sürüm etiketi.
- Atom bloğu: her atom için x, y, z koordinatları ve element sembolü içeren bir satır.
- Bağ bloğu: atom numarası çiftleri ve bağ türü (1 tekli, 2 ikili, 3 üçlü).
M ENDkaydı kapatır.
Nasıl kullanılır
CCO(etanol) gibi bir SMILES yapıştırın.- Dönüştürün ve MOL metnini indirin veya kopyalayın.
- .mol uzantısıyla kaydedin ve hedef programınızda açın.
Tek dosyada birkaç molekül mü gerekiyor? SMILES’tan SDF’ye aracını kullanın. Modelleme için 3B koordinatlar mı gerekiyor? SMILES’tan PDB’ye aracını deneyin.
Son güncelleme: