MolDraw › เครื่องมือเคมี › เครื่องมือแปลงสารเคมีแบบกลุ่ม
เครื่องมือแปลงสารเคมีแบบกลุ่ม (รับ CSV ส่งออก CSV)
สรุปสั้น ๆ: แปลงรายการ SMILES ชื่อ เลข CAS, PubChem CID, InChI หรือ InChIKey ทั้งหมดพร้อมกัน รับ canonical SMILES สูตร มวลโมเลกุล มวลแม่นยำ InChI, InChIKey ชื่อ IUPAC, LogP, TPSA จำนวนตัวให้และตัวรับพันธะไฮโดรเจน และการตรวจตามกฎของ Lipinski แล้วดาวน์โหลดเป็น CSV, TSV หรือ SDF ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลดโปรแกรม
วางตัวระบุบรรทัดละหนึ่งรายการ หรือเปิดไฟล์ CSV, TSV หรือ TXT SMILES ประมวลผลบนอุปกรณ์ของคุณ สูงสุด 5,000 แถวต่อครั้ง ชื่อ เลข CAS และตัวระบุอื่น ๆ จะถูกค้นหาใน PubChem ก่อน แถวเหล่านั้นจะมีเครื่องหมาย ออนไลน์
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O ให้ C9H8O4, MW 180.159 g/mol มวลแม่นยำ 180.0423, TPSA 63.6 Ų ตัวให้ 1 ตัวรับ 4 และผลตามกฎ Lipinski ผ่าน จากนั้นกด ดาวน์โหลด CSVเอาต์พุต
พร้อมใช้งาน
วิธีแปลงรายการสารเคมี
- วางรายการของคุณ หรือกด เปิด CSV / TSV / TXT ใช้ได้ทั้งแบบบรรทัดละหนึ่งค่า และสเปรดชีตที่บันทึกเป็น CSV
- ตรวจสอบบรรทัดใต้กล่อง ซึ่งบอกว่าอ่านได้กี่แถวกี่คอลัมน์ และพบตัวคั่นแบบใด
- สำหรับตาราง ให้เลือก คอลัมน์ตัวระบุ และเลือก แถวแรกเป็นหัวตาราง ถ้าแถวที่ 1 เป็นชื่อคอลัมน์
- ปล่อย ชนิดข้อมูลที่ป้อน ไว้ที่ ตรวจจับทีละแถว หรือบังคับเป็น SMILES ชื่อ เลข CAS, PubChem CID, InChI หรือ InChIKey
- เลือก เอาต์พุต ที่ต้องการ เอาต์พุตที่มีเครื่องหมายออนไลน์ต้องค้นหาทางอินเทอร์เน็ต
- กด แปลง แถบความคืบหน้าแสดงจำนวนแถวที่เสร็จ ข้อผิดพลาด และการค้นหาออนไลน์ กด หยุด เพื่อจบก่อนกำหนดและเก็บส่วนที่เสร็จแล้ว
- ตรวจตัวอย่างผลลัพธ์ แล้วกด ดาวน์โหลด CSV, ดาวน์โหลด TSV หรือ ดาวน์โหลด SDF
อินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต | ตัวอย่าง | วิธีอ่าน |
|---|---|---|
| SMILES | CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C | บนอุปกรณ์ของคุณ |
| ชื่อ (ชื่อสามัญหรือ IUPAC) | caffeine | ออนไลน์, PubChem |
| เลขทะเบียน CAS | 58-08-2 | ตรวจหลักตรวจสอบ แล้วค้นใน PubChem |
| PubChem CID | 2519 | ออนไลน์, PubChem |
| InChI | InChI=1S/C8H10N4O2/… | ออนไลน์, PubChem |
| InChIKey | RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N | ออนไลน์, PubChem |
ความหมายของแต่ละเอาต์พุต
| เอาต์พุต | ความหมาย | แหล่งที่มา |
|---|---|---|
| Canonical SMILES | SMILES มาตรฐานหนึ่งเดียวต่อโครงสร้าง ทำให้ตรวจพบรายการซ้ำได้ | ในเครื่อง |
| สูตรโมเลกุล | ลำดับแบบ Hill (C, H แล้วตามด้วย A–Z) พร้อมประจุสุทธิ | ในเครื่อง |
| MW (g/mol) | มวลโมลาร์เฉลี่ยจากมวลอะตอมมาตรฐาน | ในเครื่อง |
| มวลแม่นยำ | มวลโมโนไอโซโทปิก (ไอโซโทปที่มีมากที่สุดของแต่ละธาตุ) สำหรับแมสสเปกโทรเมตรี | ในเครื่อง |
| InChI, InChIKey | ตัวระบุมาตรฐานของ IUPAC สำหรับค้นหาในฐานข้อมูล | ออนไลน์ |
| ชื่อ IUPAC | ชื่อตามระบบจาก PubChem เมื่อมีสารประกอบนั้นอยู่ในรายการ | ออนไลน์ |
| cLogP | สัมประสิทธิ์การแบ่งส่วนออกทานอล–น้ำที่คำนวณได้ | ในเครื่อง |
| TPSA (Ų) | พื้นที่ผิวมีขั้วเชิงทอพอโลยีจากผลรวมของ N และ O | ในเครื่อง |
| HBD, HBA | ตัวให้พันธะไฮโดรเจน (N–H, O–H) และตัวรับ (อะตอม N และ O) | ในเครื่อง |
| Lipinski | ผ่าน ถ้าฝ่าฝืนขีดจำกัดของกฎห้าข้อไม่เกินหนึ่งข้อ | ในเครื่อง |
ตัวอย่างโจทย์
แอสไพรินจาก SMILES
CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O
C9H8O4 มวลแม่นยำ 180.0423, TPSA 63.6 Ų, HBD 1, HBA 4
MW 180.159 g/mol, Lipinski ผ่าน
คาเฟอีนจากเลข CAS
58-08-2 ผ่านการตรวจหลักตรวจสอบและถูกค้นหาออนไลน์
C8H10N4O2, TPSA 58.4 Ų, HBD 0
MW 194.19 g/mol, InChIKey RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N
สเปรดชีตที่มี ID
คอลัมน์ id;smiles;IC50 คั่นด้วยอัฒภาค
ตัวคั่นและคอลัมน์ SMILES ถูกตรวจพบโดยอัตโนมัติ
คอลัมน์ id และ IC50 ของคุณถูกเก็บไว้ข้างผลลัพธ์
อะทอร์วาสแตติน
MW 558.6 g/mol และ cLogP มากกว่า 5
ฝ่าฝืนขีดจำกัดของกฎห้าข้อสองข้อ
Lipinski ไม่ผ่าน (MW > 500; LogP > 5)
ข้อผิดพลาดที่พบบ่อย
- มีชื่ออยู่ในคอลัมน์ SMILES เมื่อตั้งชนิดข้อมูลที่ป้อนเป็น SMILES คำว่า "aspirin" จะล้มเหลว ใช้ ตรวจจับทีละแถว สำหรับรายการแบบผสม
- Excel เปลี่ยนเลข CAS ของคุณ สเปรดชีตอาจเปลี่ยน 7732-18-5 เป็นวันที่ ให้จัดรูปแบบคอลัมน์เป็นข้อความก่อนบันทึก
- เกลือและของผสม SMILES ที่มีจุด เช่น
[Na+].[Cl-]ถือเป็นรายการเดียว MW และสูตรรวมทุกส่วน - หัวตารางถูกอ่านเป็นข้อมูล ถ้าแถวที่ 1 เป็นชื่อคอลัมน์ ให้เลือก แถวแรกเป็นหัวตาราง มิฉะนั้นจะปรากฏเป็นแถวที่ล้มเหลว
- เปรียบเทียบค่า LogP จากวิธีต่างกัน cLogP และ XLogP3 เป็นค่าประมาณทั้งคู่ ใช้วิธีเดียวกันทั้งชุด
- รายการชื่อที่ยาวมาก การค้นหาออนไลน์ทำได้ประมาณสี่รายการต่อวินาที แปลงชื่อเป็น SMILES ครั้งเดียว แล้วทำงานต่อจากไฟล์ SMILES
ต้องการดูโครงสร้าง? วาง SMILES ใดก็ได้ลงใน MolDraw ตัวแก้ไขโครงสร้างเคมีออนไลน์ฟรี เพื่อวาด แก้ไข และส่งออกเป็น PNG, SVG หรือ MOL
เปิดตัวแก้ไข MolDrawคำถามที่พบบ่อย
จะแปลงรายการ SMILES เป็นมวลโมเลกุลพร้อมกันได้อย่างไร?
วาง SMILES บรรทัดละหนึ่งรายการ หรือเปิดไฟล์ CSV แล้วเลือกคอลัมน์ SMILES เลือก MW (g/mol) ไว้แล้วกด แปลง เมื่อเสร็จแล้วกด ดาวน์โหลด CSV SMILES ประมวลผลบนอุปกรณ์ของคุณ จึงใช้เวลาเพียงไม่กี่วินาทีสำหรับสูงสุด 5,000 แถว
อินพุตแบบใดที่ต้องค้นหาทางอินเทอร์เน็ต?
SMILES อ่านบนอุปกรณ์ของคุณ ส่วนชื่อ เลข CAS, PubChem CID, InChI และ InChIKey จะถูกค้นหาในฐานข้อมูล PubChem ฟรีก่อนเพื่อหาโครงสร้าง เอาต์พุต InChI, InChIKey และชื่อ IUPAC ก็ค้นหาออนไลน์เช่นกัน แถวที่ค้นหาออนไลน์จะมีเครื่องหมาย ออนไลน์ ในตัวอย่างผลลัพธ์ และจำกัดไว้ประมาณสี่รายการต่อวินาที
อัปโหลด CSV ที่มีหลายคอลัมน์ได้หรือไม่?
ได้ เครื่องมือตรวจจับตัวคั่นแบบจุลภาค แท็บ อัฒภาค และไปป์ เซลล์ที่อยู่ในเครื่องหมายคำพูด และ byte order mark ได้ จะคาดเดาแถวหัวตารางและคอลัมน์ตัวระบุ ซึ่งคุณเปลี่ยนได้ทั้งคู่ เลือก เก็บคอลัมน์อื่นของฉันไว้ เพื่อคัดลอก ID หรือค่ากิจกรรมของคุณไปยังเอาต์พุต
คอลัมน์ Lipinski หมายถึงอะไร?
กฎห้าข้อของ Lipinski (rule of five) บ่งชี้การดูดซึมทางปากที่ไม่ดีเมื่อสารประกอบฝ่าฝืนเกินหนึ่งข้อจาก: MW ≤ 500, LogP ≤ 5, ตัวให้พันธะไฮโดรเจนไม่เกิน 5 และตัวรับพันธะไฮโดรเจนไม่เกิน 10 ผ่าน หมายถึงฝ่าฝืนศูนย์หรือหนึ่งข้อ คอลัมน์การฝ่าฝืนแสดงว่าเกินขีดจำกัดใดบ้าง
ทำไม LogP ของฉันจึงต่างจาก XLogP3 ของ PubChem?
มีหลายวิธีในการประมาณ LogP เครื่องมือนี้ใช้ cLogP ที่คำนวณจากผลรวมของอะตอม ขณะที่ PubChem รายงาน XLogP3 โดยทั่วไปทั้งสองค่าต่างกันไม่เกินประมาณหนึ่งหน่วย ให้เปรียบเทียบสารประกอบด้วยวิธีเดียวกัน
ไฟล์ SDF ที่ดาวน์โหลดมีอะไรบ้าง?
หนึ่งระเบียนต่อหนึ่งแถวที่แปลงแล้ว: โครงสร้าง 2 มิติพร้อมพิกัด อินพุตเป็นบรรทัดชื่อเรื่อง และเอาต์พุตแต่ละรายการที่เลือก (สูตร MW, LogP เป็นต้น) เป็นฟิลด์ข้อมูล SDF โปรแกรมเคมีและฐานข้อมูลส่วนใหญ่เปิดได้
ทำไมบางแถวจึงล้มเหลว?
คอลัมน์ Status บอกเหตุผล เช่น SMILES ที่วงหรือวงเล็บไม่ปิด เลข CAS ที่หลักตรวจสอบผิด หรือชื่อที่ PubChem ไม่รู้จัก แก้ไขอินพุตแล้วแปลงอีกครั้ง แถวอื่นจะไม่ได้รับผลกระทบ
เครื่องมือเคมีที่เกี่ยวข้อง
อัปเดตล่าสุด: