Come convertire in batch SMILES, nomi e numeri CAS in un file CSV
Risposta breve: apri il convertitore chimico in batch gratuito, incolla il tuo elenco o premi Apri CSV / TSV / TXT, scegli la colonna dell'identificatore, spunta gli output che ti servono e premi Converti. Poi premi Scarica CSV, Scarica TSV o Scarica SDF. Gli SMILES vengono elaborati sul tuo dispositivo, fino a 5000 righe. Nomi, numeri CAS, CID, InChI e InChIKey vengono cercati in PubChem.
Perché convertire in batch
Cataloghi dei fornitori, librerie di screening e quaderni di laboratorio contengono spesso centinaia di composti come SMILES, nomi o numeri CAS. Convertirli uno per uno è lento e soggetto a errori. Un convertitore in batch trasforma l'intero elenco in un'unica tabella con lo stesso metodo per ogni riga, il che rende i valori confrontabili e i duplicati facili da trovare.
Identificatori e proprietà in breve
| SMILES | Una notazione lineare per una struttura, come CCO per l'etanolo. Molti SMILES possono descrivere la stessa molecola. |
|---|---|
| Canonical SMILES | Un solo SMILES standard per struttura. Usalo per confrontare e rimuovere i duplicati. |
| InChI e InChIKey | Identificatori IUPAC. L'InChIKey è un hash di 27 caratteri dell'InChI, usato per cercare nelle banche dati. |
| Numero di registro CAS | Un numero di registro come 58-08-2 (caffeina). L'ultima cifra è una cifra di controllo. |
| CID PubChem | Il numero del composto in PubChem, come 2519 per la caffeina. |
| MW e massa esatta | Il MW usa i pesi atomici medi. La massa esatta usa gli isotopi più abbondanti, per la spettrometria di massa. |
| cLogP | Logaritmo calcolato del coefficiente di ripartizione ottanolo–acqua. Più alto significa più lipofilo. |
| TPSA | Area superficiale polare topologica, la superficie degli atomi di N e O e dei loro H. Sopra circa 140 Ų l'assorbimento orale di solito è scarso. |
| Regola dei cinque di Lipinski | MW ≤ 500, LogP ≤ 5, al massimo 5 donatori di legami a idrogeno, al massimo 10 accettori. Più di una violazione suggerisce uno scarso assorbimento orale. |
Come usare il convertitore in batch passo per passo
- Apri il convertitore chimico in batch. Per provarlo, premi Carica 20 farmaci di esempio.
- Incolla un valore per riga, oppure premi Apri CSV / TSV / TXT e scegli il tuo file.
- Leggi la riga sotto la casella: mostra il numero di righe e di colonne e il separatore trovato. Cambia Separatore se necessario.
- Per le tabelle, scegli la Colonna dell'identificatore e spunta La prima riga è un'intestazione se la riga 1 contiene i nomi delle colonne.
- Lascia Tipo di input su Rileva per ogni riga per elenchi misti, oppure imponi un solo tipo.
- In Output, spunta ciò che ti serve. InChI, InChIKey e nome IUPAC sono contrassegnati come online.
- Premi Converti. Osserva la barra di avanzamento e il conteggio degli errori. Ferma interrompe l'esecuzione e conserva le righe completate.
- Controlla la tabella di anteprima. Le righe non riuscite sono in rosso, con il motivo nella colonna Status.
- Premi Scarica CSV, Scarica TSV o Scarica SDF.
Esempi svolti
1. Un semplice elenco di SMILES
Input: CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O, CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C e CCO su tre righe. Output, calcolato sul tuo dispositivo:
| Aspirina | C9H8O4 · MW 180.159 · exact mass 180.0423 · TPSA 63.6 · HBD 1 · HBA 4 · Pass |
|---|---|
| Caffeina | C8H10N4O2 · MW 194.19 · exact mass 194.0804 · TPSA 58.4 · HBD 0 · HBA 6 · Pass |
| Etanolo | C2H6O · MW 46.069 · exact mass 46.0419 · TPSA 20.2 · HBD 1 · HBA 1 · Pass |
2. Un foglio di calcolo con ID e attività
Un file con le colonne id;smiles;IC50 usa i punti e virgola. Il convertitore trova il separatore, l'intestazione e la colonna degli SMILES. Con Mantieni le mie altre colonne nell'output spuntato, id e IC50 compaiono accanto ai risultati nel file scaricato.
3. Numeri CAS da un inventario chimico
Input come 50-78-2 (aspirina) e 58-08-2 (caffeina) superano il test della cifra di controllo e vengono cercati in PubChem. Un errore di battitura come 50-78-3 fallisce subito con "CAS check digit is wrong", senza richieste di rete.
4. Individuare una violazione di Lipinski
L'atorvastatina ha MW 558,6 g/mol e un cLogP superiore a 5. Due limiti sono superati, quindi la colonna Lipinski indica Fail e la colonna delle violazioni riporta "MW > 500; LogP > 5".
Riepilogo: cosa viene calcolato e dove
| Sul tuo dispositivo | Lettura degli SMILES, SMILES canonico, formula molecolare, MW, massa esatta, cLogP, TPSA, HBD, HBA, legami ruotabili, Lipinski, strutture SDF |
|---|---|
| Online (PubChem) | Nomi, numeri CAS, CID, InChI e InChIKey come input; InChI, InChIKey e nome IUPAC come output |
| Limiti | 5000 righe per esecuzione; 1000 ricerche online per esecuzione, a circa quattro al secondo |
| Download | CSV e TSV (UTF-8, si aprono in Excel), SDF con campi dati |
Errori comuni
- Formattazione automatica del foglio di calcolo. Excel può trasformare i numeri CAS in date ed eliminare gli zeri iniziali. Formatta la colonna come testo prima di salvare.
- Una riga di intestazione letta come dati. Spunta La prima riga è un'intestazione, altrimenti l'intestazione compare come riga non riuscita.
- Nomi e SMILES misti con un tipo imposto. Per elenchi misti usa Rileva per ogni riga.
- Sali.
CC(=O)[O-].[Na+]è una sola voce e il MW include il sodio. Rimuovi prima i controioni se vuoi il composto progenitore. - Mescolare metodi di LogP. Il cLogP e lo XLogP3 di PubChem differiscono leggermente. Usa un solo metodo per una serie.
- Stereochimica persa nell'esportazione. Mantieni @ e @@ nei tuoi SMILES. Lo SMILES canonico li conserva, quindi D- e L-alanina restano diverse.
Consigli per risultati puliti
- Converti nomi e numeri CAS in SMILES una volta sola, salva il CSV e riutilizzalo. Le esecuzioni successive saranno completamente locali e veloci.
- Ordina l'output per SMILES canonico per trovare i duplicati.
- Usa il download SDF per caricare l'insieme in altri software di chimica con tutte le proprietà allegate.
- Controlla a mano alcune righe con gli strumenti singoli, come il calcolatore di peso molecolare.
Domande e risposte
Come ottengo i pesi molecolari di un elenco di SMILES?
Incolla gli SMILES nel convertitore chimico in batch gratuito di MolDraw, uno per riga, oppure apri il tuo CSV e scegli la colonna degli SMILES. Lascia spuntato MW (g/mol), premi Converti, poi Scarica CSV. Gli SMILES vengono elaborati sul tuo dispositivo, fino a 5000 righe per esecuzione.
Posso convertire in blocco nomi chimici o numeri CAS in SMILES?
Sì. Nomi, numeri CAS, CID di PubChem, InChI e InChIKey vengono cercati in PubChem una riga alla volta, a circa quattro righe al secondo. Ogni risultato fornisce uno SMILES, da cui vengono poi calcolati tutti gli altri output.
Che cos'è uno SMILES canonico e perché usarlo?
Una molecola si può scrivere con molti SMILES diversi. Uno SMILES canonico è una forma standard, quindi la stessa struttura dà sempre la stessa stringa. Ordinare o confrontare per SMILES canonico trova i duplicati, come CCO e OCC per l'etanolo.
Qual è la differenza tra peso molecolare e massa esatta?
Il peso molecolare usa i pesi atomici medi e serve per pesare e per la molarità. La massa esatta (monoisotopica) usa l'isotopo più abbondante di ogni elemento, come ¹²C, ¹H e ¹⁶O, ed è ciò che misura uno spettrometro di massa ad alta risoluzione. L'aspirina ha MW 180,159 g/mol e massa esatta 180,0423.
Perché il mio CSV si apre in una sola colonna?
Probabilmente il file usa punti e virgola o tabulazioni invece delle virgole, cosa comune nelle impostazioni europee dei fogli di calcolo. Il convertitore rileva automaticamente il separatore. Puoi anche scegliere Virgola, Tabulazione, Punto e virgola o Barra verticale in Separatore.
L'InChIKey viene calcolato sul mio computer?
No. InChI, InChIKey e nome IUPAC vengono recuperati da PubChem, quindi questi output sono contrassegnati come online. SMILES canonico, formula, MW, massa esatta, cLogP, TPSA, donatori, accettori e verifica di Lipinski vengono calcolati sul tuo dispositivo.
Posso mantenere le mie colonne, come ID dei composti e valori di IC50?
Sì. Spunta Mantieni le mie altre colonne nell'output. Ogni colonna tranne quella dell'identificatore viene copiata nei risultati, nello stesso ordine, così puoi reincollare il file direttamente nel tuo foglio di calcolo.