Protein Görüntüleyici

Kısaca: PDB'yi kimlikle veya dosyayla yükleyin, amino asit dizilerini inceleyin, zincirleri tek tek biçimlendirin ve seçili dizi bölgelerini biçimlendirin. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.

Proteinleri PDB kimliğiyle yükleyin veya `.pdb` dosyası yükleyin, amino asit dizisini inceleyin, zincirleri tek tek biçimlendirin ve seçili dizi bölgelerine sağ tıklayarak onları yeniden biçimlendirin veya gizleyin.

Bir protein yapısını keşfetmek

Protein Veri Bankası (PDB), proteinlerin, nükleik asitlerin ve komplekslerinin deneysel olarak belirlenmiş 3B yapılarını barındırır. Her kaydın dört karakterli bir kimliği vardır; örneğin örneklerde sık kullanılan küçük bir bitki proteini olan krambin için 1CRN veya insan deoksihemoglobini için 4HHB.

Görüntüleme stili seçimi

• Şerit (Cartoon): sarmalları şerit veya spiral, β-iplikleri ok olarak göstererek ikincil yapıyı gösterir. Genel katlanmayı görmek için en iyisidir.
• Çubuk: tek tek bağları gösterir. Yan zincirler, ligandlar ve aktif bölgeler için en iyisidir.
• Küre: şekli ve paketlenmeyi gösteren uzay dolgu atomlar.
• Çizgi: büyük yapılar için kullanışlı, hafif tel kafes görünüm.

Zincirler ve dizilerle çalışmak

Birçok yapı birden çok zincir içerir; örneğin hemoglobinin iki α ve iki β zinciri. Nasıl paketlendiklerini görmek için her zinciri farklı biçimlendirin. Amino asit dizisinin bir kısmını seçip yeniden biçimlendirmek, bir şekil için bağlanma ilmeğini veya mutasyon bölgesini vurgulamanın hızlı bir yoludur.

İpucu: sunumlar için PNG, koordinatlara veya başka bir programda ağ modeline ihtiyacınız olduğunda PDB/XYZ/OBJ olarak dışa aktarın. Bağlı bir ligandı SMILES'a dönüştürmek için PDB'den SMILES'a sayfasına bakın.