Ücretsiz Kimya Veritabanları: Öğrenciler ve Araştırmacılar için Pratik Rehber

Yayın: 6 Eki 2026 · Yazar: Rafeeque Mavoor · Kategori: Rehberler · Veriler kontrol edildi: Ekim 2026

Kimya öğrencileri er ya da geç aynı sorunla karşılaşır: elinizde bir molekül vardır ve onun özelliklerine, biyolojik aktivitesine, bir kristal yapısına, bir referans spektrumuna veya bir patente ihtiyacınız vardır. Bu soruların her biri farklı bir veritabanında yaşar. Bu rehber, başlıca ücretsiz kimya veritabanlarının her birinin ne olduğunu, ne için iyi olduğunu, ne kadar büyük olduğunu, lisansının neye izin verdiğini ve nasıl sorgulanacağını, yayımlamadan önce test ettiğimiz gerçek örnek URL'lerle açıklar.

Aşağıdaki tüm rakamlar resmi siteler veya API'lerle karşılaştırılarak Ekim 2026'da kontrol edilmiştir. Veritabanı boyutları her sürümde değişir, bu yüzden onları sabit değil, anlık görüntüler olarak değerlendirin.

Kimya veritabanı nedir?

Kimya veritabanı, kimyasal yapıların onlarla ilgili verilere bağlandığı aranabilir bir koleksiyondur: adlar, tanımlayıcılar, hesaplanmış özellikler, deneysel ölçümler, biyolojik aktiviteler, 3B koordinatlar, spektrumlar veya raporlandıkları belgeler. Modern veritabanlarının çoğunda ada, tanımlayıcıya (CAS numarası, InChIKey, SMILES) veya bir yapı çizerek arama yapılabilir; birçoğu programlı erişim için ücretsiz bir REST API sunar.

Anlaşılması gereken temel nokta, hiçbir veritabanının her şeyi yapmadığıdır. Odakları farklıdır:

• Bileşik ansiklopedileri (PubChem, ChEBI) "bu molekül nedir?" sorusunu yanıtlar.
• Biyoaktivite veritabanları (ChEMBL, DrugBank) "bu molekül bir proteine ne yapar?" sorusunu yanıtlar.
• Tarama kütüphaneleri (ZINC) "hangi benzer molekülleri satın alabilir veya kenetleyebilirim?" sorusunu yanıtlar.
• Yapısal veritabanları (RCSB PDB) "bu molekül hedefine nasıl oturur?" sorusunu yanıtlar.
• Spektral veritabanları (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) "spektrumu nasıl görünmeli?" sorusunu yanıtlar.
• Uzmanlaşmış koleksiyonlar (doğal ürünler için COCONUT, patentler için SureChEMBL) büyüklerin kaçırdığı alanları kapsar.

Ücretsiz kimya veritabanları nasıl karşılaştırılır?

PubChem nedir? En büyük ücretsiz kimya veritabanı

PubChem, ABD Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) tarafından yürütülen dünyanın en büyük ücretsiz kimya veritabanıdır. Binden fazla katkıcının verilerini birbirine bağlı koleksiyonlarda toplar: Substance (kaydedenlerin gönderdikleri), Compound (benzersiz standartlaştırılmış yapılar), BioAssay, Protein, Gene, Pathway ve Patent.

• Boyut: PubChem ana sayfasında yaklaşık 124 milyon bileşik ve 349 milyon madde (Ekim 2026'da kontrol edildi). Hakemli PubChem 2025 güncellemesi, Eylül 2024 itibarıyla 118,6 milyon bileşik bildirmiştir.
• Kullanım alanı: adları, eş anlamlıları, CAS numaralarını, formülleri, hesaplanmış özellikleri (XLogP, TPSA), güvenlik verilerini, tedarikçileri ve literatürü bulmak.
• Kimler kullanır: öğrenciler, öğretmenler, analitik kimyacılar, toksikologlar, kemoinformatikçiler ve hızlı, güvenilir bir tanımlayıcıya ihtiyaç duyan herkes.
• Erişim: yapı çizicili web araması ve ücretsiz PUG-REST API. PubChem programlı kullanıcılardan saniyede 5 isteğin altında kalmalarını ister.
• Lisans: kullanımı ücretsiz; yeniden kullanım hakları her veri kaynağına bağlıdır, bu yüzden verileri yeniden dağıtmadan önce kaynağı kontrol edin.

Sade dilde sorgu: "Aspirinin formülünü, molekül ağırlığını, SMILES'ını ve InChIKey'ini ver."

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

Gerçek yanıt (kısaltılmış):

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

Test edilmiş diğer PubChem sorguları:

• InChIKey'den CID'ye: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON 2244 döndürür.
• Setirizine 2B benzerlik (≥%90): https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10
• SMILES'tan alt yapı araması: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10

ChEMBL nedir? Biyoaktivite için başvurulan veritabanı

ChEMBL, EMBL'in Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EMBL-EBI) tarafından sürdürülen, biyoaktif ve ilaç benzeri moleküllerden oluşan elle düzenlenmiş bir veritabanıdır. Özünde, dergi makalelerinden ve kaydedilmiş veri setlerinden çıkarılan, her biri bir bileşiğe, bir deneye ve bir biyolojik hedefe bağlı IC50, Ki ve EC50 gibi ölçülmüş aktivite verileri bulunur.

• Boyut (ChEMBL 37, Mayıs 2026): ChEMBL API durum uç noktasının bildirdiğine göre 2.921.148 farklı bileşik, 24.527.044 aktivite, 18.552 hedef ve 101.100 yayın.
• Kullanım alanı: yapı–aktivite ilişkileri (SAR), bir hedef için bilinen aktifleri bulmak, makine öğrenmesi eğitim setleri oluşturmak ve ilaç onay fazını kontrol etmek.
• Kimler kullanır: farmasötik kimyacılar, farmakologlar, hesaplamalı kimyacılar ve veri bilimciler.
• Erişim: web arayüzü ve ücretsiz bir REST API (JSON veya XML), ayrıca tam indirmeler (SQLite, PostgreSQL, SDF).
• Lisans: CC BY-SA 3.0. ChEMBL, verilerini yeniden kullandığınızda ChEMBL kimliklerinin ve sürüm numarasının korunmasını ister.

Sade dilde sorgu: "ChEMBL'de aspirini bul."

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

İlk sonuç CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O SMILES'ıyla CHEMBL25'tir (ASPIRIN, maksimum faz 4, yani onaylı).

Sade dilde sorgu: "ChEMBL'de setirizin (CHEMBL1000) için insan histamin H1 reseptörü (CHEMBL231) üzerinde hangi etki değerleri var?"

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

Gerçek yanıt (dönen 12 kayıttan ikisine kısaltılmış):

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem ve ChEMBL: fark nedir?

PubChem geniştir; ChEMBL derindir. PubChem herkesin kaydettiği her kimyasalı içermeye çalışır, bu yüzden bir bileşiği tanımlamak için en iyi yerdir. ChEMBL çok daha az bileşik içerir, ancak biyolojik aktivitelerini tutarlı bir biçimde (standart birimler, pChEMBL değerleri, eşlenmiş hedefler) düzenler; bu yüzden "ne kadar etkili ve neye karşı?" diye sormak için daha iyi yerdir. Pratikte ikisini birlikte kullanırsınız: yapıyı ve tanımlayıcıları doğrulamak için PubChem'i, farmakolojiyi okumak için ChEMBL'i.

ChEBI nedir? Küçük moleküller için düzenlenmiş bir sözlük

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest), EMBL-EBI tarafından yürütülen, küçük moleküllerin elle düzenlenmiş bir sözlüğü ve ontolojisidir. Düzenlenmiş kayıtlarda bir tanım, yapı, eş anlamlılar ve molekülün ne olduğunu (ör. "benzoik asitler sınıfının bir üyesi") ve hangi role sahip olduğunu (ör. "steroid olmayan antiinflamatuvar ilaç") söyleyen ontoloji bağlantıları bulunur.

• Boyut: 201.471 kayıt; bunların 61.961'i tamamen düzenlenmiş "3 yıldızlı" kayıtlardır (sürüm 244, 2026 Nucleic Acids Research makalesinde bildirildi).
• Kullanım alanı: tutarlı adlandırma ve sınıflandırma, metabolomik ve sistem biyolojisi verilerine açıklama eklemek, fonksiyonel grupları ve bileşik sınıflarını öğretmek.
• Erişim: ChEBI 2.0 (Ekim 2025'te başlatıldı) yeni bir web sitesine ve REST API'ye sahiptir; eski SOAP hizmetleri kullanımdan kaldırılmıştır.
• Lisans: CC BY 4.0.

Sade dilde sorgu: "CHEBI:15365 nedir?"

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

Yanıt "name": "acetylsalicylic acid", C9H8O4 formülü, 180.04226 monoizotopik kütle ve tanım metnini döndürür. Metin araması da çalışır: https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin.

ZINC nedir? Sanal tarama için milyarlarca bileşik

ZINC, UCSF'deki Irwin ve Shoichet laboratuvarları tarafından oluşturulan, sanal tarama için hazırlanmış ticari olarak satın alınabilir ("somut") bileşiklerden oluşan ücretsiz bir veritabanıdır. ZINC-22, Enamine, WuXi ve Mcule'nin devasa siparişe göre üretim kataloglarına odaklanırken kardeş veritabanı ZINC20 daha küçük stok kataloglarını kapsar. ZINC15, birçok eğitimde hâlâ adı geçen eski kuşaktır.

• Boyut: 2B'de yaklaşık 54,9 milyar, kenetlemeye hazır 3B biçimlerde 5,9 milyar molekül (CartBlanche22 ana sayfası, Ekim 2026'da kontrol edildi). ZINC-22 makalesi yayımlandığında 37 milyar 2B molekül bildirmişti; bu da ne kadar hızlı büyüdüğünü gösterir.
• Kullanım alanı: kenetleme çalışmaları, satın alınabilir analoglar bulmak ve yükleri ile konformasyonları içeren, kenetlemeye hazır 3B dosyaları indirmek.
• Kimler kullanır: hesaplamalı kimyacılar, yapısal biyologlar ve akademik tarama grupları.
• Erişim: CartBlanche web arayüzü (benzerlik, alt yapı ve kimlik araması), toplu indirmeler ve bulut kopyaları.
• Lisans: "herkes için kullanımı ve indirmesi ücretsiz"; yazılı izin olmadan büyük kısımları yeniden dağıtamazsınız (UCSF ZINC lisansı).

Sade dilde sorgu: "Setirizine benzer satın alınabilir bileşikleri bul." OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 SMILES'ını cartblanche22.docking.org adresindeki benzerlik aramasına yapıştırın.

RCSB PDB nedir? Proteinlerin ve ligantların 3B yapıları

Protein Data Bank (PDB), proteinlerin, nükleik asitlerin ve komplekslerinin deneysel olarak belirlenmiş 3B yapılarının tek küresel arşividir; RCSB PDB onun ABD veri merkezi ve arama portalıdır. Kimyacılar için değeri bağlı ligantlardır: küçük bir molekülün bağlanma cebine tam olarak nasıl oturduğunu görebilirsiniz.

• Boyut: 260.724 güncel kayıt (RCSB holdings API, Ekim 2026'da kontrol edildi).
• Kullanım alanı: bağlanma modlarını incelemek, reseptörleri kenetlemeye hazırlamak, protein yapısını öğretmek ve belirli bir ligandı içeren her yapıyı bulmak.
• Erişim: web, Data API (data.rcsb.org) ve metin, dizi ve kimyasal aramaları destekleyen Search API (search.rcsb.org).
• Lisans: PDB verileri CC0 1.0 (kamu malı) altında yayımlanır.

Sade dilde sorgu: "Aspirinin ligant kaydını göster (bileşen kimliği AIN)."

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

Bu, 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID adını ve C9 H8 O4 formülünü döndürür.

Sade dilde sorgu: "Hangi PDB kayıtları aspirin içerir?" (Search API; JSON'u sizin için URL kodlamasına çeviren bir tarayıcıya yapıştırın):

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

Gerçek yanıt (kısaltılmış): 1OXR, 1TGM ve 3GCL gibi kayıtlarla "total_count": 8. Aspirinin SMILES'ıyla gönderilen bir kimyasal arama (service: "chemical") da en iyi eşleşme olarak AIN döndürdü. Bu kayıtlardan herhangi birini PDB kimliğiyle MolDraw protein görüntüleyicisinde yükleyebilir veya rcsb.org'da açabilirsiniz.

UniChem nedir? Veritabanları arasında kimlik çevirisi

UniChem, EMBL-EBI'nin tanımlayıcı çapraz referans hizmetidir: ona bir yapı tanımlayıcısı verirsiniz, o da diğer veritabanlarındaki eşleşen kimlikleri döndürür. Kayıtları standart InChI/InChIKey üzerinden bağlar, bu yüzden iki veritabanı aynı yapıyı tuttuğu sürece çalışır.

• Boyut: UniChem API'sinin listelediği 25 kaynak; ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB ve nmrshiftdb2 dahil (Ekim 2026'da kontrol edildi).
• Kullanım alanı: veri setlerini birleştirmek, bir ChEMBL kimliğinden bir PDB ligant koduna geçmek ve bir bileşiğin başka nerelerde göründüğünü kontrol etmek.
• Erişim: web ve REST API (/unichem/api/v1/).
• Lisans: EMBL-EBI kullanım koşulları altında ücretsiz; eşlenen her kimliğin ardındaki veriler kendi kaynağının lisansını korur.

Sade dilde sorgu: "Aspirinin InChIKey'i başka nerelerde görünüyor?"

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

Yanıt onu diğerlerinin yanı sıra CHEMBL25, CHEBI:15365, PubChem CID 2244, DrugBank DB00945, PDB ligandı AIN ve Guide to Pharmacology 4139 ile eşler.

nmrshiftdb2 nedir? Ücretsiz bir NMR spektrum veritabanı

nmrshiftdb2, organik yapıların ve NMR spektrumlarının yerleşik ¹H ve ¹³C kayma tahminli, açık ve hakemli bir web veritabanıdır. Özünde, çoğu ham verili, tamamen atanmış spektrumlar bulunur.

• Boyut: 271.817 yapı, 70.030 ölçülmüş spektrum ve 396.583 hesaplanmış spektrum (ana sayfa sayacı, Ekim 2026'da kontrol edildi).
• Kullanım alanı: bir atamayı kontrol etmek, bir bileşik sınıfı için referans kaymaları bulmak ve NMR yorumlamayı öğretmek.
• Erişim: yapı, alt yapı, spektrum ve diğer özelliklere göre web araması; site Haziran 2026'da yeni bir REST arayüzü duyurdu (test etmedik).
• Lisans: yazılım açık kaynaklıdır ve veriler açık içerik lisansıyla yayımlanır.

Sade dilde sorgu: "4-klorobenzhidril grubu içeren bileşiklerin ölçülmüş ¹³C spektrumlarını bul." Parçayı nmrshiftdb2 arama sekmesinde çizin ve bir alt yapı araması yapın. Aramadan önce hızlı bir tahmin için MolDraw'un yapıdan NMR'ye aracı çiziminizden bir spektrum tahmin eder.

MassBank nedir? Deneysel MS/MS spektrumları

MassBank, dünya genelindeki laboratuvarların katkıda bulunduğu, küçük moleküllerin deneysel kütle spektrumlarından oluşan açık bir depodur. Buradaki örnekler MassBank Europe'u (massbank.eu) kullanır. Her kayıt bir spektrumu tanımlar: bileşik, cihaz, iyonlaşma, çarpışma enerjisi ve pik listesi.

• Boyut: 139.006 kayıt (MassBank API sayısı, Ekim 2026'da kontrol edildi).
• Kullanım alanı: LC-MS/MS ve metabolomikte bilinmeyenleri tanımlamak, parçalanma desenlerini karşılaştırmak ve kütle spektrometrisini öğretmek.
• Erişim: web araması (ad, formül, pikler) ve bir REST API.
• Lisans: her kayıt kendi Creative Commons lisansını taşır (varsayılan CC BY, ancak bazıları CC0, CC BY-SA veya ticari olmayan); bu yüzden yeniden kullanmadan önce license alanını kontrol edin.

Sade dilde sorgu: "Kafein için MassBank spektrumlarını listele."

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

Bu 134 kayıt numarası döndürdü. Birini getirmek, https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088, öncül iyonu m/z 195,088'de ve ana parçası m/z 138,067'de olan, CC BY lisanslı bir [M+H]⁺ LC-APCI Orbitrap MS2 spektrumu verir.

COCONUT nedir? Açık doğal ürünler veritabanı

COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs), Friedrich Schiller Üniversitesi Jena'daki Steinbeck grubu tarafından düzenlenen, doğal ürün yapılarının en büyük açık koleksiyonudur. 2.0 sürümü her molekülü kaynak organizmalarına, literatüre ve stereokimyasal varyantlarına bağlar.

• Boyut: 71 koleksiyondan 738.829 benzersiz molekül ve 73.137 organizma (COCONUT istatistik sayfası, Ekim 2026'da kontrol edildi). COCONUT 2.0 makalesi Eylül 2024 sürümünde 695.133 bildirmişti.
• Kullanım alanı: doğal ürün derepikasyonu (bilinenlerin ayıklanması), iskelet fikirleri ve tarama setleri oluşturmak.
• Erişim: web araması (ad, yapı, alt yapı, benzerlik) ve tam SDF/SQL indirmeleri. REST API mevcuttur ancak ücretsiz bir hesapla oturum açmayı gerektirir, bu yüzden bu rehber için çalıştırmadık.
• Lisans: veri CC0; kod MIT.

Sade dilde sorgu: "Kafeine benzer doğal ürünleri göster." Kafeinin CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C SMILES'ını coconut.naturalproducts.net adresindeki yapı aramasına yapıştırın.

SureChEMBL nedir? Patentlerden kimya

SureChEMBL, EMBL-EBI'nin ücretsiz patent kimyası veritabanıdır: patent belgelerini metin ve görüntü madenciliğiyle tarar ve bahsettikleri kimyasal yapıları çıkarır. "Hangi patentler bu yapıyı içeriyor?" diye sormanın en kolay ücretsiz yoludur.

• Boyut: SureChEMBL 2.0 (Mayıs 2025), beş kurumdan (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO) yaklaşık 116,6 milyon patent belgesini kapsar; yalnızca USPTO yaklaşık 19,9 milyon benzersiz bileşik katkısında bulunmuştur.
• Kullanım alanı: önceki teknik kontrolleri, patent haritalama ve bileşik serilerini dergilerde görünmeden önce fark etmek.
• Erişim: yapıya veya anahtar kelimeye göre web araması, bir REST API ve iki haftada bir güncellenen toplu Parquet dosyaları.
• Lisans: CC BY 4.0.

Sade dilde sorgu: "Setirizin adını bir SureChEMBL bileşiğine çözümle."

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

Gerçek yanıt (kısaltılmış): "chemical_id": "4176", "inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N". Ardından web arayüzünde bu yapıyı içeren patentleri arayabilirsiniz.

Peki ya DrugBank ve NIST Chemistry WebBook?

DrugBank, onaylı ve araştırma aşamasındaki ilaçlar, hedefleri, metabolizmaları ve etkileşimleri hakkında ayrıntılı bir bilgi tabanıdır. Göz atmak ücretsizdir, ancak indirmeler hesap gerektirir; akademik veri setleri ticari olmayan kullanım için CC BY-NC 4.0 ile lisanslanır, ticari kullanım ise ücretli lisans gerektirir. Onu "okumak ücretsiz, yeniden kullanmak ücretsiz değil" olarak değerlendirin.

NIST Chemistry WebBook (NIST Standard Reference Database 69), birçok küçük molekül için termokimyasal veriler, gaz fazı IR spektrumları ve elektron iyonlaşması kütle spektrumları sunar. Çevrimiçi arama ücretsizdir, örneğin https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI, ancak veriler telif hakkıyla korunur ve toplu yeniden dağıtım NIST'in iznini gerektirir.

Hangi kimya veritabanını kullanmalıyım?

Bu veritabanlarını MolDraw ile nasıl kullanırım?

Çoğu veritabanı en iyi sonucu ad yerine makine tarafından okunabilir bir tanımlayıcıyla verir. MolDraw bu tanımlayıcıları doğrudan bir çizimden verir:

1. Yapıyı MolDraw editöründe çizin (veya addan yapıya ile bir ad yapıştırın).
2. Üstteki seçenekler satırından Copy SMILES'ı kullanın. Bağlam menüsündeki Copy as… ayrıca InChI ve MOL biçimlerini de verir (MolDraw kursunun SMILES bölümüne bakın).
3. SMILES'tan InChIKey'e dönüştürücüyle bir InChIKey oluşturun. InChIKey'ler PubChem, ChEMBL, ChEBI ve UniChem genelinde en güvenilir tam eşleşme anahtarıdır.
4. Sorgulayın: SMILES'ı bir veritabanının yapı aramasına yapıştırın veya InChIKey'i yukarıdaki REST URL'lerinden birine koyun.
5. Sonuçları geri getirin: bir PubChem CID'sini CID'den SMILES'a dönüştürücüyle ya da bir InChIKey'i InChIKey'den SMILES'a ile dönüştürün, ardından düzenlemek için MolDraw'a yapıştırın.

Çözümlü örnek: setirizin analoglarını nasıl karşılaştırırım?

Antihistaminik setirizin üzerinde çalıştığınızı ve hangi yakın analogların bulunduğunu, ne kadar etkili olduklarını ve yenilerini satın alıp alamayacağınızı bilmek istediğinizi varsayalım. İşte üç veritabanlı bir iş akışı; her sayı çalıştırdığımız canlı sorgulardan gelir.

Adım 1: PubChem'de tanımlayın. Setirizini MolDraw'da çizin, SMILES'ı kopyalayın ve arayın:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem CID 2678, C21H25ClN2O3, MA 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53 ve InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N döndürür.

Adım 2: PubChem'de analogları bulun. 2B benzerlik sorgusu (eşik 90), hidroksizin (CID 3658, setirizinin ana ilacı) ve levosetirizin (CID 1549000, tek enantiyomeri) ile tuzları dahil akrabaları döndürür. Klorobenzhidril-piperazin çekirdeği üzerinde bir alt yapı araması buna klorsiklizin, meklizin ve buklizini ekler.

Adım 3: ChEMBL'de aktiviteyi karşılaştırın. InChIKey'i ChEMBL'de arayın:

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

Bu, CHEMBL1000 verir (maksimum faz 4, ilk onay 1995). Aktivite kayıtları 5,89 ile 79 nM arasında insan H1 reseptörü Ki değerleri (pChEMBL 7,1–8,2) ve yaklaşık 30 µM'lık çok daha zayıf bir hERG (KCNH2) IC50 değeri (pChEMBL yaklaşık 4,5) içerir. Kabaca üç büyüklük mertebesindeki bu pencere, ChEMBL'in kolaylaştırdığı türden bir seçicilik karşılaştırmasıdır. Bir benzerlik araması, https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json, aynı şekilde karşılaştırmak için levosetirizin ve setirizin tuz formlarını listeler.

Adım 4: ZINC'te satın alınabilir analogları arayın. Asit yan zincirini veya aril halkalarını değiştiren siparişe göre üretilen bileşikleri görmek için SMILES'ı CartBlanche22'nin benzerlik aramasına yapıştırın. Ardından ilginç bir sonucun özelliklerini MolDraw'da, örneğin Lipinski kuralı hesaplayıcısıyla kontrol edin.

Kimya veritabanlarında nasıl iyi arama yapılır?

• Tam eşleşmeler için InChIKey'leri, benzerlik veya alt yapı aramaları için SMILES'ı tercih edin. Adlar belirsizdir ("C vitamini", tuzlar, ticari adlar).
• Tuzlara ve stereoizomerlere dikkat edin. Setirizin, setirizin dihidroklorür ve levosetirizin her veritabanında farklı kayıtlardır.
• Sürümü veya tarihi not edin. ChEMBL'e sürüm numarasıyla atıf yapın ve PubChem'i sorguladığınız tarihi kaydedin.
• Hız sınırlarına uyun. PubChem saniyede en fazla 5 istek ister; büyük işleri gruplandırın veya toplu dosyaları indirin.
• Yeniden dağıtmadan önce lisansı kontrol edin. Bu rehberdeki her yerde göz atmak ücretsizdir; verileri yeniden yayımlamak her zaman değil.

SSS

En büyük ücretsiz kimya veritabanı hangisidir?

PubChem, yaklaşık 124 milyon benzersiz bileşik ve 349 milyon kaydedilmiş madde ile en büyük ücretsiz kimya veritabanıdır (Ekim 2026'da kontrol edildi). ZINC-22 daha fazla molekül listeler (yaklaşık 54,9 milyar), ancak bunların çoğu karakterize edilmiş maddeler değil, tarama için siparişe göre üretilebilen sanal bileşiklerdir.

PubChem ile ChEMBL arasındaki fark nedir?

PubChem, kaydedilmiş her kimyasalı kapsamaya çalışan geniş bir toplayıcıdır; bu yüzden tanımlama ve özellikler için en iyisidir. ChEMBL daha küçüktür ancak biyoaktivite için elle düzenlenmiştir ve hedeflere bağlı standartlaştırılmış etki değerleri içerir; bu yüzden yapı–aktivite ve ilaç keşfi soruları için en iyisidir.

ZINC ticari kullanım için ücretsiz mi?

UCSF ZINC lisansına göre ZINC, şirketler dahil herkes için ücretsiz olarak kullanılabilir ve indirilebilir. Kısıtlama yeniden dağıtımdadır: ZINC ekibinin yazılı izni olmadan ZINC'in büyük kısımlarını yeniden dağıtamazsınız. Bileşiklerin kendisi listelenen tedarikçilerden satın alınmalıdır.

Hangi ücretsiz veritabanında NMR spektrumları var?

nmrshiftdb2, 271.817 yapı için 70.030 ölçülmüş spektrum (Ekim 2026'da kontrol edildi) ve yerleşik ¹H ve ¹³C tahminiyle başlıca ücretsiz NMR veritabanıdır. PubChem bileşik sayfaları da başka kaynaklardan spektrumlara bağlantı verir; NIST Chemistry WebBook ise NMR yerine IR ve kütle spektrumlarını kapsar.

Hangi ücretsiz veritabanında kütle spektrumları var?

MassBank, kayıt başına Creative Commons lisanslarıyla, çoğu küçük moleküllerin MS/MS spektrumları olan 139.006 deneysel kütle spektrumu kaydı (Ekim 2026'da kontrol edildi) tutar. NIST Chemistry WebBook birçok küçük molekül için elektron iyonlaşması kütle spektrumlarını çevrimiçi sunar.

Kimya veritabanlarında yapıya göre arama yapabilir miyim?

Evet. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT ve SureChEMBL'in hepsi, genellikle çizerek veya SMILES yapıştırarak yapı aramasını destekler. Molekülü MolDraw'da çizebilir, SMILES'ını kopyalayıp veritabanının yapı aramasına yapıştırabilir ya da API'leri üzerinden tam eşleşme, alt yapı veya benzerlik sorguları kullanabilirsiniz.

Öğrenciler için en iyi kimya veritabanı hangisidir?

Adlar, özellikler ve güvenlik verileri için PubChem, tanımlar ve bileşik sınıfları için ChEBI, 3B yapılar için RCSB PDB ile başlayın. Üçü de ücretsizdir, hesap gerektirmez ve anlaşılır web arayüzlerine sahiptir. Farmakoloji çalışırken ChEMBL'i, NMR öğrenirken nmrshiftdb2'yi ekleyin.

Biyoaktivite veritabanı nedir?

Biyoaktivite veritabanı, bileşiklerin biyolojik hedefler üzerindeki ölçülmüş etkilerini, örneğin IC50, Ki veya EC50 değerlerini, deney ve proteinle ilişkilendirerek saklar. ChEMBL önde gelen ücretsiz biyoaktivite veritabanıdır; PubChem BioAssay ise laboratuvarlar ve tarama merkezleri tarafından kaydedilen tarama sonuçlarını tutar.

DrugBank ücretsiz mi?

DrugBank'a çevrimiçi göz atmak ücretsizdir ve akademik kullanıcılar kayıt olduktan sonra veri setlerini CC BY-NC 4.0 lisansıyla indirebilir. Ticari ürün veya hizmetlerde kullanım dahil ticari kullanım, DrugBank'tan ücretli bir lisans gerektirir.

Bir PubChem CID'sini ChEMBL kimliğine nasıl dönüştürürüm?

UniChem'i kullanın. Bileşiğin InChIKey'ini bulun (PubChem bunu her bileşik sayfasında gösterir), ardından eşleşen ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB ve diğer tanımlayıcıları döndüren UniChem bileşik API'sine gönderin. Aspirin için BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N InChIKey'i CID 2244'ü CHEMBL25'e eşler.

Kaynaklar

• PubChem: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov · PUG-REST belgeleri · Kim S. et al. PubChem 2025 update, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1059
• ChEMBL: ebi.ac.uk/chembl · API belgeleri · Lisans ve hakkında · ChEMBL 37 sürüm yazısı
• ChEBI: ebi.ac.uk/chebi · ChEBI 2.0 lansmanı · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, Nucleic Acids Res. 2026, academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173
• ZINC: CartBlanche22 · Tingle B. I. et al. ZINC-22, J. Chem. Inf. Model. 2023, doi:10.1021/acs.jcim.2c01253 · UCSF ZINC lisansı
• RCSB PDB: rcsb.org · Data API · Search API · Kullanım politikası
• UniChem: ebi.ac.uk/unichem · API belgeleri
• nmrshiftdb2: nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
• MassBank: massbank.eu · MassBank API · Kayıt biçimi ve lisanslar
• COCONUT: coconut.naturalproducts.net · Chandrasekhar V. et al. COCONUT 2.0, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1063
• SureChEMBL: surechembl.org · SureChEMBL 2.0 duyurusu · SSS ve lisans
• DrugBank: go.drugbank.com · Akademik lisanslama
• NIST Chemistry WebBook: webbook.nist.gov/chemistry · NIST SRD lisanslama