Bir CSV Dosyasında SMILES, Ad ve CAS Numaraları Nasıl Toplu Dönüştürülür
Kısa yanıt: Ücretsiz toplu kimyasal dönüştürücüyü açın, listenizi yapıştırın veya CSV / TSV / TXT aç'a basın, tanımlayıcı sütununu seçin, ihtiyacınız olan çıktıları işaretleyin ve Dönüştür'e basın. Ardından CSV indir, TSV indir veya SDF indir'e basın. SMILES'lar cihazınızda işlenir, en fazla 5.000 satır. Adlar, CAS numaraları, CID'ler, InChI ve InChIKey'ler PubChem'de aranır.
Neden toplu dönüştürmeli
Tedarikçi katalogları, tarama kütüphaneleri ve laboratuvar defterleri çoğu zaman yüzlerce bileşiği SMILES, ad veya CAS numarası olarak tutar. Bunları tek tek dönüştürmek yavaştır ve hataya açıktır. Toplu dönüştürücü, her satır için aynı yöntemi kullanarak tüm listeyi tek bir tabloya çevirir; bu da değerleri karşılaştırılabilir kılar ve yinelenenleri bulmayı kolaylaştırır.
Kısaca tanımlayıcılar ve özellikler
| SMILES | Bir yapı için satır gösterimi, örneğin etanol için CCO. Bir molekülü birçok SMILES tanımlayabilir. |
|---|---|
| Kanonik SMILES | Yapı başına tek bir standart SMILES. Eşleştirmek ve yinelenenleri kaldırmak için kullanın. |
| InChI ve InChIKey | IUPAC tanımlayıcıları. InChIKey, InChI'nin veritabanlarında arama için kullanılan 27 karakterlik özetidir (hash). |
| CAS Kayıt Numarası | 58-08-2 (kafein) gibi bir kayıt numarası. Son basamak kontrol basamağıdır. |
| PubChem CID | PubChem'deki bileşik numarası, örneğin kafein için 2519. |
| MA ve tam kütle | MA ortalama atom ağırlıklarını kullanır. Tam kütle, kütle spektrometrisi için en bol izotopları kullanır. |
| cLogP | Oktanol–su dağılım katsayısının hesaplanmış logaritması. Yüksek değer daha lipofilik demektir. |
| TPSA | Topolojik polar yüzey alanı; N ve O atomlarının ve bunlara bağlı H'lerin yüzeyi. Yaklaşık 140 Ų'nin üzerinde oral emilim genellikle zayıftır. |
| Lipinski'nin beş kuralı | MA ≤ 500, LogP ≤ 5, en fazla 5 H bağı vericisi, en fazla 10 alıcı. Birden fazla ihlal zayıf oral emilime işaret eder. |
Toplu dönüştürücü adım adım nasıl kullanılır
- Toplu kimyasal dönüştürücüyü açın. Önce denemek için 20 örnek ilacı yükle'ye basın.
- Her satıra bir değer yapıştırın veya CSV / TSV / TXT aç'a basıp dosyanızı seçin.
- Kutunun altındaki satırı okuyun: satır ve sütun sayısını ve bulunan ayırıcıyı gösterir. Gerekirse Ayırıcı'yı değiştirin.
- Tablolar için Tanımlayıcı sütunu'nu seçin ve 1. satırda sütun adları varsa İlk satır başlıktır'ı işaretleyin.
- Karışık listeler için Girdi türü'nü Her satır için algıla olarak bırakın veya tek bir türü zorlayın.
- Çıktılar altında ihtiyacınız olanları işaretleyin. InChI, InChIKey ve IUPAC adı çevrimiçi olarak işaretlenmiştir.
- Dönüştür'e basın. İlerleme çubuğunu ve hata sayısını izleyin. Durdur çalıştırmayı sonlandırır ve tamamlanan satırları korur.
- Önizleme tablosunu kontrol edin. Başarısız satırlar kırmızıdır ve nedeni Durum sütununda yazar.
- CSV indir, TSV indir veya SDF indir'e basın.
Çözümlü örnekler
1. Düz bir SMILES listesi
Girdi: üç satırda CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C ve CCO. Cihazınızda hesaplanan çıktı:
| Aspirin | C9H8O4 · MA 180,159 · tam kütle 180,0423 · TPSA 63,6 · HBD 1 · HBA 4 · Geçer |
|---|---|
| Kafein | C8H10N4O2 · MA 194,19 · tam kütle 194,0804 · TPSA 58,4 · HBD 0 · HBA 6 · Geçer |
| Etanol | C2H6O · MA 46,069 · tam kütle 46,0419 · TPSA 20,2 · HBD 1 · HBA 1 · Geçer |
2. Kimlikler ve aktiviteler içeren bir elektronik tablo
id;smiles;IC50 sütunlarına sahip bir dosya noktalı virgül kullanır. Dönüştürücü ayırıcıyı, başlığı ve SMILES sütununu bulur. Diğer sütunlarımı çıktıda koru işaretliyken id ve IC50 indirilen dosyada sonuçların yanında yer alır.
3. Bir kimyasal envanterinden CAS numaraları
50-78-2 (aspirin) ve 58-08-2 (kafein) gibi girdiler kontrol basamağı testini geçer ve PubChem'de aranır. 50-78-3 gibi bir yazım hatası, ağ isteği yapılmadan hemen "CAS check digit is wrong" (CAS kontrol basamağı yanlış) hatasıyla başarısız olur.
4. Bir Lipinski ihlalini fark etmek
Atorvastatinin MA'sı 558,6 g/mol ve cLogP'si 5'in üzerindedir. İki sınır aşıldığı için Lipinski sütununda Kalır yazar ve ihlaller sütunu "MW > 500; LogP > 5" listeler.
Özet: ne nerede hesaplanır
| Cihazınızda | SMILES okuma, kanonik SMILES, molekül formülü, MA, tam kütle, cLogP, TPSA, HBD, HBA, dönebilen bağlar, Lipinski, SDF yapıları |
|---|---|
| Çevrimiçi (PubChem) | Girdi olarak adlar, CAS numaraları, CID'ler, InChI ve InChIKey'ler; çıktı olarak InChI, InChIKey ve IUPAC adı |
| Sınırlar | Çalıştırma başına 5.000 satır; çalıştırma başına saniyede yaklaşık dört hızla 1.000 çevrimiçi sorgu |
| İndirmeler | CSV ve TSV (UTF-8, Excel'de açılır), veri alanlarıyla SDF |
Sık yapılan hatalar
- Elektronik tablo otomatik biçimlendirmesi. Excel CAS numaralarını tarihe çevirebilir ve baştaki sıfırları silebilir. Kaydetmeden önce sütunu metin olarak biçimlendirin.
- Başlık satırının veri olarak okunması. İlk satır başlıktır seçeneğini işaretleyin, aksi halde başlık başarısız bir satır olarak görünür.
- Zorlanmış bir türle karışık ad ve SMILES. Karışık listeler için Her satır için algıla seçeneğini kullanın.
- Tuzlar.
CC(=O)[O-].[Na+]tek bir girdidir ve MA sodyumu da içerir. Ana bileşiği istiyorsanız önce karşı iyonları kaldırın. - LogP yöntemlerini karıştırmak. cLogP ile PubChem'in XLogP3 değeri biraz farklıdır. Bir seri için tek bir yöntem kullanın.
- Dışa aktarmada stereokimyanın kaybolması. SMILES'larınızda @ ve @@ işaretlerini koruyun. Kanonik SMILES bunları korur, böylece D- ve L-alanin farklı kalır.
Temiz sonuçlar için ipuçları
- Adları ve CAS numaralarını bir kez SMILES'a dönüştürün, CSV'yi kaydedin ve yeniden kullanın. Sonraki çalıştırmalar tamamen yerel ve hızlı olur.
- Yinelenenleri bulmak için çıktıyı kanonik SMILES'a göre sıralayın.
- Seti tüm özellikler ekli olarak başka kimya yazılımlarına yüklemek için SDF indirmesini kullanın.
- Birkaç satırı molekül ağırlığı hesaplayıcısı gibi tekil araçlarla elle kontrol edin.
Sorular ve yanıtlar
Bir SMILES listesinin molekül ağırlıklarını nasıl alırım?
SMILES'ları her satıra bir tane gelecek şekilde ücretsiz MolDraw toplu kimyasal dönüştürücüye yapıştırın veya CSV dosyanızı açıp SMILES sütununu seçin. MA (g/mol) işaretli kalsın, Dönüştür'e, ardından CSV indir'e basın. SMILES'lar cihazınızda işlenir; çalıştırma başına en fazla 5.000 satır.
Kimyasal adları veya CAS numaralarını toplu olarak SMILES'a dönüştürebilir miyim?
Evet. Adlar, CAS numaraları, PubChem CID'leri, InChI ve InChIKey'ler PubChem'de satır satır, saniyede yaklaşık dört satır hızla aranır. Her sonuç bir SMILES verir ve diğer tüm çıktılar bundan hesaplanır.
Kanonik SMILES nedir ve neden kullanılır?
Bir molekül birçok farklı SMILES ile yazılabilir. Kanonik SMILES tek bir standart biçimdir; böylece aynı yapı her zaman aynı dizeyi verir. Kanonik SMILES'a göre sıralama veya eşleştirme, etanol için CCO ve OCC gibi yinelenenleri bulur.
Molekül ağırlığı ile tam kütle arasındaki fark nedir?
Molekül ağırlığı ortalama atom ağırlıklarını kullanır ve tartım ile molarite için kullanılır. Tam (monoizotopik) kütle her elementin ¹²C, ¹H ve ¹⁶O gibi en bol izotopunu kullanır ve yüksek çözünürlüklü bir kütle spektrometresinin ölçtüğü değerdir. Aspirinin MA'sı 180,159 g/mol, tam kütlesi 180,0423'tür.
CSV dosyam neden tek sütun olarak açılıyor?
Dosya büyük olasılıkla virgül yerine noktalı virgül veya sekme kullanıyordur; bu, Avrupa'daki elektronik tablo ayarlarında yaygındır. Dönüştürücü ayırıcıyı otomatik olarak algılar. Ayırıcı altında Virgül, Sekme, Noktalı virgül veya Dikey çizgi seçeneklerini de seçebilirsiniz.
InChIKey bilgisayarımda mı hesaplanıyor?
Hayır. InChI, InChIKey ve IUPAC adı PubChem'den alınır, bu yüzden bu çıktılar çevrimiçi olarak işaretlenmiştir. Kanonik SMILES, formül, MA, tam kütle, cLogP, TPSA, vericiler, alıcılar ve Lipinski kontrolü cihazınızda hesaplanır.
Bileşik kimlikleri ve IC50 değerleri gibi kendi sütunlarımı koruyabilir miyim?
Evet. Diğer sütunlarımı çıktıda koru seçeneğini işaretleyin. Tanımlayıcı sütunu dışındaki her sütun aynı sırayla sonuçlara kopyalanır; böylece dosyayı doğrudan elektronik tablonuza geri yapıştırabilirsiniz.