เครื่องมือแปลง SDF เป็น InChI
สรุปสั้น ๆ: แปลงบล็อก SDF หรือ MOL เป็นสตริง InChI มาตรฐานสำหรับการทำดัชนีและการค้นหา ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลด
วางบล็อก SDF หรือ MOL แล้วแปลงเป็นสตริง InChI มาตรฐาน
รูปแบบอินพุตและเอาต์พุต
| อินพุต: SDF | เอาต์พุต: InChI | |
|---|---|---|
| ชื่อเต็ม | SDF (Structure Data File) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| ข้อมูลที่เก็บ | ระเบียน MOL หนึ่งระเบียนหรือมากกว่า แต่ละระเบียนอาจมีฟิลด์ข้อมูล คั่นด้วย $$$$ | ตัวระบุแบบข้อความเป็นชั้น ๆ ที่สร้างจากโครงสร้าง InChI มาตรฐานเหมือนกันในทุกโปรแกรม |
| ไฟล์หรือรูปแบบ | .sdf | ข้อความที่ขึ้นต้นด้วย InChI=1S/ |
อธิบายรูปแบบไฟล์
SDF เก็บระเบียนโมเลกุลที่มีบล็อกอะตอมและพันธะแบบ MOL พร้อมช่องข้อมูลสมบัติเพิ่มเติม (ไม่บังคับ) นิยมใช้กับคลังสารประกอบและชุดข้อมูลการคัดกรอง
InChI เป็นตัวระบุมาตรฐานของ IUPAC ที่แทนโมเลกุลด้วยข้อความแบบเป็นชั้น การแปลง SDF เป็น InChI ช่วยสร้างตัวระบุที่คงที่สำหรับการค้นหา การทำดัชนี และการตัดรายการซ้ำ
หาก SDF มีหลายระเบียน ให้แปลงและตรวจสอบแต่ละระเบียนอย่างระมัดระวัง เกลือ ของผสม สเตอริโอเคมี และไฮโดรเจนที่ขาดหายในโครงสร้างอาจส่งผลต่อ InChI ที่ได้
เกี่ยวกับไฟล์ SDF
ไฟล์ SDF (structure-data file) โดยพื้นฐานคือระเบียน MOL หลายระเบียนต่อกัน แต่ละระเบียนตามด้วยช่องข้อมูลเพิ่มเติม (ไม่บังคับ) เช่น > <NAME> หรือ > <CAS> และจบด้วยบรรทัดที่มี $$$$ คลังสารประกอบ ไฟล์ดาวน์โหลดจาก PubChem และแคตตาล็อกของผู้จำหน่ายนิยมใช้ SDF เพราะไฟล์เดียวเก็บโมเลกุลได้หลายพันโมเลกุลพร้อมสมบัติ
ทำไมต้องสร้าง InChI
InChI มาตรฐานให้ตัวระบุแบบแคนอนิคัลแก่ทุกโครงสร้าง โดยไม่ขึ้นกับลำดับอะตอมและการวาด ซึ่งมีประโยชน์ในการรวมคลังข้อมูล ตัดรายการซ้ำ และจับคู่สารประกอบกับฐานข้อมูลสาธารณะ
วิธีใช้
- เปิดไฟล์ .sdf ในโปรแกรมแก้ไขข้อความธรรมดา
- คัดลอกหนึ่งระเบียน (ตั้งแต่ส่วนหัวจนถึง
$$$$) แล้ววางลงในช่อง - แปลงแล้วคัดลอก InChI หรือย่อด้วยInChI เป็น InChIKey
การแก้ปัญหา
- ระเบียนที่มีธาตุแปลก อะตอมแบบคิวรี หรือหมู่ R อาจสร้าง InChI มาตรฐานไม่ได้
- ไฟล์ขนาดใหญ่จัดการได้ง่ายกว่าเมื่อทำทีละไม่กี่ระเบียน
- คงระยะเว้นวรรคเดิมไว้ เพราะตารางการเชื่อมต่อของ SDF อิงตามคอลัมน์
อัปเดตล่าสุด: